[發(fā)明專利]一種黃鰭棘鯛SNP標記及其篩選方法

在審

• 申請?zhí)枺?/td>: 202111365784.4
• 申請日: 2021-11-10
• 公開（公告）號: CN115094145A
• 公開（公告）日: 2022-09-23
• 發(fā)明（設計）人: 朱克誠;李勇;張殿昌;于方兆;劉寶鎖;羅志平;郭華陽;張楠;郭梁
• 申請（專利權(quán)）人: 中國水產(chǎn)科學研究院南海水產(chǎn)研究所;珠海市現(xiàn)代農(nóng)業(yè)發(fā)展中心（珠海市金灣區(qū)臺灣農(nóng)民創(chuàng)業(yè)園管理委員會;珠海市農(nóng)漁業(yè)科研與推廣中心）
• 主分類號: C12Q1/6888
• 分類號: C12Q1/6888;C12N15/11;C12Q1/6869
• 代理公司: 重慶以知共創(chuàng)專利代理事務所(普通合伙) 50226
• 代理人: 高建華

本發(fā)明涉及魚類遺傳育種技術(shù)領(lǐng)域，公開了一種黃鰭棘鯛SNP標記，包括46對引物組；還公開了篩選方法。本發(fā)明首次在黃鰭棘鯛上批量建立了具有豐富多態(tài)性的SNP分子標記，為黃鰭棘鯛的家系鑒定、種群遺傳結(jié)構(gòu)、遺傳育種、親子鑒定等研究提供了強有力的工具，彌補了現(xiàn)有技術(shù)中黃鰭棘鯛SNP分子標記的缺乏；同時篩選檢測過程簡便、快捷、高效，節(jié)約了人力和成本。

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明涉及魚類遺傳育種技術(shù)領(lǐng)域，具體涉及一種黃鰭棘鯛SNP標記及其篩選方法。

背景技術(shù)

黃鰭棘鯛(Acanthopagrus latus)隸屬于魚綱Pisces、鱸形目Perciformes、鯛科Sparidae、棘鯛屬Acanthopagrus，廣泛分布于紅海、阿拉伯海、印度洋、西太平洋沿岸和中國臺灣、福建、廣東、廣西沿海。黃鰭棘鯛生活于近岸海域及河口灣，雜食性，是一種重要的經(jīng)濟魚類，黃鰭棘鯛養(yǎng)殖周期偏長，極大限制了漁民養(yǎng)殖該品種的熱情。近年來，由于環(huán)境污染、過度捕撈等導致黃鰭棘鯛自然種群嚴重衰退、種質(zhì)嚴重退化，同時黃鰭棘鯛養(yǎng)殖群體的近親繁殖、小規(guī)格親本人工育苗等原因，導致黃鰭棘鯛養(yǎng)殖種質(zhì)嚴重退化，抗病力減弱，養(yǎng)殖性能下降。以上問題嚴重制約了黃鰭棘鯛養(yǎng)殖業(yè)的持續(xù)健康發(fā)展。

目前在黃鰭棘鯛遺傳育種方面開展的工作較少，朱克誠等人利用微衛(wèi)星親子鑒定技術(shù)手段篩選的微衛(wèi)星標記能為黃鰭棘鯛增殖放流、種群選育和分子輔助家系管理提供基礎(chǔ)信息；吳仁協(xié)等人開發(fā)的47個高多態(tài)性的黃鰭棘鯛微衛(wèi)星標記可以為鯛科魚類的種群遺傳學分析提供標記來源。此外，還有學者篩選了少量與黃鰭棘鯛生長相關(guān)的單核苷酸多態(tài)性(Single-nucleotide polymorphisms，SNPs)位點。目前隨著測序技術(shù)的飛速發(fā)展，大量的SNP應用到了水產(chǎn)動物中，如鯛科魚類的二長棘鯛(Parargyrops edita)、黑鯛(Acanthopagrus schlegeli)、金頭鯛(Sparus aurata)等，這些SNPs具有高多態(tài)性、分布廣泛等眾多優(yōu)點，在鯛科魚類遺傳育種中具有廣泛的應用前景，但目前還未見大批量的黃鰭棘鯛SNP位點篩選的報道。

發(fā)明內(nèi)容

基于以上問題，本發(fā)明提供一種黃鰭棘鯛SNP標記及其篩選方法，本發(fā)明首次在黃鰭棘鯛上批量建立了具有豐富多態(tài)性的SNP標記，為其家系鑒定、種群遺傳結(jié)構(gòu)、遺傳育種等研究提供了強有力的工具。

為解決以上技術(shù)問題，本發(fā)明提供了一種黃鰭棘鯛SNP標記，包括46對引物組。

為解決以上技術(shù)問題，本發(fā)明還提供了利用SNP標記篩選黃鰭棘鯛的方法，具體步驟如下：

S1：提取黃鰭棘鯛基因組DNA；

S2：利用46對引物組對步驟S1中的基因組DNA進行PCR擴增，PCR擴增反應體系為10μL體系，具體包括：100ng/μL的基因組DNA0.5μL，Buffer 1μL，dNTP 0.15μL，Taq酶0.15μL，ddH2O 7.6μL，正反向引物均為0.3μL；

PCR擴增反應程序為：94℃預變性5min；94℃變性30s，56℃退火30s，72℃延伸40s，30個循環(huán)；72℃延伸10min，最后4℃保存；

S3：對步驟S2中的PCR擴增反應產(chǎn)物進行檢測分析。

與現(xiàn)有技術(shù)相比，本發(fā)明的有益效果是：本發(fā)明首次在黃鰭棘鯛上批量建立了具有豐富多態(tài)性的SNP分子標記，為黃鰭棘鯛的家系鑒定、種群遺傳結(jié)構(gòu)、遺傳育種、親子鑒定等研究提供了強有力的工具，彌補了現(xiàn)有技術(shù)中黃鰭棘鯛SNP分子標記的缺乏；同時篩選檢測過程簡便、快捷、高效，節(jié)約了人力和成本。

具體實施方式

為使本發(fā)明的目的、技術(shù)方案和優(yōu)點更加清楚明白，下面結(jié)合實施例，對本發(fā)明作進一步的詳細說明，本發(fā)明的示意性實施方式及其說明僅用于解釋本發(fā)明，并不作為對本發(fā)明的限定。

實施例：