[發明專利]一種計算染色體結構變異及單親二倍體信息的方法

在審

• 申請號: 202210250688.3
• 申請日: 2022-03-15
• 公開（公告）號: CN114566217A
• 公開（公告）日: 2022-05-31
• 發明（設計）人: 喻長順;李冬梅;劉洪洲;孫思哲;李恪;陳建春;賈曉冬;李行;汲珊珊
• 申請（專利權）人: 天津金域醫學檢驗實驗室有限公司
• 主分類號: G16B20/30
• 分類號: G16B20/30;G16B20/20
• 代理公司: 北京沁優知識產權代理有限公司 11684
• 代理人: 周慶路

1.一種計算染色體結構變異及單親二倍體信息的方法，其特征在于，包括如下步驟：

S1、隨機選取一萬例全外單樣本的原始測序文件，并采用illumina測序配套的bed文件；

S2、基于選取的一萬例全外單樣本篩選出具有代表性的雜合bed，根據每個雜合bed的純合度計算UPD基線；

S3、將測試樣本與步驟S2計算得到的UPD基線進行對比計算生成相應的UPD結果。

2.根據權利要求1所述的計算染色體結構變異及單親二倍體信息的方法，其特征在于，所述步驟S2包括：

S201、對原始測序文件中每一例樣本的雜合位點進行篩選，篩選條件類型包括SNP位點、Freq、Filter和SegDup；

S202、將篩選后的所有樣本的結果與illumina測序配套的bed文件進行區間比對，選取具有代表性的雜合bed。

3.根據權利要求2所述的計算染色體結構變異及單親二倍體信息的方法，其特征在于，所述步驟S201中的篩選條件包括篩選SNP位點發生單堿基置換的，Freq大于等于20X且小于等于80X的，Filter質控通過的，SegDup不等于空值的雜合位點。

4.根據權利要求3所述的計算染色體結構變異及單親二倍體信息的方法，其特征在于，所述S201中采用染色體長臂和短臂分開計算的方法，通過多重比對分析選取具有代表性的雜合bed。

5.根據權利要求4所述的計算染色體結構變異及單親二倍體信息的方法，其特征在于，所述步驟S2還包括：

S203、將步驟S202中選取的具有代表性的雜合bed中連續的雜合bed區域進行合并。

6.根據權利要求5所述的計算染色體結構變異及單親二倍體信息的方法，其特征在于，所述步驟S2還包括：

S204、統計步驟S203中合并后的雜合bed區域中每個bed區域內的雜合位點數，并基于雜合位點數計算出每個bed區域的純合度，根據每個bed區域的純合度計算UPD基線。

7.根據權利要求6所述的計算染色體結構變異及單親二倍體信息的方法，其特征在于，所述步驟S3包括：

S301、將測試樣本的雜合位點與UPD基線通過annovar軟件進行比對，篩選出雜合度高的雜合位點；

S302、將步驟S301得到的結果帶入隱馬爾可夫模型中，采用每條染色體長臂短臂分開預測的方法預測每條染色體上雜合度丟失的區域，生成UPD計算結果。

8.根據權利要求7所述的計算染色體結構變異及單親二倍體信息的方法，其特征在于，所述步驟S3還包括：

S303、將步驟S302得到的UPD計算結果按照染色體進行排序，得到連續的ROH；

S304、根據UPD基線中每個bed區域的純合度計算每一組ROH的純合度，根據每組中雜合位點個數調整ROH純合度，基于每組ROH的純合度計算p值；S305、對UPD計算結果進行篩選，篩選條件為染色體長度2.5M以上且P值小于等于萬分之一的數據。

9.根據權利要求8所述的計算染色體結構變異及單親二倍體信息的方法，其特征在于，所述步驟S304中：P值指每一組ROH中包含的每個bed的純合度相乘的結果；

所述根據每組中雜合位點個數調整ROH純合度包括，計算每一組ROH中雜合位點數量，在其他純合位點計算出的P值的基礎上乘以10000的N次方，其中N為雜合位點的數量。

10.根據權利要求1-9中任一項權利要求所述的計算染色體結構變異及單親二倍體信息的方法，其特征在于，所述方法還包括：

S4、UPD計算結果可視化；

應用R語言對全外樣本的CNV數據進行處理，應用R程序整理CNV結果以及UPD結果，根據UPD結果繪制染色體結構變異及單親二倍體信息圖，采用男女樣本分別作圖的方法展現測試樣本每條染色體的變異形式。