[發明專利]檢測或鑒定幽門螺桿菌耐藥基因突變的方法、引物探針組合物、應用、試劑盒及使用方法

在審

• 申請號: 202210075286.4
• 申請日: 2022-01-22
• 公開（公告）號: CN114410811A
• 公開（公告）日: 2022-04-29
• 發明（設計）人: 韓敏;韓晶;任鵬飛;王俊峰;王玉朗
• 申請（專利權）人: 北京新基永康生物科技有限公司
• 主分類號: C12Q1/689
• 分類號: C12Q1/689;C12Q1/6858;C12Q1/6848;C12N15/11;C12R1/01
• 代理公司: 暫無信息
• 代理人: 暫無信息

1.一種檢測或鑒定幽門螺桿菌耐藥基因突變的方法，其特征在于，包括以下步驟：

設計其它序列的特異性引物探針組合物以及用于擴增和檢測多個靶標突變位點的目標引物探針組合物，其它序列是靶標突變位點所在序列的保守區序列或者是不同于靶標突變位點所在序列的其它基因的保守區序列；將所述目標引物探針組合物以及其它序列特異性引物探針組合物與待檢測樣本的模板DNA混合，進行ARMS-PCR，并通過計算目標突變基因與其它序列的Ct值的差值判斷幽門螺桿菌耐藥基因突變結果。

2.根據權利要求1所述的方法，其特征在于，其它序列是靶標突變位點所在序列的保守區序列時，靶標突變位點和其他序列分別所在的區域相隔500bp以上。

3.一種實施權利要求1-2任一所述方法的檢測或鑒定幽門螺桿菌耐藥基因突變的引物探針組合物，其特征在于，所述耐藥基因為幽門螺桿菌gyrA耐藥基因，所述目標引物探針組合物為ARMS引物探針組合物；所述ARMS引物探針組合物用于結合靶標突變位點，所述其它序列特異性引物探針組合物用于結合其它序列。

4.根據權利要求3所述的引物探針組合物，其特征在于，所述其它序列為16S rRNA基因序列；所述其它序列特異性引物探針組合物為16S rRNA基因引物探針組合物。

5.根據權利要求3所述的引物探針組合物，其特征在于，所述ARMS引物探針組合物包括通用下游引物gyrA-R、探針gyrA-P和上游引物組合物，所述上游引物組合物包括A260T位點的上游引物F1、T261G位點的上游引物F2、T261A位點的上游引物F3、G271A位點的上游引物F4和上游引物F5、G271T位點的上游引物F6和上游引物F7和A272G位點的上游引物F8和上游引物F9中的至少兩種；

其中，A260T位點的上游引物F1，其基因序列如SEQ ID NO 1所示；

T261G位點的上游引物F2，其基因序列如SEQ ID NO 2所示；

T261A位點的上游引物F3，其基因序列如SEQ ID NO 3所示；

G271A位點的上游引物F4和上游引物F5，上游引物F4的基因序列如SEQ ID NO 4所示，上游引物F5的基因序列如SEQ ID NO 5所示；

G271T位點的上游引物F6和F7，上游引物F6的基因序列如SEQ ID NO 6所示，上游引物F7的基因序列如SEQ ID NO 7所示；

A272G位點的上游引物F8和F9，上游引物F8的基因序列如SEQ ID NO 8所示，上游引物F9的基因序列如SEQ ID NO 9所示；

通用下游引物gyrA-R，其基因序列如SEQ ID NO 10所示；

探針gyrA-P，其基因序列如SEQ ID NO 11所示。

6.根據權利要求3所述的引物探針組合物，其特征在于，所述16S rRNA基因引物探針組合物包括上游引物16S-F，其基因序列如SEQ ID NO 12所示；下游引物16S-R，其基因序列如SEQ ID NO 13所示；和探針16S-P，其基因序列如SEQ ID NO 14所示。

7.根據權利要求3所述的引物探針組合物，其特征在于，引物探針組合物還包括內標基因引物探針組合物，所述內標基因為人看家基因RNP基因。

8.一種權利要求1-2所述的方法和/或權利要求3-7任一所述引物探針組合物在制備檢測或鑒定幽門螺桿菌耐藥基因突變的產品中的應用，其特征在于，所述產品為檢測試劑、檢測試劑盒或檢測芯片。

9.一種檢測幽門螺桿菌gyrA耐藥基因突變檢測的試劑盒，其特征在于，含有權利要求3-6任一所述的引物探針組合物。

10.一種權利要求9的試劑盒的使用方法，其特征在于，包括以下步驟：

引物探針組合物還包括內標基因引物探針組，所述內標基因為人看家基因RNP基因；

使得引物探針組合物和所述待檢測樣本的模板DNA混合，進行ARMS-PCR，使得靶標突變位點所在序列和其它序列同時進行熒光定量PCR反應；

其中，ARMS引物探針組合物和模板DNA上靶標突變位點所在的區域結合，其它序列特異性引物探針組合物和模板DNA上其它序列所在的區域結合，并在檢測時分別得出Ct值，并通過Ct值差判定待檢測樣本的基因突變。