[發(fā)明專利]用于標(biāo)記細(xì)胞的方法和組合物

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• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 202210411674.5
• 申請(qǐng)日: 2018-12-07
• 公開(kāi)（公告）號(hào): CN114807306A
• 公開(kāi)（公告）日: 2022-07-29
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 斯蒂法尼·克勞德·布泰特;邁克爾·伊巴拉·盧塞羅;塔爾耶伊·西格德·米克爾森;凱瑟琳·法伊弗
• 申請(qǐng)（專利權(quán)）人: 10X基因組學(xué)有限公司
• 主分類號(hào): C12Q1/6806
• 分類號(hào): C12Q1/6806;C12N15/10;C12N15/11;C12Q1/6816;G16B30/10
• 代理公司: 北京安信方達(dá)知識(shí)產(chǎn)權(quán)代理有限公司 11262
• 代理人: 武晶晶

1.一種用于分析分配區(qū)的細(xì)胞占據(jù)率的方法，其包括：

(a)提供包含多個(gè)細(xì)胞核酸條形碼序列的多個(gè)細(xì)胞核酸條形碼分子，所述多個(gè)細(xì)胞核酸條形碼分子中的每個(gè)細(xì)胞核酸條形碼分子包含(i)所述多個(gè)細(xì)胞核酸條形碼序列中的單個(gè)細(xì)胞核酸條形碼序列和(ii)親脂性部分；

(b)用所述多個(gè)細(xì)胞核酸條形碼序列標(biāo)記多個(gè)細(xì)胞以產(chǎn)生多個(gè)標(biāo)記細(xì)胞，其中所述多個(gè)標(biāo)記細(xì)胞中的每個(gè)標(biāo)記細(xì)胞包含所述多個(gè)細(xì)胞核酸條形碼序列中的不同的細(xì)胞核酸條形碼序列；

(c)產(chǎn)生包含所述多個(gè)標(biāo)記細(xì)胞和多個(gè)分配區(qū)核酸條形碼序列的多個(gè)分配區(qū)，其中所述多個(gè)分配區(qū)中的每個(gè)分配區(qū)包含所述多個(gè)分配區(qū)核酸條形碼序列中的不同的分配區(qū)核酸條形碼序列，并且其中所述多個(gè)分配區(qū)的至少一部分包含所述多個(gè)標(biāo)記細(xì)胞中的多于一個(gè)標(biāo)記細(xì)胞；以及

(d)使用(i)所述多個(gè)細(xì)胞核酸條形碼序列中的細(xì)胞核酸條形碼序列，或其互補(bǔ)序列，以及(ii)所述多個(gè)分配區(qū)核酸條形碼序列中的分配區(qū)核酸條形碼序列，或其互補(bǔ)序列將所述多個(gè)標(biāo)記細(xì)胞中的至少兩個(gè)標(biāo)記細(xì)胞鑒定為來(lái)源于同一分配區(qū)。

2.如權(quán)利要求1所述的方法，其中所述多個(gè)細(xì)胞核酸條形碼序列中的給定細(xì)胞核酸條形碼序列鑒定所述多個(gè)標(biāo)記細(xì)胞的相關(guān)聯(lián)細(xì)胞所來(lái)源的樣品。

3.如權(quán)利要求2所述的方法，其中所述樣品來(lái)源于生物流體。

4.如權(quán)利要求3所述的方法，其中所述生物流體包括血液或唾液。

5.如權(quán)利要求1所述的方法，其還包括，在(c)之后，由所述多個(gè)標(biāo)記細(xì)胞合成多個(gè)條形碼化核酸產(chǎn)物，其中所述多個(gè)條形碼化核酸產(chǎn)物中的給定條形碼化核酸產(chǎn)物包含(i)細(xì)胞鑒定序列，其包含所述多個(gè)細(xì)胞核酸條形碼序列中的給定細(xì)胞核酸條形碼序列或所述給定細(xì)胞核酸條形碼序列的互補(bǔ)序列；以及(ii)分配區(qū)鑒定序列，其包含所述多個(gè)分配區(qū)核酸條形碼序列中的給定分配區(qū)核酸條形碼序列或所述給定分配區(qū)核酸條形碼序列的互補(bǔ)序列。

6.如權(quán)利要求5所述的方法，其中多個(gè)分配區(qū)核酸條形碼分子包含所述多個(gè)分配區(qū)核酸條形碼序列，所述多個(gè)分配區(qū)核酸條形碼分子中的每個(gè)分配區(qū)核酸條形碼分子包含所述多個(gè)分配區(qū)核酸條形碼序列中的單個(gè)分配區(qū)核酸條形碼序列。

7.如權(quán)利要求6所述的方法，其中所述多個(gè)分配區(qū)核酸條形碼分子中的給定分配區(qū)核酸條形碼分子包含能夠與所述多個(gè)細(xì)胞核酸條形碼分子中的給定細(xì)胞核酸條形碼分子的序列雜交的引發(fā)序列。

8.如權(quán)利要求7所述的方法，其中所述引發(fā)序列是靶向引發(fā)序列。

9.一種用于分析分配區(qū)的細(xì)胞占據(jù)率的方法，其包括：

(a)提供第一細(xì)胞核酸條形碼分子，其包含(i)第一細(xì)胞核酸條形碼序列和(ii)親脂性部分；以及第二核酸條形碼分子，其包含(i)第二細(xì)胞核酸條形碼序列和(ii)親脂性部分，其中所述第一細(xì)胞核酸條形碼序列具有與所述第二細(xì)胞核酸條形碼序列不同的序列；

(b)用所述第一細(xì)胞核酸條形碼序列標(biāo)記第一細(xì)胞以產(chǎn)生第一標(biāo)記細(xì)胞并且用所述第二細(xì)胞核酸條形碼序列標(biāo)記第二細(xì)胞以產(chǎn)生第二標(biāo)記細(xì)胞；

(c)產(chǎn)生包含所述第一標(biāo)記細(xì)胞和所述第二標(biāo)記細(xì)胞的分配區(qū)，其中所述分配區(qū)還包含分配區(qū)核酸條形碼序列；

(d)產(chǎn)生(i)第一條形碼化核酸分子，其包含所述第一細(xì)胞核酸條形碼序列或其互補(bǔ)序列，以及所述分配區(qū)核酸條形碼序列或其互補(bǔ)序列；以及(ii)第二條形碼化核酸分子，其包含所述第二細(xì)胞核酸條形碼序列或其互補(bǔ)序列，以及分配區(qū)核酸條形碼序列或其互補(bǔ)序列；以及

(e)基于所述第一條形碼化核酸分子和所述第二條形碼化核酸分子具有相同的分配區(qū)核酸條形碼序列或其互補(bǔ)序列，將所述第一標(biāo)記細(xì)胞和所述第二標(biāo)記細(xì)胞鑒定為來(lái)源于所述分配區(qū)。

10.一種用于分析細(xì)胞的方法，其包括：

(a)用細(xì)胞核酸條形碼序列標(biāo)記所述細(xì)胞以產(chǎn)生標(biāo)記細(xì)胞，其中細(xì)胞核酸條形碼分子包含所述細(xì)胞核酸條形碼序列和親脂性部分；

(b)產(chǎn)生包含所述標(biāo)記細(xì)胞和多個(gè)分配區(qū)核酸條形碼分子的分配區(qū)，其中所述多個(gè)分配區(qū)核酸條形碼分子中的每個(gè)分配區(qū)核酸條形碼分子包含分配區(qū)核酸條形碼序列；

(c)將所述細(xì)胞透化以使得其中的多個(gè)核酸分子可被接近；

(d)產(chǎn)生(i)條形碼化核酸分子，其包含所述細(xì)胞核酸條形碼序列或其互補(bǔ)序列，以及所述分配區(qū)核酸條形碼序列或其互補(bǔ)序列；以及(ii)多個(gè)條形碼化核酸產(chǎn)物，其各自包含所述多個(gè)核酸分子中的核酸分子的序列和所述分配區(qū)核酸條形碼序列或其互補(bǔ)序列；以及

(e)將所述多個(gè)核酸分子鑒定為來(lái)源于所述細(xì)胞。