[發明專利]一種水稻莖稈基部矮化相關的DNA選擇標記及其應用

在審

• 申請號: 202210726277.7
• 申請日: 2022-06-23
• 公開（公告）號: CN114875172A
• 公開（公告）日: 2022-08-09
• 發明（設計）人: 龔俊義
• 申請（專利權）人: 中國水稻研究所
• 主分類號: C12Q1/6895
• 分類號: C12Q1/6895;C12N15/11;C12Q1/6858
• 代理公司: 北京方韜法業專利代理事務所(普通合伙) 11303
• 代理人: 馬麗蓮

本發明公開了一種水稻莖稈基部矮化相關的DNA選擇標記，所述DNA選擇標記為基于水稻莖稈基部矮化控制基因dJH3017的InDel位點開發的、與矮桿表型完全連鎖的標記，所述InDel位點位于水稻第二染色體16361797?16361807。本發明還公開了一種試劑盒，其包含上述水稻莖稈基部矮化相關的DNA選擇標記的引物組合。本發明還公開了一種水稻莖稈基部矮化相關的DNA選擇標記在(1)水稻莖稈基部矮化性狀檢測或鑒定中的應用；和/或(2)輔助水稻育種中的應用。本發明基于水稻基部矮化控制基因的InDel位點開發了相關的DNA選擇標記及應用，在水稻矮桿育種、抗倒伏育種及高產育種中有重要利用價值。

技術領域

本發明涉及分子遺傳育種領域，特別是涉及一種水稻莖稈基部矮化相關的DNA選擇標記及其應用。

背景技術

水稻矮桿基因可以使水稻株高降低，使水稻植株更不易倒伏，增加產量，是水稻的有利突變性狀。始于20世紀中期的水稻綠色革命基因SD1的應用，水稻的株高得到顯著的降低，部分解決了水稻高產與倒伏的矛盾。目前在我國雜交稻中，水稻矮源幾乎都依賴于SD1，且隨著越來越多的秈粳雜交水稻的推廣。另外，在水稻實踐發現，即使雜交水稻含有純合的SD1基因，部分雜交稻組合的株高也過高，加上穗部的重量重，導致水稻倒伏和減產，使部分組合的株高過高的矛盾更加突出。近年來我國科學家克隆了一個控制水稻株高的半顯性矮桿基因SBI(Shornted Basal Internodes)，部分豐富了水稻的矮源，更多水稻矮源的發現和利用可以為我國育種家提供多種選擇，避免種質的單一化。因此，為了進一步拓寬水稻的矮源利用，挖掘新的矮桿基因資源、并基于此開發新的DNA選擇標記，仍然是水稻分子遺傳育種研究中的一個重要方向。

發明內容

本發明要解決的技術問題是提供一種基于新的水稻莖稈矮化控制基因dJH3017的InDel位點開發的、與矮桿表型完全連鎖的分子標記及其應用，以方便和加快矮桿控制基因dJH3017導入到更多優良水稻品種中，實現該基因的有效利用。

為解決上述技術問題，本發明采用如下技術方案：

一方面，本發明提供了一種水稻莖稈基部矮化相關的DNA選擇標記，所述DNA選擇標記為基于水稻莖稈基部矮化控制基因dJH3017的InDel位點開發的、與矮桿表型完全連鎖的標記，所述InDel位點位于水稻第二染色體16361797-16361807。

作為本發明進一步地改進，所述DNA選擇標記為InDel標記、KASP標記、PARMS標記、CAPS或dCAPS標記。

進一步地，所述InDel標記的PCR產物大小為50bp-10kb，優選50bp-1000bp，更優選100-200bp。

進一步地，所述DNA選擇標記的引物組合為：

ID3017F:TCTTCCAGGGACTACGTGAA；

ID3017R:CTTTGGGATTCCACGAATA。

另一方面，本發明還提供了一種試劑盒，包含上述的水稻莖稈基部矮化相關的DNA選擇標記的引物組合。

再一方面，本發明還提供了一種上述的水稻莖稈基部矮化相關的DNA選擇標記的應用，所述應用為：

(1)在水稻莖稈基部矮化性狀檢測或鑒定中的應用；

和/或(2)在輔助水稻育種中的應用。

進一步地，所述在輔助水稻育種中的應用為：鑒定是否將dJH3017基因的突變基因導入其他水稻品種中，所述突變基因在水稻第二染色體16361797-16361807缺失11位；所述水稻育種為：

(1)水稻矮桿育種；

和/或(2)水稻抗倒伏育種；

和/或(3)水稻高產育種。