[發明專利]一種基于Y染色體SNP特征位點確定譜系的方法

在審

• 申請號: 202210263630.2
• 申請日: 2022-03-17
• 公開（公告）號: CN114908148A
• 公開（公告）日: 2022-08-16
• 發明（設計）人: 翟平生;石宏
• 申請（專利權）人: 云南聚云基因工程有限公司
• 主分類號: C12Q1/6858
• 分類號: C12Q1/6858;C12N15/11
• 代理公司: 北京酷愛智慧知識產權代理有限公司 11514
• 代理人: 胡林

本發明公開了一種基于Y染色體SNP特征位點確定譜系的方法，所述方法包括如下步驟：(a)確定檢測對象的Y染色體SNP特征位點；(b)根據上述Y染色特SNP特征位點是否發生突變確定檢測對象的譜系；本發明上述方法通過Y染色體SNP特征位點快速實現檢測對象譜系的確定，該方法具有準確性高和效率高的特點；此外，本發明Y染色體SNP特征位點基于TaqMan探針法快速檢測，是一步法擴增就能完成檢測，不需要純化和模版制備，簡化了Y?SNP的檢測流程；其次，TaqMan探針法只檢測熒光信號的有和無，不存在調整實驗體系配比來優化信號強度；第三，不需要人工核對原始數據；第四，偶爾有個別樣本信號缺失，補充起來也很方便快捷。

技術領域

本發明涉及譜系確定技術領域，具體涉及一種基于Y染色體SNP特征位點確定譜系的方法。

背景技術

目前實現個體譜系識別對Y染色體和線粒體SNP檢測的方法有以下幾種：

1.測序法(一代測序)：對目標位點區段進行PCR擴增，之后利用純化試劑盒對PCR產物進行純化去除反應體系中的各種組分，再基于PCR產物為模板利用測序引物和測序試劑盒進行測序反應，測序反應產物經純化試劑盒純化之后再經與去離子甲酰胺混合變性之后上測序儀測序。該技術涉及步驟較多，很難實現大規模的高通量快速檢測，同時成本也很高。

2.測序法(二代測序)：二代測序可以實現大樣本的高通量檢測，但是該技術需要非常復雜的建庫和測序過程，最終產生大量的數據，數據分析必須要專業人士才能完成。該技術目前成本很高，很難大規模推廣使用。

3.SNP芯片檢測法：芯片技術是將需要檢測位點信息設計成為探針，并在一個芯片上集中多個位點信息，實現大規模的快速檢測，但是芯片雜交和數據讀取以及數據解讀都需要非常專業的技術人員獨立分工完成。目前該方法成本也相對較高，很少用于個體譜系識別對Y染色體SNP檢測。

4.PCR產物限制性酶切法：該技術利用突變位點序列特征設計限制性內切酶酶切位點，通過PCR擴增實現酶切位點的引入，對PCR產物進行酶切之后電泳分型，根據酶切結果判斷突變類型。該技術有很多缺陷，有些突變位點很難引入酶切位點，限制性內切酶活性也影響了酶切效果而產生假陰性結果，往往需要測序結果來檢驗數據質量。該技術應用上涉及很多步驟及電泳圖像讀取不能實現自動化，不可能實現大樣本的高通量檢測。

5.基于多重PCR擴增的Snapshot檢測法：該方法是目前法醫學上個體譜系識別對Y染色體SNP檢測的主要方法，該方法可以實現多個位點的快速檢測。Snapshot技術需要PCR制備Snapshot反應模板，經酶法純化備用。利用各個突變位點信息設計Snapshot反應引物，為區分不同位點將Snapshot反應引物設計為有長度差異，以便區分不同位點信息。利用Snapshot模板、引物和試劑盒完成單個堿基擴增反應，之后再經一輪酶純化，與去離子甲酰胺和Liz內標混合變性，用一代測序儀分離片段大小以及讀取單堿基擴增時引入的熒光信號，以區分不同位點的SNP變異信息。該技術實驗步驟繁瑣，多重擴增經常出現有些位點信息缺失，需要補數據。還有多重擴增需要花大量時間去優化反應體系，以實現各個位點熒光信號的均一性。該技術產生的數據讀取存在一定誤差，需要實驗人員手動檢查原始數據，由于信號強度差異，會出現假陰性。所以需要對數據抽樣測序確認。