[發(fā)明專利]一種雞91日齡體重性狀育種7K SNP測(cè)序分型芯片及應(yīng)用在審
| 申請(qǐng)?zhí)枺?/td> | 202210732297.5 | 申請(qǐng)日： | 2022-06-24 |
| 公開(kāi)（公告）號(hào)： | CN115287363A | 公開(kāi)（公告）日： | 2022-11-04 |
| 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人： | 胡曉湘;王宇哲;朱迪;吳寒宇;李寧 | 申請(qǐng)（專利權(quán)）人： | 中國(guó)農(nóng)業(yè)大學(xué) |
| 主分類號(hào)： | C12Q1/6888 | 分類號(hào)： | C12Q1/6888;C12Q1/6874;G16B20/20;G16B20/30;G16B40/00 |
| 代理公司： | 北京衛(wèi)平智業(yè)專利代理事務(wù)所(普通合伙) 11392 | 代理人： | 閆萍 |
| 地址： | 100193 *** | 國(guó)省代碼： | 北京;11 |
| 權(quán)利要求書： | 查看更多 | 說(shuō)明書： | 查看更多 |
| 摘要： | |||
| 搜索關(guān)鍵詞： | 一種 91 體重 性狀 育種 snp 測(cè)序分型 芯片 應(yīng)用 | ||
1.一種雞91日齡體重性狀育種7K SNP測(cè)序分型芯片，其特征在于，包含7067個(gè)SNP位點(diǎn)。
2.一種權(quán)利要求1所述的雞91日齡體重性狀育種7K SNP測(cè)序分型芯片的制作方法，其特征在于，包括以下步驟：
步驟1，對(duì)雞樣本群體中的每個(gè)個(gè)體基因組DNA進(jìn)行低深度重測(cè)序，測(cè)序深度為0.4×-0.8×/樣本；
步驟2，基于步驟1得到的測(cè)序數(shù)據(jù)進(jìn)行基因組SNP標(biāo)記檢測(cè)，鑒定上述雞樣本群體中的多態(tài)位點(diǎn)，并對(duì)多態(tài)位點(diǎn)進(jìn)行基因分型，得到全基因組SNP；
步驟3，稱量91日齡雞群體中每個(gè)個(gè)體的重量，記錄表型，剔除離群值；
步驟4，在經(jīng)步驟3剔除了離群值的91日齡雞群體中隨機(jī)選出固定數(shù)量的個(gè)體作為發(fā)現(xiàn)群體，基于上述發(fā)現(xiàn)群體對(duì)步驟3得到的剔除了離群值的雞91日齡體重表型進(jìn)行全基因組關(guān)聯(lián)分析，篩選與雞91日齡體重相關(guān)的功能位點(diǎn)；
步驟5，篩選出基因組骨架位點(diǎn)，以用于捕獲除主效位點(diǎn)外其他基因組效應(yīng)；
步驟6，合并步驟4得到的與雞91日齡體重相關(guān)的功能位點(diǎn)和步驟5得到的基因組骨架位點(diǎn)，得到雞91日齡體重性狀特異的7067個(gè)標(biāo)記集合，生成最終的雞91日齡體重性狀育種7K SNP測(cè)序分型芯片。
3.如權(quán)利要求2所述的雞91日齡體重性狀育種7K SNP測(cè)序分型芯片的制作方法，其特征在于：
步驟2中所述鑒定多態(tài)位點(diǎn)的位點(diǎn)過(guò)濾參數(shù)為：估計(jì)最小等位基因頻率EAF＞0.01，測(cè)序深度≥1.5IQR；
步驟2中所述對(duì)多態(tài)位點(diǎn)進(jìn)行基因分型，其分型結(jié)果的過(guò)濾參數(shù)為：最小等位基因頻率MAF＞0.01，填充信息得分INFO SCORE＞0.4。
4.如權(quán)利要求2所述的雞91日齡體重性狀育種7K SNP測(cè)序分型芯片的制作方法，其特征在于：
步驟4中所述篩選與雞91日齡體重相關(guān)的功能位點(diǎn)的篩選標(biāo)準(zhǔn)為P＜0.003。
5.如權(quán)利要求2所述的雞91日齡體重性狀育種7K SNP測(cè)序分型芯片的制作方法，其特征在于：
步驟5中所述篩選出基因組骨架位點(diǎn)的具體步驟為：對(duì)步驟2中得到的全基因組SNP進(jìn)行LD過(guò)濾，過(guò)濾條件為：以1000bp為窗口長(zhǎng)度，窗口內(nèi)部?jī)蓛蒘NP位點(diǎn)的LD r2值大于0.05時(shí)刪除其中一個(gè)位點(diǎn)，最終得到基因組骨架位點(diǎn)。
6.一種權(quán)利要求1所述的雞91日齡體重性狀育種7K SNP測(cè)序分型芯片的應(yīng)用，其特征在于，包括如下步驟：
步驟1，建立參考群體，利用所述測(cè)序分型芯片獲得參考群體中每個(gè)個(gè)體的基因型數(shù)據(jù)，同時(shí)記錄上述參考群體表型數(shù)據(jù)，通過(guò)合適的統(tǒng)計(jì)模型可以估計(jì)出每個(gè)SNP或不同染色體片段的效應(yīng)值；
步驟2，然后對(duì)候選群體的每個(gè)個(gè)體，利用所述測(cè)序分型芯片方法進(jìn)行基因分型，利用參考群體中估計(jì)得到的SNP效應(yīng)值來(lái)計(jì)算候選群體中每個(gè)個(gè)體的基因組估計(jì)育種值；
步驟3，根據(jù)育種值的排名對(duì)優(yōu)秀個(gè)體進(jìn)行選留。
該專利技術(shù)資料僅供研究查看技術(shù)是否侵權(quán)等信息，商用須獲得專利權(quán)人授權(quán)。該專利全部權(quán)利屬于中國(guó)農(nóng)業(yè)大學(xué)，未經(jīng)中國(guó)農(nóng)業(yè)大學(xué)許可，擅自商用是侵權(quán)行為。如果您想購(gòu)買此專利、獲得商業(yè)授權(quán)和技術(shù)合作，請(qǐng)聯(lián)系【客服】
本文鏈接：http://www.szxzyx.cn/pat/books/202210732297.5/1.html，轉(zhuǎn)載請(qǐng)聲明來(lái)源鉆瓜專利網(wǎng)。
