[發明專利]水稻抽穗期QTL qHd1功能標記及其應用

在審

• 申請號: 202210743806.4
• 申請日: 2022-06-27
• 公開（公告）號: CN115044700A
• 公開（公告）日: 2022-09-13
• 發明（設計）人: 趙雷;周少川;王重榮;李宏;黃道強;王志東;周德貴;陳宜波;龔蓉;潘陽陽;陳俊宇
• 申請（專利權）人: 嶺南現代農業科學與技術廣東省實驗室;廣東省農業科學院水稻研究所;中國水稻研究所
• 主分類號: C12Q1/6895
• 分類號: C12Q1/6895;C12Q1/6858;C12N15/11
• 代理公司: 北京慕達星云知識產權代理事務所(特殊普通合伙) 11465
• 代理人: 齊寶玲

本發明公開了水稻抽穗期QTL qHd1功能標記及其應用，屬于水稻種質資源鑒定及分子生物學技術領域；水稻抽穗期QTL qHd1共顯性功能標記包括如下引物：1F：SEQ ID NO.1；2F：SEQ ID NO.2；1R：SEQ ID NO.3；3F：SEQ ID NO.4；3R：SEQ ID NO.5。本發明利用5條引物在同一PCR反應體系中通過常規PCR和瓊脂糖凝膠電泳，可準確鑒定出插入型、缺失型、晶4155S型和雜合型基因型，結合品種秈/粳類型亦可鑒定出ZS97型和粳稻型兩種單倍型；整個檢測過程的操作簡單，對不同來源的種質資源的鑒定結果準確性高。

技術領域

本發明涉及水稻種質資源鑒定及分子生物學技術領域，更具體的說是涉及水稻抽穗期QTL qHd1/OsMADS51共顯性功能標記及其應用。

背景技術

水稻從播種至抽穗可以劃分為兩個連續的階段：即營養生長期(播種至穗起始分化)和生殖生長期(穗起始分化至抽穗)。其中，穗分化階段基本穩定在35天左右，而營養生長階段的長短主要決定于品種的“三性”(感光性、感溫性與基本營養生長性)，在不同水稻品種間存在廣泛變異。對于任何一個具體品種而言，“三性”是一個相互聯系的整體，是在特定的育種及栽培條件的影響下形成的，當生長環境的光溫條件發生變化時，品種會通過抽穗期的改變以適應環境。因此，對水稻抽穗期相關基因具有重要的研究價值。

前期研究中，我們根據珍汕97(ZS97)和密陽46(MY46)構建的遺傳群體鑒定到一個感溫性抽穗期QTL qHd1。通過精細定位發現OsMADS51是qHd1的功能基因，在qHd1/OsMADS51(LOC_Os01g69850，http://rice.plantbiology.msu.edu/)的第一內含子上ZS97相對于MY46多了1個9.5kb的大片段插入，使得ZS97型等位基因的表達量顯著下降，抽穗延遲。為了實現9.5kb大片段插入的準確鑒定，設計了10個呈連續交疊排列且覆蓋整個9.5kb片段的分子標記，如果這10個標記均能擴增出目標長度的產物，則表明被檢測材料攜帶ZS97型等位基因，反之亦然。但利用這10個標記進行品種鑒定時，存在以下三點缺陷：由于缺失型和部分擴增失敗樣品均無條帶，會存在較多的假陽性結果；若該品種與ZS97和MY46的等位基因均不一樣，無法進行鑒定；無法將雜合型和ZS97型區分開；每個樣品都要進行10次PCR擴增和電泳檢測，費時費力成本高。

因此，如何準確、高效地對qHd1/OsMADS51進行不同基因型鑒定成為亟待解決的問題。

發明內容

有鑒于此，本發明提供了水稻抽穗期QTL qHd1功能標記及其應用，可準確、高效地實現不同水稻基因型鑒定。

為了實現上述目的，本發明采用如下技術方案：

水稻抽穗期QTL qHd1功能標記，該共顯性功能標記包括如下引物：

1F：5'-ggttttcccatgggtgtgat-3'，SEQ ID NO.1；

2F：5'-acatgcttaacctcatcacct-3'，SEQ ID NO.2；

1R：5'-acaccggtcatgatatgtgc-3'，SEQ ID NO.3；

3F：5'-tacatggggtggccatcata-3'，SEQ ID NO.4；

3R：5'-acttccatgataatgatgaggt-3'，SEQ ID NO.5。

其中，1F、1R對應的擴增產物為228bp，2F、1R對應的擴增產物為314bp，3F、3R對應的擴增產物為417bp。

一種試劑盒，包括上述引物。

上述水稻抽穗期QTL qHd1功能標記或上述試劑盒在水稻種質資源鑒定中的應用。