[發明專利]一種基于KRAS突變結腸癌基因的預后模型及其應用

在審

• 申請號: 202210832725.1
• 申請日: 2022-07-15
• 公開（公告）號: CN115206440A
• 公開（公告）日: 2022-10-18
• 發明（設計）人: 董偉偉;張鶴;趙慧霞;張豐云;曾志艷;胡琰琰;李秋文;肖文華
• 申請（專利權）人: 中國人民解放軍總醫院第五醫學中心
• 主分類號: G16B50/30
• 分類號: G16B50/30;G16B40/20
• 代理公司: 北京興智翔達知識產權代理有限公司 11768
• 代理人: 郭衛芹

1.一種基于KRAS突變結腸癌基因的預后模型，其特征在于，所述預后模型為基因APOL3(SEQ ID NO.1)、AUTS2(SEQ ID NO.2)、CD6(SEQ ID NO.3)、COG2(SEQ ID NO.4)、CUL1(SEQID NO.5)、CYP1B1(SEQ ID NO.6)、DBI(SEQ ID NO.7)、DHX29(SEQ ID NO.8)、FDFT1(SEQ IDNO.9)、GATA6(SEQ ID NO.10)、IFI27(SEQ ID NO.11)、LHPP(SEQ ID NO.12)、LONRF3(SEQID NO.13)、MEST(SEQ ID NO.14)、MMRN2(SEQ ID NO.15)、MRPS35(SEQ ID NO.16)、NLE1(SEQ ID NO.17)、NUP107(SEQ ID NO.18)、PLA2R1(SEQ ID NO.19)、POP4(SEQ ID NO.20)、PPP1R8(SEQ ID NO.21)、PSMG2(SEQ ID NO.22)、RHOBTB1(SEQ ID NO.23)、RHOF(SEQ IDNO.24)、S1PR2(SEQ ID NO.25)、SHC1(SEQ ID NO.26)、SLC2A5(SEQ ID NO.27)、SLCO2A1(SEQ ID NO.28)、SNRNP35(SEQ ID NO.29)、SSBP2(SEQ ID NO.30)、SYNGR1(SEQ IDNO.31)、TMEM159(SEQ ID NO.32)、TRIT1(SEQ ID NO.33)、VPS28(SEQ ID NO.34)、YTHDF2(SEQ ID NO.35)、ZNF552(SEQ ID NO.36)的組合。

2.權利要求1所述的基于KRAS突變結腸癌基因的預后模型，其特征在于，采用以下步驟進行建立：

S1：數據采集與預處理：獲取樣本的矩陣數據及相應的臨床信息，所述矩陣數據共包括5個COAD數據集，分別為3個微陣列數據集和2個RNA-seq數據集；3個微陣列數據集分別為GSE41258數據集、GSE39582數據集和GSE17536數據集；2個RNA-seq數據集包括TCGA-COAD隊列和CPTAC-COAD隊列；

S2：預后模型構建：基于獲取的數據，進行單因素Cox分析，采用LASSO-COX回歸建立預后模型。

3.權利要求2所述的基于KRAS突變結腸癌基因的預后模型，其特征在于，步驟S2包括以下具體的步驟：

S201：將GSE39582中的KRAS突變樣本隨機化到訓練集和測試集；

S202：采用最小絕對收縮和選擇算子建立預后模型，并利用訓練集中的“glmnet”R包采用LASSO-COX回歸建立預后模型。

4.權利要求1-3任一項所述的基于KRAS突變結腸癌基因的預后模型，在KRAS突變型結腸癌患者的預后預測上的應用。