[發(fā)明專利]奶山羊SLC7A5基因單核苷酸多態(tài)性標(biāo)記在產(chǎn)奶性狀早期選擇中的應(yīng)用

有效

• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 202111675823.0
• 申請(qǐng)日: 2021-12-31
• 公開（公告）號(hào): CN114196765B
• 公開（公告）日: 2022-11-29
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 李聰;王琬婷;陳沖;潘壇;宋美文;史懷平;羅軍
• 申請(qǐng)（專利權(quán)）人: 西北農(nóng)林科技大學(xué)
• 主分類號(hào): C12Q1/6888
• 分類號(hào): C12Q1/6888;C12Q1/6858;C12Q1/6869;C12N15/11
• 代理公司: 西安通大專利代理有限責(zé)任公司 61200
• 代理人: 范巍

本發(fā)明公開了一種奶山羊SLC7A5基因單核苷酸多態(tài)性標(biāo)記在產(chǎn)奶性狀早期選擇中的應(yīng)用。以奶山羊全基因組DNA為模板，通過PCR擴(kuò)增奶山羊SLC7A5基因部分片段，直接測(cè)序鑒定該基因突變位點(diǎn)g.5287GA基因型。根據(jù)與產(chǎn)奶性狀關(guān)聯(lián)分析結(jié)果，SLC7A5基因g.5287GA位點(diǎn)為一單核苷酸多態(tài)性位點(diǎn)，該位點(diǎn)的不同基因型與奶山羊乳蛋白率和乳糖率顯著關(guān)聯(lián)，可作為奶山羊分子標(biāo)記輔助開展早期選擇育種，快速建立羊乳品質(zhì)遺傳資源優(yōu)良的奶山羊種群。

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明屬于生物技術(shù)與家畜育種領(lǐng)域，涉及奶山羊SLC7A5基因單核苷酸多態(tài)性(SNP)的分型檢測(cè)及其在分子標(biāo)記輔助早期選擇育種中的應(yīng)用。

背景技術(shù)

在動(dòng)物的遺傳育種過程中，可通過分子遺傳標(biāo)記來提高選擇效率，其中檢測(cè)目標(biāo)基因單核苷酸多態(tài)性(single nucleotide polymorphism，SNP)是一種重要方法。SNP指基因組DNA水平上單個(gè)核苷酸堿基變異引起的DNA序列多態(tài)性，是第三代遺傳標(biāo)記。其主要由堿基的顛換(即嘌呤與嘧啶相互替代)或轉(zhuǎn)換(即嘌呤與嘌呤、嘧啶與嘧啶相互替代)突變導(dǎo)致DNA序列的多態(tài)性。這種變化在分子水平上可能改變基因的功能，導(dǎo)致表型性狀出現(xiàn)差異。SNP具有高遺傳穩(wěn)定性且在基因組中分布廣、數(shù)量多，平均大約1000bp就會(huì)出現(xiàn)一個(gè)SNP。SNP與廣泛使用的微衛(wèi)星、小衛(wèi)星相比，分辨率更高，定位基因也更快速、準(zhǔn)確，并且易實(shí)現(xiàn)自動(dòng)化。

隨著低成本高通量測(cè)序技術(shù)的飛速發(fā)展，通過DNA測(cè)序技術(shù)直接獲得目的片段的堿基序列，而后進(jìn)行序列間比較，可以直觀而有效的檢測(cè)SNP位點(diǎn)的基因型。對(duì)于乳蛋白率、乳糖率等奶山羊配種妊娠后才能表現(xiàn)的性狀，分子標(biāo)記輔助育種技術(shù)可打破性別、年齡等條件的限制，在早期進(jìn)行選育，具有明顯的優(yōu)勢(shì)。

SLC7A5(solute carrier family 7member 5)基因位于山羊18號(hào)染色體，又稱L型氨基酰轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白或腫瘤相關(guān)基因1。其編碼的L型-大型中性氨基酸轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白1(L-typelarge neutral amino acid transporter small subunit 1,LAT1)作為鈉離子非依賴性轉(zhuǎn)運(yùn)載體，在細(xì)胞從外界攝取支鏈氨基酸時(shí)會(huì)被優(yōu)先使用。該轉(zhuǎn)運(yùn)載體憑借高親和力結(jié)合谷氨酰胺等中性氨基酸達(dá)到轉(zhuǎn)運(yùn)目的，在細(xì)胞生命活動(dòng)中起到重要作用。

哺乳動(dòng)物在泌乳期間氨基酸轉(zhuǎn)運(yùn)載體不斷從血液循環(huán)系統(tǒng)中為乳腺細(xì)胞獲取參與合成乳蛋白的氨基酸。SLC7A5基因編碼的LAT1是維持細(xì)胞生長(zhǎng)和蛋白質(zhì)合成所必需的氨基酸轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白，有研究表明其廣泛表達(dá)于多種哺乳動(dòng)物乳腺組織細(xì)胞中，并在乳腺轉(zhuǎn)運(yùn)氨基酸方面有著重要作用。

然而，僅通過SLC7A5基因本身的生物學(xué)功能無法預(yù)測(cè)羊乳品質(zhì)，難以實(shí)現(xiàn)優(yōu)良個(gè)體的早期選擇。目前，國(guó)內(nèi)外也尚未見報(bào)道奶山羊SLC7A5基因的多態(tài)性研究及其與奶山羊產(chǎn)奶性狀的遺傳相關(guān)性。

發(fā)明內(nèi)容

本發(fā)明的目的在于提供一種奶山羊SLC7A5基因單核苷酸多態(tài)性標(biāo)記在產(chǎn)奶性狀早期選擇中的應(yīng)用，以快速建立羊乳品質(zhì)遺傳資源優(yōu)良的奶山羊種群。

為達(dá)到上述目的，本發(fā)明采用了以下技術(shù)方案：

一種奶山羊SLC7A5基因單核苷酸多態(tài)性的檢測(cè)方法，包括以下步驟：

以待測(cè)奶山羊(例如薩能奶山羊個(gè)體)基因組DNA為模板，通過PCR擴(kuò)增奶山羊SLC7A5基因的部分片段，然后對(duì)擴(kuò)增產(chǎn)物直接測(cè)序，根據(jù)測(cè)序結(jié)果鑒定奶山羊SLC7A5基因單核苷酸多態(tài)性位點(diǎn)的基因型，所述單核苷酸多態(tài)性位點(diǎn)選自山羊SLC7A5基因突變位點(diǎn)g.5287GA。

優(yōu)選的，所述PCR的擴(kuò)增引物對(duì)為：

上游引物：5’-ATCCGCATAGAGCCACTT-3’

下游引物：5’-CCATCAACAGTCGTCTACC-3’。