[發明專利]微生物蛋白質組數據庫的構建方法及微生物的鑒定方法

在審

• 申請號: 202210069430.3
• 申請日: 2022-01-20
• 公開（公告）號: CN114429788A
• 公開（公告）日: 2022-05-03
• 發明（設計）人: 蘇德畢力格;宋合興;佟雪梅;李運濤;周曉光
• 申請（專利權）人: 生物島實驗室;廣東默迪優譜生物科技有限公司
• 主分類號: G16B50/00
• 分類號: G16B50/00;G16B35/00
• 代理公司: 北京睿陽聯合知識產權代理有限公司 11758
• 代理人: 張穎;景鵬

1.一種微生物蛋白質組數據庫的構建方法，所述方法包括如下步驟：

(a)建立以微生物種或屬為單位的n個蛋白數據庫的集合，每個蛋白數據庫對應于微生物的一個種或者一個屬，所述n≥2；以及

(b)將n個蛋白數據庫中每兩個數據庫中的蛋白進行比對，將兩個數據庫中干擾對方的蛋白從各自的數據庫中去除，組成n×(n-1)個新的數據庫的集合。

2.根據權利要求1所述的構建方法，其特征在于在已有綜合數據庫的基礎上建立以微生物種或屬為單位的n個蛋白數據庫的集合，所述n個蛋白數據庫對應于n個種的微生物或者n個屬的微生物，

優選地，所述綜合數據庫選自：NCBInr數據庫、UniProt數據庫、BioGRID數據庫、Database ofInteracting Proteins數據庫或MINT數據庫，

優選地，以屬為單位建立種間蛋白差異小的微生物蛋白質組數據庫，以種為單位建立種間蛋白質差異大的微生物蛋白質組數據庫。

3.根據權利要求1所述的構建方法，其特征在于，所述微生物為細菌或真菌，

優選地，所述微生物蛋白質組數據庫為細菌蛋白質組數據庫，

優選地，所述微生物蛋白質組數據庫為真菌蛋白質組數據庫，

優選地，所述細菌選自大腸埃希氏桿菌，肺炎克雷伯桿菌，弗氏檸檬酸桿菌，阿氏腸桿菌，蜂房哈夫尼菌，粘質沙雷氏菌，普通變形桿菌，金黃色葡萄球菌，表皮葡萄球菌，屎腸球菌，化膿性鏈球菌，嗜麥芽窄食單胞菌，鮑曼不動桿菌，洋蔥伯克霍爾德菌，銅綠假單胞菌，干燥奈瑟氏菌，腸道沙門氏菌，紋帶棒狀桿菌，枯草芽孢桿菌，A族鏈球菌，結核分枝桿菌，嗜肺軍團菌，淋病奈瑟氏球菌，單核細胞增生李斯特菌，彎曲桿菌屬，百日咳博特氏菌，空腸彎曲菌，產氣莢膜桿菌，傷寒沙門菌，宋氏志賀菌，溶血葡萄球菌，糞腸球菌，堅韌腸球菌，凝固酶陰性葡萄球菌，草綠色鏈球菌或極小棒桿菌；

優選地，所述真菌選自白色念球菌，黑曲霉，隱球菌，耶氏肺孢子菌，酵母菌，互格鏈格孢，木霉，出芽短梗霉，芽枝狀枝孢，粘帚霉，澳大利亞德氏霉，禾谷粘鞭霉，灰色念珠霉，厚壁孢子輪枝菌，青霉，糞莖點霉，紙狀髓霉或人類線狀擔子菌；

優選地，所述n×(n-1)個新的數據庫中每個新數據庫包含15～25個蛋白；

優選地，所述蛋白為核糖體蛋白；

更優選地，所述微生物蛋白質組數據庫為細菌蛋白質組數據庫，并且所述蛋白為30S核糖體蛋白和/或50S核糖體蛋白；

更優選地，所述微生物蛋白質組數據庫為真菌蛋白質組數據庫，并且所述蛋白為40S核糖體蛋白和/或60S核糖體蛋白。

4.根據權利要求1所述的構建方法，其特征在于，將每兩個數據庫中干擾對方的蛋白從各自數據庫中去除包括將Mass Tolerance為≤1000-2000PPM范圍，優選地≤1200-1800PPM范圍，更優選地≤1300-1700PPM范圍，更優選地≤1300-1500PPM范圍，更優選地≤1300PPM的互相干擾對方的蛋白去除。

5.根據權利要求1所述的構建方法，其特征在于，所述方法還包括將步驟(a)的每兩個蛋白數據庫的特異性蛋白組合成n×(n-1)/2個特異性蛋白組合數據庫的集合的步驟；或者

所述方法還包括獲取步驟(a)的每個蛋白數據庫中的特異性蛋白，以及將每兩個蛋白數據庫的特異性蛋白組合成n×(n-1)/2個特異性蛋白組合數據庫集合的步驟，

優選地，每個所述的特異性蛋白組合數據庫包含5～15個針對兩個菌種或者兩個菌屬的特異性蛋白；

更優選地，所述特異性蛋白為核糖體蛋白；

更優選地，所述特異性蛋白組合數據庫為細菌特異性蛋白組合數據庫，并且所述蛋白為30S核糖體蛋白和/或50S核糖體蛋白；

更優選地，所述特異性蛋白組合數據庫為真菌特異性蛋白組合數據庫，并且所述蛋白為40S核糖體蛋白和/或60S核糖體蛋白。