[發(fā)明專利]一種與雞黑色腹膜性狀相關(guān)的SNP分子標(biāo)記及應(yīng)用

有效

• 申請?zhí)枺?/td>: 202210128765.8
• 申請日: 2022-02-11
• 公開（公告）號: CN114231645B
• 公開（公告）日: 2023-10-03
• 發(fā)明（設(shè)計）人: 周廣源;羅成龍;劉天飛;瞿浩;舒鼎銘;王艷
• 申請（專利權(quán)）人: 廣東省農(nóng)業(yè)科學(xué)院動物科學(xué)研究所
• 主分類號: C12Q1/6888
• 分類號: C12Q1/6888;C12N15/11;G16B20/20
• 代理公司: 北京慕達(dá)星云知識產(chǎn)權(quán)代理事務(wù)所(特殊普通合伙) 11465
• 代理人: 孫光遠(yuǎn)

本發(fā)明公開了一種與雞黑色腹膜性狀相關(guān)的SNP分子標(biāo)記及應(yīng)用。涉及雞標(biāo)記輔助選擇技術(shù)領(lǐng)域。本發(fā)明對黑腹膜性狀進(jìn)行分級，檢測NDV抗體應(yīng)答，進(jìn)行基因分型。將孵化批次、性別、前三主成分作為固定效應(yīng)，進(jìn)行GWAS分析。得到顯著的SNP位點(rs317439499)，后進(jìn)行關(guān)聯(lián)分析，得出等位基因A對于黑色腹膜性狀具有極顯著的負(fù)效應(yīng)，對新城疫抗體應(yīng)答水平有顯著的正效應(yīng)；得出等位基因G對于黑色腹膜性狀具有極顯著的正效應(yīng)，對新城疫抗體應(yīng)答水平有顯著的負(fù)效應(yīng)。分子標(biāo)記SNP位點可用于雞黑色腹膜性狀的分子標(biāo)記輔助育種。通過該遺傳標(biāo)記進(jìn)行選育不僅可以降低群體的黑色腹膜個體數(shù)量，同時還能提高新城疫抗體應(yīng)答水平。

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明涉及雞標(biāo)記輔助選擇技術(shù)領(lǐng)域，更具體的說是涉及一種與雞黑色腹膜性狀相關(guān)的SNP分子標(biāo)記及應(yīng)用。

背景技術(shù)

雞肉是我國的第二大消費(fèi)肉類，近年來我國雞肉人均消費(fèi)持續(xù)增長。為了防止疫病傳播，確保活禽產(chǎn)品質(zhì)量安全，以活禽交易為主的優(yōu)質(zhì)肉雞產(chǎn)業(yè)將逐步向冰鮮和屠宰加工型轉(zhuǎn)變。因此，黑色腹膜性狀等直接影響品種的經(jīng)濟(jì)效益的肉雞屠體外觀性狀的選育得到重視。

雞黑色腹膜性狀表現(xiàn)為腹部皮膚呈現(xiàn)深藍(lán)色外觀，當(dāng)皮膚被去除時，出現(xiàn)黑色結(jié)締組織。其嚴(yán)重影響胴體外觀，影響經(jīng)濟(jì)效應(yīng)。且黑腹性狀在黃羽肉雞中比較常見，3周齡時，有5％-95％的惠陽胡須雞存在黑色腹膜，但目前關(guān)于雞黑色腹膜性狀的研究還比較少。

因此，如何提供一種與雞黑色腹膜性狀相關(guān)的SNP分子標(biāo)記是本領(lǐng)域技術(shù)人員亟需解決的問題。

發(fā)明內(nèi)容

有鑒于此，本發(fā)明提供了一種與雞黑色腹膜性狀相關(guān)的SNP分子標(biāo)記及應(yīng)用。雞黑色腹膜性狀作為一個中等遺傳力的性狀，存在一定的改良空間，作為一個復(fù)雜性狀適用于利用GWAS(全基因組關(guān)聯(lián)分析)尋找與性狀顯著關(guān)聯(lián)的SNP(單核苷酸多態(tài)性)，找到的顯著SNP位點有望運(yùn)用于雞黑色腹膜性狀的后續(xù)育種當(dāng)中。

此外，黑色腹膜與新城疫抗體應(yīng)答存在中等程度的負(fù)遺傳相關(guān)-0.42。一般來說遺傳相關(guān)來自于多基因效應(yīng)，然而遺傳相關(guān)也可以來自于不同基因座之間的連鎖不平衡。本發(fā)明采用多性狀GWAS識別多效基因位點，由此產(chǎn)生的標(biāo)記性狀關(guān)聯(lián)被稱為交叉表型(CP)關(guān)聯(lián)。通常所研究性狀之間的遺傳相關(guān)越高，多性狀GWAS的效力也就越高。通過多性狀GWAS我們可以篩選出具有拮抗作用的SNP，即SNP對一個性狀具有正效應(yīng)，另一個性狀具有負(fù)效應(yīng)。這樣的SNP位點用于雞的分子標(biāo)記輔助育種，我們可有得到同時具有低的黑色腹膜和高的新城疫抗體應(yīng)答水平的雞。。

為了實現(xiàn)上述目的，本發(fā)明采用如下技術(shù)方案：

一種與雞黑色腹膜性狀相關(guān)的分子標(biāo)記，分子標(biāo)記SNP位點位于核苷酸序列SEQID NO.1所示的第101位，為A或G。

本發(fā)明還提供了上述的一種與雞黑色腹膜性狀相關(guān)的分子標(biāo)記的篩選方法，包括以下步驟：

(1)測定試驗雞黑色腹膜和新城疫抗體應(yīng)答水平數(shù)據(jù)；

(2)提取試驗雞的DNA；

(3)通過mvLMM模型進(jìn)行GWAS分析，獲得顯著SNP位點；

(4)通過單倍型與表型關(guān)聯(lián)分析對顯著SNP位點進(jìn)行驗證；

(5)得到顯著的SNP位點。

本發(fā)明還提供了上述的一種與雞黑色腹膜性狀相關(guān)的分子標(biāo)記在雞品系選育中的應(yīng)用。

優(yōu)選的：SNP位點為A時，雞具有更低的黑色腹膜與更高的新城疫抗體應(yīng)答水平。

優(yōu)選的：包括以下步驟：

(1)提取基因組DNA；

(2)檢測試驗上述分子標(biāo)記SNP位點的基因型；

(3)選擇基因型A/A的試驗雞進(jìn)行優(yōu)勢品系的選育。