[發明專利]基于PCD相關基因組合構建的模型在制備預測結腸腺癌預后產品中的應用

在審

• 申請號: 202210265237.7
• 申請日: 2022-03-17
• 公開（公告）號: CN114540499A
• 公開（公告）日: 2022-05-27
• 發明（設計）人: 徐茜;趙輝;郭玉剛;高蕭芳;孫憲凱
• 申請（專利權）人: 鄭州源創吉因實業有限公司;徐茜
• 主分類號: C12Q1/6886
• 分類號: C12Q1/6886;C12N15/11;G16B5/00;G16B25/10;G16B40/00
• 代理公司: 河南商盾云專利代理事務所(特殊普通合伙) 41199
• 代理人: 項珍珍

1.基于PCD相關基因組合構建的模型在制備預測結腸腺癌預后產品中的應用。

2.根據權利要求1所述應用，其特征在于，所述PCD相關基因包括SPTBN2、DNAJC2、DRD4、SH3GL3、FOXS1、GSTM1、ISYNA1、NOL3、GPR27、PPARGC1A、RAB36、SEZ6L2、SERPINE1和TNNT1。

3.根據權利要求1所述應用，其特征在于，所述應用是通過檢測所述PCD關鍵基因的表達水平，從而預測結腸腺癌預后和指導臨床應用。

4.根據權利要求3所述應用，其特征在于，所述檢測采用的試劑包括特異性擴增PCD相關基因的上下游引物或者特異性識別PCD關鍵基因的探針；所述上下游引物如SEQUENCELISTING所示；所述產品包括試劑盒和芯片。

5.一種預測結腸腺癌預后的產品，其特征在于，包括檢測離體結腸腺癌組織樣本中PCD相關基因：SPTBN2、DNAJC2、DRD4、SH3GL3、FOXS1、GSTM1、ISYNA1、NOL3、GPR27、PPARGC1A、RAB36、SEZ6L2、SERPINE1和TNNT1表達水平的試劑。

6.根據權利要求5所述預測結腸腺癌預后的產品，其特征在于，采用所述產品檢測PCD相關基因的表達水平，使用風險評分公式進行風險評分，其中，n為PCD相關基因的數量，βi為PCD關鍵基因的系數，exp of mRNA為納入風險評分系統的基因表達水平；所納入組合的14個PCD相關基因：SPTBN2、DNAJC2、DRD4、SH3GL3、FOXS1、GSTM1、ISYNA1、NOL3、GPR27、PPARGC1A、RAB36、SEZ6L2、SERPINE1和TNNT1；預測結腸腺癌預后情況時，根據風險評分臨界值(0.913)將患者分為高風險組和低風險組。

7.采用權利要求6所述的風險評分公式獲得的預測結腸腺癌預后模型，其特征在于，該預測結腸腺癌預后模型為：風險評分＝(0.238×DRD4表達水平)+(0.034×TNNT1表達水平)+(0.019×SEZ6L2表達水平)+(0.020×ISYNA1表達水平)+(0.0125×DNAJC2表達水平)+(0.078×SPTBN2表達水平)+(2.437×SH3GL3表達水平)+(0.371×GPR27表達水平)+(0.004×SERPINE1表達水平)+(0.071×NOL3表達水平)+(0.257×FOXS1表達水平)+(0.089×GSTM1表達水平)+(-0.244×RAB36表達水平)+(-0.208×PPARGC1A表達水平)；當風險評分大于0.913時，患者為高風險患者；當風險評分小于0.913時，患者為低風險患者。

8.根據權利要求7所述的預測結腸腺癌預后模型，其特征在于，利用癌癥基因組圖譜(TCGA)數據庫的COAD數據進行腫瘤和正常配對樣本間的差異基因分析，并篩選出差異基因與程序性死亡相關基因交集作為候選基因集，依據經過LASSO-COX回歸分析并逐步優化后，構建由SPTBN2、DNAJC2、DRD4、SH3GL3、FOXS1、GSTM1、ISYNA1、NOL3、GPR27、PPARGC1A、RAB36、SEZ6L2、SERPINE1和TNNT1，選擇具有統計學意義的基因構建生存相關的線性分析評估模型，計算各個樣本的風險值并取中位數為截斷值，將樣本分為高、低風險組。采用時間依賴的ROC曲線評估模型1、3、5年的生存期的預測能力，同時分析高、低組的生存曲線。對TCGA數據集依照風險值進行了差異基因重分析以及通路富集分析。

利用GEO數據庫中GSE17536(n＝177)，GSE17537(n＝55)，GSE39582(n＝479)和GSE29623(n＝65)數據集作為驗證數據集，驗證該預后模型。接著利用單因素富集分析評估免疫細胞及功能在風險值水平上存在的差異，并預測了模型與免疫治療間的影響。利用該模型并結合臨床數據繪制列線圖，評估患者的預后生存率并制定個性化治療方案。