[發明專利]一種用于等位基因多態性分型的引物設計方法及其應用

在審

• 申請號: 202210670419.2
• 申請日: 2022-06-14
• 公開（公告）號: CN114958972A
• 公開（公告）日: 2022-08-30
• 發明（設計）人: 譚超;楊燕宇;趙建華;羅輝
• 申請（專利權）人: 武漢市景肽生物科技有限公司
• 主分類號: C12Q1/6811
• 分類號: C12Q1/6811;C12Q1/6858;C12Q1/6895;C12N15/11
• 代理公司: 武漢天領眾智專利代理事務所(普通合伙) 42300
• 代理人: 劉誠

1.一種用于等位基因多態性分型的引物設計方法，其特征在于，包括如下步驟：

S1、根據待檢測目的基因序列，設計特異性引物序列和熒光探針序列；

S2、將一段和所述熒光探針序列完全或部分相同、并且和待檢測目的基因序列不匹配的tag序列添加到所述特異性引物序列的內部，即可得到用于等位基因多態性分型的引物。

2.根據權利要求1所述的用于等位基因多態性分型的引物設計方法，其特征在于，所述tag序列在所述引物上的插入位點距離引物3＇末端不少于10個堿基，距離引物5＇末端不少于1個堿基。

3.根據權利要求1所述的用于等位基因多態性分型的引物設計方法，其特征在于，所述tag序列的長度為15～50個堿基。

4.根據權利要求1所述的用于等位基因多態性分型的引物設計方法，其特征在于，所述熒光探針為I型熒光探針，所述I型熒光探針的兩端分別標記熒光基團和猝滅基團。

5.根據權利要求1所述的用于等位基因多態性分型的引物設計方法，其特征在于，所述熒光探針為II型熒光探針，所述II型熒光探針的5＇端為莖環結構，熒光基團和猝滅基團分別標記在莖端。

6.根據權利要求4所述的用于等位基因多態性分型的引物設計方法，其特征在于，所述tag序列和所述I型熒光探針的序列一致性不少于50％。

7.根據權利要求5所述的用于等位基因多態性分型的引物設計方法，其特征在于，所述tag序列和所述II型熒光探針的3＇端的序列一致性不少于50％。

8.一種用于等位基因多態性分型的引物，其特征在于，采用權利要求1～7任一項所述的用于等位基因多態性分型的引物設計方法設計得到。

9.一種用于等位基因多態性分型的引物設計系統，其特征在于，包括如下模塊：

信息獲取模塊：用于獲取待檢測目的基因序列，然后根據待檢測目的基因序列設計特異性引物序列和熒光探針序列；

引物設計模塊：用于將一段和所述熒光探針序列完全或部分相同、并且和待檢測目的基因序列不匹配的tag序列添加到所述特異性引物序列的內部，即可得到用于等位基因多態性分型的引物。

10.根據權利要求9所述的用于等位基因多態性分型的引物設計系統，其特征在于，所述引物設計模塊還包括引物相關參數優化模塊，所述引物相關參數優化模塊用于對引物在模板上的位置、引物長度、退火溫度、GC含量、tag序列選擇、tag序列在引物上的插入位點進行優化。

11.一種用于等位基因多態性分型的檢測體系，其特征在于，包括權利要求8所述的用于等位基因多態性分型的引物，所述引物應用于一個或多個AS-PCR產物的檢測，所述檢測體系還包括一條能夠和所述引物配對的通用反向引物、熒光探針、緩沖體系、DNA聚合酶、dNTPs和待檢測目的基因。

12.根據權利要求11所述的用于等位基因多態性分型的檢測體系，其特征在于，所述tag序列在不同的所述引物內的插入位點和3＇末端堿基的距離可以相同或不同。

13.根據權利要求11所述的用于等位基因多態性分型的檢測體系，其特征在于，不同的所述引物內的tag序列的長度可以相同或不同。

14.根據權利要求11所述的用于等位基因多態性分型的檢測體系，其特征在于，所述引物位于多態性位點上游或多態性位點下游。

15.一種用于等位基因多態性分型的檢測試劑盒，其特征在于，包括權利要求11～14任一項所述的用于等位基因多態性分型的檢測體系。