[發明專利]基于納米孔測序的進境植物檢疫性病毒鑒定方法及應用

在審

• 申請號: 202210150997.3
• 申請日: 2022-02-18
• 公開（公告）號: CN114438182A
• 公開（公告）日: 2022-05-06
• 發明（設計）人: 毛凌峰;尹傳林;孫凱;俞曉平
• 申請（專利權）人: 杭州柏熠科技有限公司
• 主分類號: C12Q1/6869
• 分類號: C12Q1/6869;C12Q1/70;C12N15/11;G16B20/30;G16B30/10;G16B40/00;G16B50/30
• 代理公司: 杭州匯和信專利代理有限公司 33475
• 代理人: 薛文玲

1.一種基于納米孔測序的進境植物檢疫性病毒鑒定方法，其特征在于，包括以下步驟：

構建進境植物檢疫性病毒基因組數據庫，所述進境植物檢疫性病毒基因組數據庫包括至少一進境植物檢疫性病毒的病毒基因組序列；

利用納米孔測序技術獲取待測樣品的納米孔測序數據，并前處理所述納米孔測序數據得到分析數據；

初步分類鑒定所述分析數據得到初步鑒定結果，比對所述初步鑒定結果和所述分析數據并過濾得到一致性比對序列，比對所述一致性比對序列和所述進境植物檢疫性病毒基因組數據庫并過濾得到目標序列，比對所述目標序列和所述一致性比對序列并過濾得到有效鑒定結果。

2.根據權利要求1所述的基于納米孔測序的進境植物檢疫性病毒鑒定方法，其特征在于，包括步驟：基于所述有效鑒定結果生成鑒定報告，所述鑒定報告包含納米孔測序數據和分析數據的統計結果。

3.根據權利要求1所述的基于納米孔測序的進境植物檢疫性病毒鑒定方法，其特征在于，在“構建進境植物檢疫性病毒基因組數據庫”步驟中，獲取各個進境植物檢疫性病毒的基因組測序信息和參考基因組序列，所述基因組測序信息和所述參考基因組序列組成所述病毒基因組序列。

4.根據權利要求1所述的基于納米孔測序的進境植物檢疫性病毒鑒定方法，其特征在于，在“前處理所述納米孔測序數據得到分析數據”步驟中，將所述納米孔測序數據轉換為Fasta堿基序列文件，過濾低質量測序數據得到所述分析數據。

5.根據權利要求1所述的基于納米孔測序的進境植物檢疫性病毒鑒定方法，其特征在于，在“初步分類鑒定所述分析數據得到初步鑒定結果”步驟中，使用Centrifuge軟件及本地數據庫對所述分析數據進行分類鑒定，并過濾低鑒定值的分類結果得到所述初步鑒定結果。

6.根據權利要求1所述的基于納米孔測序的進境植物檢疫性病毒鑒定方法，其特征在于，在“比對所述初步鑒定結果和所述分析數據并過濾得到一致性比對序列”步驟中，使用Minimap2軟件將所述分析數據與所述初步鑒定結果比對得到比對值，篩選比對值低于比對閾值的比對信息，剩余的比對信息組成所述一致性比對序列。

7.根據權利要求1所述的基于納米孔測序的進境植物檢疫性病毒鑒定方法，其特征在于，在“比對所述一致性比對序列和所述進境植物檢疫性病毒基因組數據庫并過濾得到目標序列”步驟中，將所述一致性序列片段通過Blast軟件與進境植物檢疫性病毒基因組數據庫比對得到比對值，篩選比對值低于識別閾值的比對信息，剩余的比對信息組成所述目標序列。

8.根據權利要求1所述的基于納米孔測序的進境植物檢疫性病毒鑒定方法，其特征在于，在“比對所述目標序列和所述一致性比對序列并過濾得到有效鑒定結果”步驟中，根據Blast鑒定結果再次使用Minimap2軟件將所述分析數據與所述目標序列進行比對得到比對值，篩選比對值低于設定閾值以及堿基長度低于設定閾值的分析數據，得到最終的有效鑒定結果。

9.根據權利要求1所述的基于納米孔測序的進境植物檢疫性病毒鑒定方法，其特征在于，進境植物檢疫性病毒包括但不限于小麥線條花葉病毒、S甘蔗線條病毒、馬鈴薯V病毒、馬鈴薯A病毒、煙草環斑病毒、南方菜豆花葉病毒、馬鈴薯帚頂病毒、燕麥花葉病毒、玉米褪綠斑駁毒、玉米褪綠矮縮病毒、可可腫枝病毒、香石竹環斑病毒、菜豆莢斑駁病毒、南芥菜花葉病毒、馬鈴薯黃矮病毒。

10.一種基于權利要求1到9任一所述的基于納米孔測序的進境植物檢疫性病毒鑒定方法的應用，其特征在于，用于鑒定進境植物檢疫性病毒。