[發明專利]一種視網膜母細胞瘤分期模型構建方法及標志物

在審

• 申請號: 202111344893.8
• 申請日: 2021-11-15
• 公開（公告）號: CN114137137A
• 公開（公告）日: 2022-03-04
• 發明（設計）人: 錢昆;劉萬山
• 申請（專利權）人: 上海交通大學
• 主分類號: G01N30/86
• 分類號: G01N30/86;G01N30/72
• 代理公司: 上海旭誠知識產權代理有限公司 31220
• 代理人: 鄭立

1.一種視網膜母細胞瘤分期模型構建方法，其特征在于，包括以下步驟：

步驟1、使用LDI-MS技術，進行RB病人房水樣品代謝指紋譜圖成像；

步驟2、對RB病人房水代謝指紋譜圖進行機器學習，實現對RB分期的準確預測；

步驟3、進行房水中生物標志物鑒定，通過生物標志物組合實現對RB分期的準確預測。

2.如權利要求1所述的視網膜母細胞瘤分期模型構建方法，其特征在于，所述步驟1具體包括：

步驟1.1、采集RB早期患者和晚期患者房水樣本，作為分析樣本，并準備去離子水、納米顆?；|、LDI-MS；

步驟1.2、稀釋采集的房水樣本：用去離子水稀釋5倍；

步驟1.3、配置納米顆粒基質溶液；

步驟1.4、樣品制備：取步驟1.2稀釋后的房水樣本1μL點樣在LDI-MS質譜靶板上，室溫下干燥；

步驟1.5、納米顆粒基質制備：取步驟1.3納米顆?；|溶液1μL點樣在LDI-MS質譜靶板上，室溫下干燥；

步驟1.6、指紋譜圖成像：在LDI-TOF-MS中進行房水樣本代謝指紋譜圖成像。

3.如權利要求2所述的視網膜母細胞瘤分期模型構建方法，其特征在于，步驟1.3中納米顆?；|溶液終濃度是采用去離子水配成1mg/mL。

4.如權利要求1所述的視網膜母細胞瘤分期模型構建方法，其特征在于，所述步驟2使用python 3.8進行數據分析，具體步驟包括：

步驟2.1、對步驟1.6獲得的指紋譜圖進行預處理，包括數據重采樣、譜線平滑、基線校正、譜峰聯配以及缺失值填充，得到m/z信號；

步驟2.2、使用彈性網絡算法對m/z信號進行特征選擇(C＝1,l1_ratio＝0.65)，并設置彈性網絡算法中系數的閾值，得到m/z特征；

步驟2.3、將采集的患者樣本數據劃分成訓練集和測試集；

步驟2.4、使用20次重復的5折交叉驗證對嶺回歸在訓練集上進行l2參數優化以及模型訓練，得到嶺回歸在訓練集上的性能；

步驟2.5、對步驟2.4中訓練好的模型在測試集進行預測，得到嶺回歸在測試集上的性能。

5.如權利要求4所述的視網膜母細胞瘤分期模型構建方法，其特征在于，步驟2.2中所述閾值設置為0.18。

6.如權利要求4所述的視網膜母細胞瘤分期模型構建方法，其特征在于，所述患者樣本66個。

7.如權利要求1所述的視網膜母細胞瘤分期模型構建方法，其特征在于，所述步驟3具體步驟包括：

步驟3.1、采集RB早期患者和晚期患者房水樣本，作為分析樣本，并準備去離子水、納米顆?；|、LDI-TOF-MS和LDI-FTICR-MS；

步驟3.2、稀釋采集的房水樣本：用去離子水稀釋5倍；

步驟3.3、配置納米顆粒基質溶液；

步驟3.4、樣品制備：取步驟3.2稀釋后的房水樣本1μL點樣在LDI-MS質譜靶板上，室溫下干燥；

步驟3.5、納米顆?；|制備：取步驟3.3納米顆粒基質溶液1μL點樣在LDI-MS質譜靶板上，室溫下干燥；

步驟3.6、獲取分子量：在LDI-FTICR-MS中得到生物標志物的精準分子量；

步驟3.7、獲取二級質譜譜圖：在LDI-TOF-MS中得到生物標志物的二級質譜譜圖。

8.如權利要求7所述的視網膜母細胞瘤分期模型構建方法，其特征在于，步驟3.3中納米顆?；|溶液終濃度是采用去離子水配成1mg/mL。

9.一種利用權利要求1-8任一項視網膜母細胞瘤分期模型構建方法的分期標志物，其特征在于：該標志物包括以下房水代謝物中的任意一種或多種：乳酸Lac、乙酰乙酸Ace、乙酰丙酸Lev、1-吡咯啉-5-羧酸Prc、纈氨酸Val、去甲腎上腺素Nor、天冬氨酸Asp。

10.一種視網膜母細胞瘤診斷試劑盒，其特征在于：包括權利要求8所述的標志物。