[發明專利]稻魚共生在調節黃顙魚腸道菌群中的應用

在審

• 申請號: 202210836168.0
• 申請日: 2022-07-15
• 公開（公告）號: CN115181792A
• 公開（公告）日: 2022-10-14
• 發明（設計）人: 周亞;薛小腧;翟旭亮;薛洋;周春龍;吳曉清;唐仁軍
• 申請（專利權）人: 重慶三峽職業學院
• 主分類號: C12Q1/6869
• 分類號: C12Q1/6869;C12Q1/04;C12N15/10;A01K61/10;C12R1/01;C12R1/38;C12R1/145
• 代理公司: 西安鼎邁知識產權代理事務所(普通合伙) 61263
• 代理人: 劉喜保

本發明公開了稻魚共生在調整黃顙魚腸道菌群中的應用，分別檢測了稻魚共生模式下的不同階段以及池塘養殖模式下水稻收割后的黃顙魚腸道菌群的種類、數量、豐度以及表型。經檢測，稻魚共生的養殖方法在其不同階段能夠調節黃顙魚腸道內菌群的多樣性、黃顙魚腸道內優勢菌種類與黃顙魚腸道菌群表型，同時，稻魚共生的養殖方法能夠降低黃顙魚的潛在致病性。

技術領域

本發明屬于微生物技術領域，涉及一種養殖模式在調節魚類腸道菌群中的應用，具體涉及稻魚共生在調節黃顙魚腸道菌群中的應用。

背景技術

腸道菌群是一個既復雜又相對穩定的動態群落，對機體的免疫和營養代謝發揮著重要作用，隨著魚類的生長，腸道菌群的種類和數量趨于穩態。影響腸道菌群的主要因素有四個方面：機體自身的因素與機體所處的環境因素，機體攝入的飲食，細菌自身因素以及細菌之間的相互作用。

近年來，越來越多的研究表明，人和動物的機體健康都離不開腸道菌群穩態，機體的生長發育和代謝疾病的發生都與腸道菌群的平衡和紊亂相關。不同養殖環境、飼養餌料以及養殖品種對魚類腸道微生物的組成均有影響。目前稻田養殖水產動物腸道微生物相關報道有鯉魚、中華絨螯蟹、克氏原螯蝦、泥鰍、羅非魚等。例如，已有研究發現稻田養殖鯉魚的腸道菌群豐度和多樣性顯著高于池塘養殖模式，其優勢菌群為厚壁菌門、梭桿菌門和變形菌門；成永旭等研究發現稻蟹共作模式腸道菌群結構優于池塘單一養殖模式；翟元圓等研究發現稻田養殖模式下不同生長階段的黑斑側褶蛙腸道菌群多樣性也存在顯著差異。

然而，目前關于稻魚共生模式以及不同稻田養殖階段對黃顙魚腸道菌群影響的相關研究較少。

發明內容

為了解決上述問題，本發明旨在提供稻魚共生在調節黃顙魚腸道菌群中的應用，包括調節黃顙魚腸道內菌群的多樣性、黃顙魚腸道內優勢菌的種類、黃顙魚腸道菌群表型中的一種或多種。

首先，本發明分別采集稻魚共生中水稻開花前，水稻開花后，水稻收割后三個時期的黃顙魚樣品分別標為A，B，C作為試驗組；同時采集池塘養殖中水稻收割后的黃顙魚樣品標為D作為對照組。

其中，稻田組于每畝稻田中投放1500尾初始規格為0.63±0.05g的黃顙魚苗，并且一經投放便配合飼料投喂。池塘組于每畝池塘中投放1500尾初始規格為0.63±0.05g的黃顙魚苗，其余條件均與稻田組相同。

進一步地，本發明采用DNAKit試劑盒對各組黃顙魚樣品腸道內容物提取總DNA，并通過瓊脂糖凝膠電泳檢測DNA提取質量，同時采用紫外分光光度計對DNA進行定量，對DNA片段進行PCR擴增，擴增產物經2％瓊脂糖凝膠電泳確證，整個過程中，使用超純水，以排除假陽性PCR結果作為陰性對照的可能性。

PCR產物由AMPure XT beads(Beckman Coulter Genomics,Danvers,MA,USA)純化，Qubit(Invitrogen,USA)定量。擴增子池用于測序，擴增子文庫的大小和數量分別在Agilent2100生物分析儀(Agilent，USA)和Illumina(KapaBiosciences,Woburn,MA，USA)的文庫定量試劑盒上進行評估。在NovaSeqPE250平臺上對庫進行排序。

樣品在IlluminaNovaSeq平臺上按照制造商的建議進行測序，由LC-Bio提供。根據樣品獨特的條形碼，將配對端序列分配給樣品，并將建庫引入的barcode和引物序列去除。使用FLASH合并匹配端讀取。根據fqtrim(v0.94)，在特定的過濾條件下對原始讀數據進行質量過濾，以獲得高質量的clean標簽。使用Vsearch軟件對嵌合序列進行過濾(v2.3.4)。利用DADA2進行解調，得到特征表和特征序列。

更進一步地，本發明采用Venn分析對稻田養殖模式下不同水稻生育期，以及相同時期不同養殖模式下黃顙魚腸道微生物OTU數量進行統計分析。