[發明專利]一種單細胞轉錄組測序數據中腫瘤細胞類群的鑒定方法及系統

有效

• 申請號: 202210865067.6
• 申請日: 2022-07-22
• 公開（公告）號: CN115083521B
• 公開（公告）日: 2022-11-11
• 發明（設計）人: 任懂平;李叢;周一鳴;張源
• 申請（專利權）人: 角井（北京）生物技術有限公司
• 主分類號: G16B20/50
• 分類號: G16B20/50;G16B20/30;G16B25/20;G16B30/10;G06K9/62
• 代理公司: 北京方政衛士專利代理事務所(普通合伙) 16080
• 代理人: 王超

1.一種單細胞轉錄組測序數據中腫瘤細胞類群的鑒定方法，其特征在于，包括：

S1，獲取待測樣品的單細胞轉錄組測序數據并基于所述單細胞轉錄組測序數據的分析獲得第一數據；

S2，獲取待測樣品的突變位點信息；

S3，基于所述第一數據以及突變位點信息進行突變位點的突變分析以及所述腫瘤細胞類群的鑒定；

S4，基于所述腫瘤細胞類群的鑒定以及突變位點的突變分析獲得所述待測樣品的所述腫瘤細胞類群統計信息；

所述第一數據包括：

基因組比對結果文件；

細胞條形碼文件；以及

細胞聚類結果；

所述S2，獲取待測樣品的突變位點信息包括：

獲取待測樣品的腫瘤位點突變的基因組位置信息、待測樣品的脫氧核糖核酸體細胞突變數據和熱點突變數據，其中所述基因組位置信息對應的基因組與所述基因組比對結果文件中的基因組完全一致；

所述S3，基于所述第一數據以及突變位點信息進行突變位點的突變分析以及所述腫瘤細胞類群的鑒定包括：

S31，基于所述基因組比對結果文件進行堿基矯正，以矯正測序產生的噪音，從而精準分析突變位點的突變情況，包括：分析所述基因組比對結果文件中每一個細胞在突變位點位置的比對情況，將單細胞轉錄組測序數據中具有相同唯一分子標簽的測序讀長片段聚成同一唯一分子標簽簇；對聚成同一唯一分子標簽簇的多個測序讀長片段，在突變位點位置的所述比對情況進行判斷，所述判斷按照堿基矯正程序進行：

（1）如果唯一分子標簽簇中多個所述測序讀長片段全部為相同的堿基，則確定所述唯一分子標簽簇為突變堿基；

（2）如果唯一分子標簽簇中多個所述測序讀長片段包括不同的堿基，且其中比例最大的堿基占比超過80%，則所述唯一分子標簽簇為最大比例堿基；

（3）如果唯一分子標簽簇中多個所述測序讀長片段包括不同的堿基，且其中比例最大的堿基占比低于80%，則放棄使用所述唯一分子標簽簇的信息；

針對所有唯一分子標簽簇按照所述堿基矯正程序（1）-（3）順次進行判斷，從而基于每個細胞的所有唯一分子標簽簇進行堿基矯正后獲得矯正結果；

S32，基于矯正結果進行突變位點的突變分析，包括：確定參考基因，如果矯正結果中存在唯一分子標簽簇與參考堿基不一致，則確定細胞在所述突變位點存在突變；或確定多個突變堿基，分別統計每個突變位點上所述多個突變堿基的唯一分子標簽數量，如果任意一個突變堿基的唯一分子標簽數量大于0，則確定在所述突變位點存在細胞突變；

S33，基于所述突變位點的突變分析進行所述腫瘤細胞類群的鑒定。

2.根據權利要求1所述的一種單細胞轉錄組測序數據中腫瘤細胞類群的鑒定方法，其特征在于，所述獲取待測樣品的單細胞轉錄組測序數據包括：從因美納公司Bio-Rad單細胞測序方法、BD公司Rhapsody單細胞分析系統、10x genomics公司鉻單細胞測序方法、ICELL8單細胞制備系統和/或C1單細胞制備系統獲取待測樣品的單細胞轉錄組測序數據。

3.根據權利要求1所述的一種單細胞轉錄組測序數據中腫瘤細胞類群的鑒定方法，其特征在于，所述基因組比對結果文件為bam文件。

4.根據權利要求1所述的一種單細胞轉錄組測序數據中腫瘤細胞類群的鑒定方法，其特征在于，所述待測樣品的突變位點信息由基因突變檢測數據或先驗知識獲得，所述先驗知識包括：

（1）腫瘤外顯子測序或者特定基因組套測序；

（2）公共數據庫中記載的熱點突變，所述公共數據庫包括癌癥基因組圖譜或腫瘤體細胞突變數據庫；

（3）文章或者數據庫中已經公開的腫瘤突變數據。

5.根據權利要求1所述的一種單細胞轉錄組測序數據中腫瘤細胞類群的鑒定方法，其特征在于，所述S4，基于所述腫瘤細胞類群的鑒定以及突變位點的突變分析獲得所述待測樣品的所述腫瘤細胞類群統計信息包括：

S41，統計待測樣品中每一個細胞類群中，攜帶突變位點的細胞數量；

S42，基于所述攜帶突變位點的細胞數量確定每一個細胞類群中所攜帶的腫瘤細胞數量以及類群特異的腫瘤細胞突變譜。