[發明專利]與辣椒青果紫色條紋的緊密相關的SNP、特異CAPS引物及應用

在審

• 申請號: 202210028836.7
• 申請日: 2022-01-11
• 公開（公告）號: CN114350840A
• 公開（公告）日: 2022-04-15
• 發明（設計）人: 李寧;王飛;尹延旭;高升華;姚明華;徐凱;劉亞博
• 申請（專利權）人: 湖北省農業科學院經濟作物研究所
• 主分類號: C12Q1/6895
• 分類號: C12Q1/6895;C12N15/11
• 代理公司: 武漢宇晨專利事務所(普通合伙) 42001
• 代理人: 龔瑩瑩

本發明屬于辣椒分子育種技術領域，公開了與辣椒青果紫色條紋的緊密相關的SNP、特異CAPS引物及應用。本發明所述的SNP位點的位置在辣椒P10染色體的第184,011,859位，堿基為T時，則辣椒青果具有紫色條紋，堿基為G時，則辣椒青果不具有紫色條紋特征。本發明還提供了檢測辣椒青果紫色條紋的特異CAPS引物CAPS690?01，可以在苗期準確檢測辣椒青果是否具有紫色條紋特征，準確性高，顯著提高育種效率并降低育種成本。

技術領域

本發明涉及辣椒分子育種技術領域，具體涉及與辣椒青果紫色條紋的緊密相關的SNP、特異CAPS引物及應用。

背景技術

色澤是辣椒果實最重要的品質性狀之一，對其感官品質和營養品質都有不可替代的貢獻。辣椒果實色澤從青熟期到老熟期變化多樣，其中紫色的辣椒果實中含有豐富的花青素對人體健康有益。此外，花青素是一種重要的抗氧化性物質，在辣椒抗病、抗逆及果實耐貯性等方面也具有重要的作用。

辣椒中已經鑒定出兩個調控未成熟辣椒果實紫色積累的基因，分別為CaAn2和Ca3gt。CaAn2基因編碼一個R2R3-MYB轉錄因子，在紫色辣椒與綠色辣椒中該基因的編碼區沒有差異，紫色辣椒能夠積累花青素的原因是CaAn2基因啟動子區中插入了4.3kb的非長末端重復序列反轉錄轉座子而激活CaAn2基因的表達，而使辣椒能夠積累花青素。根據CaAn2基因啟動子區的差異，獲得了與CaAn2基因完全共分離的基因標記A_SCAR(F：5’CACTCCGACTTGTCTTTACGG 3’，P1R：5’TAACTTGAGCCGGGGGTCT 3’，P2R：5’CACG GAAGGAGGCTAGTCAA3’)，可以準確鑒定CaAn2基因型紫色辣椒種質。Ca3gt基因編碼一個花青素轉運的基因，該基因位于辣椒Chr10染色體CaAn2基因的下游，并獲得了一個緊密連鎖標記CAPS-78-708(F：5’CATGCCACAAGAAGTTGTAGCACAT 3’，R：5’ACTTTCATCAGAATTAACATCTGAAATAA 3’)，該基因型辣椒的表型特征為僅在未成熟果實上積累花青素而呈現紫色。

本發明涉及的辣椒青果紫色條紋性狀，自辣椒幼果時期的果實上開始呈現不均勻分布紫色縱向條紋，類似茄子中的“竹絲茄”，且紫條紋著色不顯著受光的誘導。在茄科蔬菜中，除“竹絲茄”的果實果皮呈現紫色條紋外，番茄和辣椒中果實呈現紫色條紋并不常見。因此，應用該紫色條紋性狀的辣椒材料開展辣椒品質育種具有重要意義，同時也為豐富辣椒花青素合成與調控機制理論，為辣椒紫色性狀研究提供新案例。

發明內容

本發明的目的在于提供檢測與辣椒青果紫色條紋的緊密相關的SNP位點的試劑在辣椒青果紫色條紋育種中的應用。

為了達到上述目的，本發明采取以下技術措施：

本發明通過對青果紫色條紋材料‘竹絲辣椒Chen12’(購自湖北蔬谷農業科技有限公司)和青果非紫色條紋辣椒‘16ZX101-M-1線椒’(李寧,宮麗媛,高升華,尹延旭,余楚英,王飛,陳財,吳君,焦春海,姚明華.辣椒種質的抗性基因分子標記檢測[J].中國蔬菜,2020(08):19-32)構建F₂分離群體，利用BSA-seq結合群體作圖方法，精細定位并鑒定調控辣椒青果紫色條紋的候選基因，并根據候選基因在紫色條紋和非紫色條紋雙親間的差異，將青果紫色條紋性狀相關基因的候選區段定位在辣椒P10號染色體(辣椒CM334參考基因組，V1.55，ftp://ftp.solgenomics.net/genomes/Capsicum_annuum/C.annuum_cvCM334/)物理位置184,002,197至184,365,711區間；根據參考基因組CM334的基因注釋信息，在定位區間內確定控制辣椒紫色條紋特征的候選基因。最終篩選出辣椒紫色條紋性狀相關的SNP位點，所述的SNP位點在辣椒P10染色體(辣椒CM334參考基因組，V1.55，ftp://ftp.solgenomics.net/genomes/Capsicum_annuum/C.annuum_cvCM334/)的第184,011,859位，堿基為T時，則辣椒青果具有紫色條紋，堿基為G時，則辣椒青果不具有紫色條紋特征。