[發明專利]一種枸杞40K液相芯片及應用

有效

• 申請號: 202210273849.0
• 申請日: 2022-03-19
• 公開（公告）號: CN114657238B
• 公開（公告）日: 2023-03-24
• 發明（設計）人: 趙建華;曹有龍;唐建寧;安巍;李浩霞;尹越;牛錦鳳;馬利奮;王亞軍;梁曉婕;黃文娥;羅青;張波;黃婷;萬如;樊云芳;李彥龍
• 申請（專利權）人: 寧夏農林科學院枸杞科學研究所
• 主分類號: C12Q1/6874
• 分類號: C12Q1/6874;C12Q1/6895;G16B20/30
• 代理公司: 北京鼎德寶專利代理事務所(特殊普通合伙) 11823
• 代理人: 牟炳彥

1.一種枸杞40K液相芯片，其特征在于，包括枸杞40K位點探針混合液和雜交捕獲試劑；所述枸杞40K位點探針混合液包括枸杞40K SNP位點探針和165個枸杞SNP功能位點探針，平均每個位點2根捕獲探針；

所述枸杞40K SNP位點中的5023個位點信息如下：

所述165個枸杞SNP功能位點的位點信息如下：

。

2.如權利要求1所述的枸杞40K液相芯片，其特征在于，所述枸杞40K位點探針的設計過程為：

(1)探針長度110bp、探針GC含量在30％～80％之間、同源性區域個數≤5，選取區域最大限度地不包含SSR和GAP區域；

(2)根據篩選獲得的SNP位點設計兩條有60％～70％重疊且覆蓋SNP位點的核苷酸序列；

(3)根據設計的核苷酸序列進行單鏈核苷酸合成，合成的兩條長度為110bp，5’端帶有生物素基團修飾的DNA核苷酸序列稱為枸杞40K位點探針；

(4)將上述兩條合成后的枸杞40K位點探針進行等摩爾質量混合，利用EDTA和Tris HCl混合液定容為3pmol/mL的枸杞40K位點探針混合液。

3.如權利要求1所述的枸杞40K液相芯片，其特征在于，所述枸杞40K SNP位點通過下述方法獲取：

(1)根據307個枸杞種質資源高深度重測序樣本數據，通過BWA比對枸杞參考基因組后，利用GATK檢測所有樣本SNP位點的并集合位點，并篩選出若干個位點用于目標位點的挑選；按照位點挑選過濾的標準進行再次挑選，并將挑選之后的總集合進行探針評估；

(2)將165個枸杞SNP功能標記與步驟(1)獲得的標記總集合進行對比去重，去重后將剩余標記進行合并，得到用于探針評估開發的標記；

(3)探針評估時對位點進行挑選：舍棄上下游50bp在基因組上的序列是小寫的重復序列區，計算剩余位點上下游各50bp的GC含量，保留大于30％、小于70％的目標位點作為候選集，并篩選出包含165個枸杞SNP功能位點的若干個位點；

(4)將染色體分為等長的區段，對設計出來的所有位點按每個區段挑選MAF≥0.035的候選位點，按染色體均勻分布和MAF值高的位點并加上所有功能位點共得到若干個位點，加上165個功能標記，作為第一次測試的45K位點集合；

(5)通過第一輪產品檢測測試，刪除分型表現差的5K位點，形成滿足評估要求、且包含165個功能位點的核心位點的產品集合，并形成40K液相芯片；

(6)通過第二輪產品實驗優化對樣品進行檢測測試，確定產品的最佳實驗操作流程，經過驗證使產品達到設計要求，并形成枸杞40K液相芯片最佳實驗流程。

4.如權利要求3所述的枸杞40K液相芯片，其特征在于，所述步驟(1)中，位點挑選過濾的標準為：MAF0.03，NA25％，雜合率30％，基因注釋優先級exonicsplicing5'UTR3'UTRupstreamintronicdownstreamintergenic；若區段內位點均為無注釋基因結構的位點，則優先考慮MAF最高的位點，否則優先考慮位于基因上的位點。