[發明專利]一種分析轉基因植物中DNA整合信息的方法及用途

在審

• 申請號: 202210384790.2
• 申請日: 2022-04-13
• 公開（公告）號: CN114743595A
• 公開（公告）日: 2022-07-12
• 發明（設計）人: 周煥斌;李少芳
• 申請（專利權）人: 中國農業科學院植物保護研究所
• 主分類號: G16B20/20
• 分類號: G16B20/20;G16B20/30;G16B30/10
• 代理公司: 北京惠森至誠知識產權代理事務所(特殊普通合伙) 11992
• 代理人: 王園園

1.一種分析轉基因植物中DNA整合信息的方法，其特征在于，包括如下步驟：

步驟1：將所述轉基因植物的基因組測序序列分別與所述植物的基因組序列和轉基因載體序列對比，然后篩選比對到所述植物基因組和所述轉基因載體序列的SCR；

步驟2：根據SCR對比到所述植物基因組和所述轉基因載體的位置將SCR分組；每個SCR分組中每條SCR未被比對的序列部分按照序列長度從長到短排列，如果短序列出現在長序列中，則所述短序列與所述長序列屬于一個SCR亞組，否則所述短序列成為新的SCR亞組；

步驟3：比對到所述轉基因載體序列的SCR分組中的每個SCR亞組中最長的未比到所述轉基因載體的序列部分精確比對所述植物基因組，比對到所述植物基因組的SCR分組中的每個SCR亞組中最長的未比到所述植物基因組的序列部分精確比對所述轉基因載體序列，根據所述SCR亞組比對到所述轉基因載體和所述植物基因組的信息獲得轉基因插入位點信息。

2.根據權利要求1所述的方法，其特征在于，步驟3中，將比對到所述植物基因組的SCR分組中的每個SCR亞組中最長的未比到所述植物基因組的序列部分精確比對所述植物基因組序列；如果所述SCR亞組中最長的未比對到植物基因組的序列部分精確比對到所述植物基因組，則根據該SCR亞組信息以及所述轉基因插入位點信息，獲得轉基因引起的所述轉基因植物染色體重排信息。

3.根據權利要求1所述的方法，其特征在于，步驟3中，將比對到所述轉基因載體序列的SCR分組中每個SCR亞組中最長的未比到所述轉基因載體的序列部分精確比對所述轉基因載體序列；如果所述SCR亞組中最長的未比對到轉基因載體的序列部分精確比對到所述轉基因載體，則根據該SCR亞組信息以及所述插入位點信息獲得轉基因載體片段串聯插入信息。

4.根據權利要求1-3任一項所述的方法，其特征在于，步驟1中，篩選含有兩條及以上不同片段的SCR分組，并且篩選所述轉基因植物相對于非轉基因植物特有的SCR分組，用于步驟2的分析。

5.根據權利要求1-3任一項所述的方法，其特征在于，步驟3中

如果所述比對到所述轉基因載體序列的SCR分組中的每個SCR亞組中最長的未比到所述轉基因載體的序列部分精確比對所述植物基因組，則比對該SCR亞組全長讀出與所述植物基因組序列，如果該SCR亞組全長讀出與所述轉基因載體序列匹配，則刪除該SCR亞組；如果所述比對到所述基因組的SCR分組中的每個SCR亞組中最長的未比對到所述植物組的序列部分精確比對到所述轉基因載體，則比對該SCR亞組全長讀出與所述轉基因載體序列，如果該SCR亞組全長讀出與所述轉基因載體序列匹配，則刪除所述SCR亞組。

6.根據權利要求1-3任一項所述的方法，其特征在于，步驟3中，如果精確比對未完全匹配，則精確比對參數允許1～5nt的錯配；如果還未匹配，則在未比對序列的末端去除6～110nt的序列，再次進行精確比對。

7.根據權利要求1-3任一項所述的方法，其特征在于，步驟1中使用bwa或bowtie2軟件進行比對，步驟3中所述序列精確比對使用ShortRead或Perl。

8.根據權利要求1-3任一項所述的方法，其特征在于，所述轉基因方法包括通過農桿菌介導法、基因槍介導轉化、原生質體融合或花粉管通道法轉化產生轉基因植物；所述轉基因載體包括通過農桿菌介導法、基因槍介導轉化、原生質體融合或花粉管通道法轉化所需載體；所述轉基因插入位點信息包括：T-DNA插入位置、SCR模式圖、T-DNA插入位點嵌合序列、轉基因植物T-DNA插入位置測序覆蓋度以及T-DNA的拷貝數。

9.根據權利要求1-3任一項所述的方法，其特征在于，所述轉基因植物為已經基因組測序的植物，包括但不限于水稻、擬南芥、油菜、番茄、大豆、棉花、黃瓜、玉米或小麥。

10.權利要求1-9任一項所述的方法在轉基因植物基因型鑒定中的應用。