[發(fā)明專利]三樟黃貢椒葉綠體基因組及其應(yīng)用

在審

• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 202111646842.0
• 申請(qǐng)日: 2021-12-29
• 公開(kāi)（公告）號(hào): CN114317555A
• 公開(kāi)（公告）日: 2022-04-12
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 唐可蘭;劉志華;余席茂;馬璐;李健生;文明英;劉陽(yáng)華;唐鍔;譚美麗;肖昌華;陳琳;何振華;劉劍眉;譚建軍;李建忠;文立豐
• 申請(qǐng)（專利權(quán)）人: 衡陽(yáng)市蔬菜研究所
• 主分類號(hào): C12N15/29
• 分類號(hào): C12N15/29;C12Q1/6895;C12Q1/6869;G16B30/10;G16B30/20;G16B25/20;G16B50/30
• 代理公司: 北京華際知識(shí)產(chǎn)權(quán)代理有限公司 11676
• 代理人: 袁瑞紅

1.三樟黃貢椒葉綠體基因組，其特征在于，其核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示。

2.權(quán)利要求1所述的三樟黃貢椒葉綠體基因組在鑒定三樟黃貢椒品種中的應(yīng)用。

3.權(quán)利要求1所述的三樟黃貢椒葉綠體基因組在重建辣椒屬系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)中的應(yīng)用。

4.一種三樟黃貢椒品種鑒定方法，其特征在于，所述鑒定方法包括：

(1)采用CTAB法提取樣品總DNA提取；

(2)對(duì)提取的總DNA進(jìn)行Oxford Nanopore PromethION三代測(cè)序和Illumina NovaSeq高通量二代測(cè)序；

(3)葉綠體基因組拼接和組裝；

(4)將組裝好的樣品葉綠體基因組核苷酸序列與三樟黃貢椒的葉綠體基因組核苷酸序列進(jìn)行比對(duì)，當(dāng)其相似指數(shù)達(dá)到99.95％以上時(shí)，才確定為三樟黃貢椒。

5.根據(jù)權(quán)利要求4所述的三樟黃貢椒品種鑒定方法，其特征在于，步驟(4)將組裝好的樣品葉綠體基因組核苷酸序列與三樟黃貢椒的葉綠體基因組核苷酸序列進(jìn)行比對(duì)，當(dāng)其序列完全一致時(shí)，確定為三樟黃貢椒。

6.根據(jù)權(quán)利要求4或5所述的三樟黃貢椒品種鑒定方法，其特征在于，步驟(3)所述葉綠體基因組拼接和組裝的方法具體為：

(1)使用Flye軟件對(duì)高通量測(cè)序數(shù)據(jù)進(jìn)行de novo組裝；

(2)基于已經(jīng)公開(kāi)發(fā)表的辣椒屬葉綠體基因組序列作為參考序列，將拼接結(jié)果進(jìn)行blastn比對(duì)，基于比對(duì)情況并確定候選序列組裝結(jié)果；

(3)連接好的序列，若包含gap，即含N序列，則使用Gapcloser進(jìn)一步補(bǔ)洞，完成葉綠體基因組的拼接和組裝，并進(jìn)行人工校對(duì)；

(4)利用專門(mén)針對(duì)葉綠體的注釋軟件CPGAVAS2進(jìn)行基因注釋后并繪圖，從而獲得完整的三樟黃貢椒葉綠體基因組，利用DOGMA軟件繪制葉綠體基因組注釋圖。

7.根據(jù)權(quán)利要求6所述的三樟黃貢椒品種鑒定方法，其特征在于，所述Flye軟件的version：v.2.8.3；參數(shù)：-meta-plasmids；所述blastn的version：2.2.30+；參數(shù)：-evalue1e-5；所述Gapcloser的Version：1.12。