[發(fā)明專(zhuān)利]三維分子結(jié)構(gòu)生成方法、裝置、設(shè)備及存儲(chǔ)介質(zhì)

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• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 202210871893.1
• 申請(qǐng)日: 2022-07-22
• 公開(kāi)（公告）號(hào): CN115206457A
• 公開(kāi)（公告）日: 2022-10-18
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 黃磊;張恒通;徐挺洋
• 申請(qǐng)（專(zhuān)利權(quán)）人: 騰訊科技（深圳）有限公司
• 主分類(lèi)號(hào): G16C20/50
• 分類(lèi)號(hào): G16C20/50;G16C20/40;G16C20/70
• 代理公司: 北京派特恩知識(shí)產(chǎn)權(quán)代理有限公司 11270
• 代理人: 李昂;王黎延

1.一種三維分子結(jié)構(gòu)生成方法，其特征在于，所述方法包括：

獲取當(dāng)前時(shí)間步下的原子類(lèi)型噪音和原子坐標(biāo)噪音；

基于所述原子類(lèi)型噪音構(gòu)建全連接鄰接矩陣；

對(duì)所述原子類(lèi)型噪音、所述原子坐標(biāo)噪音和所述全連接鄰接矩陣進(jìn)行三維等變處理，得到所述當(dāng)前時(shí)間步下的分子結(jié)構(gòu)分布平均值；

基于所述當(dāng)前時(shí)間步下的分子結(jié)構(gòu)分布平均值，對(duì)所述分子的分子結(jié)構(gòu)進(jìn)行迭代生成，得到所述分子的分子表示；

通過(guò)所述分子表示構(gòu)建所述三維分子結(jié)構(gòu)。

2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其特征在于，所述方法還包括：

在所述當(dāng)前時(shí)間步下，分別對(duì)原子類(lèi)型和原子坐標(biāo)進(jìn)行隨機(jī)噪聲采樣，得到服從正態(tài)分布的所述原子類(lèi)型噪音和所述原子坐標(biāo)噪音；

在采樣得到所述原子類(lèi)型噪音和所述原子坐標(biāo)噪音之后，將所述當(dāng)前時(shí)間步嵌入至所述原子類(lèi)型噪音和所述原子坐標(biāo)噪音中，得到嵌入時(shí)間步的原子類(lèi)型噪音和嵌入時(shí)間步的原子坐標(biāo)噪音；

基于所述嵌入時(shí)間步的原子類(lèi)型噪音和所述嵌入時(shí)間步的原子坐標(biāo)噪音進(jìn)行所述三維等變處理。

3.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其特征在于，所述基于所述原子類(lèi)型噪音構(gòu)建全連接鄰接矩陣，包括：

基于所述原子類(lèi)型噪音確定原子數(shù)量；

構(gòu)建與所述原子數(shù)量具有相同維度的鄰接矩陣；其中，所述鄰接矩陣的對(duì)角線位置的元素均為0，且其他位置的元素均為1；

將所述鄰接矩陣，確定為當(dāng)前時(shí)間步下的所述全連接鄰接矩陣。

4.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其特征在于，所述對(duì)所述原子類(lèi)型噪音、所述原子坐標(biāo)噪音和所述全連接鄰接矩陣進(jìn)行三維等變處理，得到所述當(dāng)前時(shí)間步下的分子結(jié)構(gòu)分布平均值，包括：

將所述原子類(lèi)型噪音、所述原子坐標(biāo)噪音和所述全連接鄰接矩陣輸入至等變圖神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)中；

通過(guò)所述等變圖神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)，對(duì)所述原子類(lèi)型噪音、所述原子坐標(biāo)噪音和所述全連接鄰接矩陣進(jìn)行三維等變處理，得到所述當(dāng)前時(shí)間步下的分子結(jié)構(gòu)分布平均值。

5.根據(jù)權(quán)利要求4所述的方法，其特征在于，所述通過(guò)所述等變圖神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)，對(duì)所述原子類(lèi)型噪音、所述原子坐標(biāo)噪音和所述全連接鄰接矩陣進(jìn)行三維等變處理，得到所述當(dāng)前時(shí)間步下的分子結(jié)構(gòu)分布平均值，包括：

通過(guò)所述等變圖神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)，對(duì)所述原子類(lèi)型噪音、所述原子坐標(biāo)噪音和所述全連接鄰接矩陣分別進(jìn)行以下三維等變處理中的至少之一：

旋轉(zhuǎn)等變處理、平移等變處理、反射等變處理、置換等變處理和排列等變處理，得到所述當(dāng)前時(shí)間步下的分子結(jié)構(gòu)分布平均值。

6.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其特征在于，每一時(shí)間步對(duì)應(yīng)一次迭代生成過(guò)程，第N次迭代生成過(guò)程是基于第N-1次的迭代生成結(jié)果來(lái)進(jìn)行的，且第一次迭代生成過(guò)程是基于所述當(dāng)前時(shí)間步下的分子結(jié)構(gòu)分布平均值來(lái)進(jìn)行的；其中，N為大于1的整數(shù)；

所述基于所述當(dāng)前時(shí)間步下的分子結(jié)構(gòu)分布平均值，對(duì)所述分子的分子結(jié)構(gòu)進(jìn)行迭代生成，得到所述分子的分子表示，包括：

獲取當(dāng)前時(shí)間步下的當(dāng)前預(yù)設(shè)方差值和服從標(biāo)準(zhǔn)正態(tài)分布的正態(tài)分布數(shù)據(jù)；

基于所述當(dāng)前預(yù)設(shè)方差值和所述正態(tài)分布數(shù)據(jù)，對(duì)所述分子結(jié)構(gòu)分布平均值進(jìn)行線性變換處理，得到所述當(dāng)前時(shí)間步的下一時(shí)間步的分子表示；

將所述當(dāng)前時(shí)間步的下一時(shí)間步的分子表示確定為所述第一次迭代生成過(guò)程的迭代生成結(jié)果；

基于所述第一次迭代生成過(guò)程的迭代生成結(jié)果，對(duì)所述分子的分子結(jié)構(gòu)進(jìn)行T次迭代生成，得到所述分子的分子表示；其中，T為大于或等于N的整數(shù)。

7.根據(jù)權(quán)利要求6所述的方法，其特征在于，所述基于所述第一次迭代生成過(guò)程的迭代生成結(jié)果，對(duì)所述分子的分子結(jié)構(gòu)進(jìn)行T次迭代生成，得到所述分子的分子表示，包括：

在第N次迭代生成過(guò)程中，獲取所述第N次迭代生成過(guò)程對(duì)應(yīng)的時(shí)間步下的預(yù)設(shè)方差值；

基于所述預(yù)設(shè)方差值和所述正態(tài)分布數(shù)據(jù)，對(duì)第N-1次的迭代生成結(jié)果進(jìn)行線性變換處理，得到所述第N次迭代生成過(guò)程對(duì)應(yīng)的時(shí)間步下的分子表示；

將第T次迭代生成過(guò)程對(duì)應(yīng)的時(shí)間步下的分子表示，確定為所述分子的分子表示。