[發明專利]一組獐牙菜屬植物鑒別用DNA條形碼及其應用

在審

• 申請號: 202210943044.2
• 申請日: 2022-08-08
• 公開（公告）號: CN115125328A
• 公開（公告）日: 2022-09-30
• 發明（設計）人: 劉力寬;李錦萍;曾陽;魏珍;劉浩宇;王鄭雷;許鑫;左文明
• 申請（專利權）人: 青海師范大學
• 主分類號: C12Q1/6895
• 分類號: C12Q1/6895;G16B40/00
• 代理公司: 長沙程思專利代理事務所(普通合伙) 43279
• 代理人: 郭敏

1.一組獐牙菜屬植物鑒別用DNA條形碼，其特征在于，所述DNA條形碼由matK、ndhJ、ndhK、atpI-atpH、ndhF-rpl32、petA-psbJ和ycf4-cemA基因序列中的至少一個所組成。

2.根據權利要求1所述的一組獐牙菜屬植物鑒別用DNA條形碼，其特征在于，所述matK、ndhJ、ndhK的基因序列為CDS序列；所述atpI-atpH、ndhF-rpl32、petA-psbJ和ycf4-cemA基因序列為CDS間隔區序列。

3.根據權利要求1所述的一組獐牙菜屬植物鑒別用DNA條形碼，其特征在于，所述matK基因序列的長度為1515～1563bp、所述ndhJ基因序列的長度為477、所述ndhK基因序列的長度為675～699、atpI-atpH基因序列的長度為681～979、ndhF-rpl32基因序列的長度為554～786、petA-psbJ基因序列的長度為661～882、ycf4-cemA基因序列的長度為399～561，其中matK基因鑒別效果最佳。

4.如權利要求1-3任一項所述的一組獐牙菜屬植物鑒別用DNA條形碼的篩選方法，其特征在于，

數據來源為：26個獐牙菜屬物種和10個近緣屬物種的葉綠體全基因組序列。

5.根據權利要求4所述的一組獐牙菜屬植物鑒別用DNA條形碼的篩選方法，其特征在于，遵從以下標準：

1)同時存在保守區和高變異區域；

2)長度在300～800bp之間；

3)具有大的種間變異和小的種內變異，能夠將不同的物種區分開來。

6.根據權利要求5所述的一組獐牙菜屬植物鑒別用DNA條形碼的篩選方法，其特征在于，DNA條形碼篩選與評估包括以下步驟：

a.使用MEGA v7計算候選片段的種內和種間遺傳距離，模型采用Kimura2-parametermodel；

b.使用Graph Pad Prism 9繪制Barcoding gap圖，種內距離與種間距離重疊過多的片段將從后續分析中剔除；

c.通過構建系統進化樹的方式統計遺傳距離分析篩選出的片段的物種鑒定成功率；

d.當進化樹上的物種滿足以下所有條件時，視為鑒定成功：

1)支持度BI0.8、ML50％或MP50％；

2)節點無多歧分支；

3)同一物種有多個個體時，該物種的所有個體單獨聚在1個分支內；

e.根據各個候選基因片段的遺傳距離和物種鑒定成功率分析結果，選擇結果較好的片段聯合做條形碼聯合序列遺傳距離及構建系統樹分析。

7.如權利要求1-3任一項所述的獐牙菜屬植物鑒別用DNA條形碼在鑒定獐牙菜屬植物中的應用，其特征在于，包括以下步驟：

在發現一種未知獐牙菜屬植物或者其一部分組織時，提取其DNA，選取特定片段描繪DNA條形碼，而后與國際數據庫內相應的DNA片段的條形碼進行比對。如果與其中一個相匹配，便可確認該物種的身份。