[發(fā)明專利]基于全基因組關(guān)聯(lián)分析篩選的與南丹瑤雞毛腳相關(guān)的SNP分子標記組合及應(yīng)用

在審

• 申請?zhí)枺?/td>: 202210728395.1
• 申請日: 2022-06-24
• 公開（公告）號: CN115125310A
• 公開（公告）日: 2022-09-30
• 發(fā)明（設(shè)計）人: 楊秀榮;楊祝良;杜文婭;鄧繼賢;黎劍能
• 申請（專利權(quán)）人: 廣西大學(xué)
• 主分類號: C12Q1/6888
• 分類號: C12Q1/6888;C12N15/11
• 代理公司: 南寧頌博遠信知識產(chǎn)權(quán)代理事務(wù)所(普通合伙) 45141
• 代理人: 蘭亞君

本發(fā)明公開了一種基于全基因組關(guān)聯(lián)分析篩選的南丹瑤雞毛腳相關(guān)的SNP分子標記組合，包括下列10個SNP標記中的至少一個或幾個組合，所述SNP標記的編號分別為：Chr27_2165326、Chr27_1250142、Chr27_1249910、Chr25_2054566、Chr15_13017505、Chr15_12921775、Chr15_12832403、Chr15_12578741、Chr15_12427146、Chr15_12331760，核苷酸序列分別如SEQID NO.1～10所示，它們的信息如表1所示。本發(fā)明提供南丹瑤雞毛腳表型相關(guān)的SNP分子標記組合，運用全基因組關(guān)聯(lián)分析篩選與南丹瑤雞毛腳顯著相關(guān)的SNP分子標記，可用于南丹瑤雞分子標記輔助育種，加快選育有毛腳或無毛腳的純系南丹瑤雞。本發(fā)明利用SNP分子標記對南丹瑤雞的毛腳性狀進行鑒定，可顯著提高選擇效率，加快育種進程。

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明涉及分子生物學(xué)技術(shù)領(lǐng)域，特別涉及基于全基因組關(guān)聯(lián)分析篩選的南丹瑤雞毛腳相關(guān)的SNP分子標記組合及應(yīng)用。

背景技術(shù)

廣西具有豐富的地方雞種質(zhì)資源，包括廣西麻雞、南丹瑤雞、龍勝鳳雞等7個地方雞品種。其中南丹瑤雞和龍勝鳳雞的脛部均具不同程度的羽毛量。毛腳是雞比較典型的外貌特征，在一定程度上影響消費者的購買力。目前，廣西地方雞種南丹瑤雞并沒有針對毛腳性狀進行選育。根據(jù)市場需求，尤其在喜食雞肉的兩廣地區(qū)，提供特定有無毛腳雞的純系南丹瑤雞群體，有利于提高其市場銷量。

家禽羽毛發(fā)育起始于毛囊。毛囊控制著羽毛的生長、更替及其形態(tài)結(jié)構(gòu)。禽類毛腳屬于皮膚附屬物，在脊椎動物發(fā)育過程中，其通過外胚層表皮和中胚層真皮之間的相互作用形成，并且由來自真皮的信號決定了表皮附屬物的命運。雞祖先的腳部有鱗片覆蓋，由于基因發(fā)生突變，這些鱗片的一部分轉(zhuǎn)化為羽毛，形成所謂的毛腳。毛腳的羽毛量在同一品種變異比較大，在南丹瑤雞群體中，可分為中毛、少毛的毛腳(如圖1所示)。Sun等利用全基因組關(guān)聯(lián)分析方法，將與毛腳性狀有關(guān)的基因組區(qū)域分別定位在GGA13上的55 cM/1.56Mb、GGA15上的47cM/12.22Mb、GGA8上的71cM/22.82和 GGA12上的4cM/11.50Mb處。由于標記密度和連鎖分析的局限性和品種間的差異導(dǎo)致出現(xiàn)不同結(jié)果。不利于后續(xù)功能基因的精準定位。

公開于該背景技術(shù)部分的信息僅僅旨在增加對本發(fā)明的總體背景的理解，而不應(yīng)當被視為承認或以任何形式暗示該信息構(gòu)成已為本領(lǐng)域一般技術(shù)人員所公知的現(xiàn)有技術(shù)。

發(fā)明內(nèi)容

本發(fā)明的目的在于提供一種基于全基因組關(guān)聯(lián)分析篩選的與南丹瑤雞毛腳相關(guān)的SNP分子標記組合，可以簡單快捷的鑒定出具有毛腳性狀的南丹瑤雞個體。

本發(fā)明的另一個目的在于基于全基因組關(guān)聯(lián)分析篩選的與南丹瑤雞毛腳相關(guān)的SNP分子標記組合的應(yīng)用

為實現(xiàn)上述目的，本發(fā)明提供了一種基于全基因組關(guān)聯(lián)分析篩選的南丹瑤雞毛腳相關(guān)的SNP分子標記組合，包括下列10個SNP標記中的至少一個或幾個組合，所述SNP標記的編號分別為：Chr27_2165326、Chr27_1250142、 Chr27_1249910、Chr25_2054566、Chr15_13017505、Chr15_12921775、 Chr15_12832403、Chr15_12578741、Chr15_12427146、Chr15_12331760，核苷酸序列分別如SEQ ID NO.1～10所示，它們的信息如表1所示。表1中提供了每個SNP標記前后共101bp的堿基序列，并且在第51bp處存在堿基變異。

優(yōu)選地，基于全基因組關(guān)聯(lián)分析篩選的南丹瑤雞毛腳相關(guān)的SNP分子標記組合，包括2個SNP標記，所述SNP標記的編號分別為：Chr25_2054566、 Chr15_12578741，核苷酸序列分別如SEQ ID NO.4和SEQ ID NO.8所示，它們的信息如表1所示。

本發(fā)明還提供所述的SNP分子標記組合在在南丹瑤雞毛腳性狀分子標記輔助育種中的應(yīng)用。