[發(fā)明專利]一種差異性甲基化區(qū)域篩選方法及其裝置

有效

• 申請?zhí)枺?/td>: 202111340427.2
• 申請日: 2021-11-12
• 公開（公告）號: CN114171115B
• 公開（公告）日: 2022-07-29
• 發(fā)明（設(shè)計）人: 黃毅;趙薔;李俊;劉青峰;朱彬彬;易鑫;楊玲
• 申請（專利權(quán)）人: 深圳吉因加醫(yī)學檢驗實驗室;蘇州吉因加醫(yī)學檢驗有限公司
• 主分類號: G16B20/00
• 分類號: G16B20/00
• 代理公司: 深圳鼎合誠知識產(chǎn)權(quán)代理有限公司 44281
• 代理人: 周建軍;彭家恩

1.一種差異性甲基化區(qū)域篩選方法，其特征在于，包括：

CpG簇的提取步驟，包括從參考基因組中提取CpG簇，具體包括對每個CpG位點上下游延伸預(yù)設(shè)長度的區(qū)域，合并，獲得合并的CpG簇；

預(yù)設(shè)長度為100~125bp；

獲得合并的CpG簇后，篩選并保留至少包含m個CpG位點的窗口，獲得CpG簇；

m=3；

保留至少包含m個CpG位點的窗口，獲得CpG簇后，還包括篩選并保留與測序芯片位點存在重疊的區(qū)域；

篩選并保留與測序芯片位點存在重疊的區(qū)域時，保留至少包含1個測序芯片信號的CpG簇；

還包括按預(yù)設(shè)的閾值對CpG簇進行第一次劃分，獲得＞閾值的CpG簇以及≤閾值的CpG簇；對于＞閾值的CpG簇，按照預(yù)設(shè)寬度和預(yù)設(shè)步長進行第二次劃分，獲得二次劃分后的CpG簇；將≤閾值的CpG簇與第二次劃分后的CpG簇匯總，獲得匯總后的CpG簇；

CpG簇的篩選步驟，包括根據(jù)提取的CpG簇，對比對到參考基因組的腫瘤組織樣本測序數(shù)據(jù)、相應(yīng)的對照樣本測序數(shù)據(jù)、健康樣本的cfDNA測序數(shù)據(jù)、患病樣本的cfDNA測序數(shù)據(jù)進行過濾；

依次按如下條件進行過濾：

1）過濾在≥第一預(yù)設(shè)比例的患病樣本中無法檢測到的探針；

2）過濾其所包含的探針信號中≥第二預(yù)設(shè)比例無法檢測的CpG簇；

3）過濾其所包含的探針信號中≥第三預(yù)設(shè)比例無法檢測的患病樣本；

腫瘤組織中特異的差異性甲基化區(qū)域篩選步驟，包括以過濾后的 CpG簇為單位，在所述腫瘤組織樣本測序數(shù)據(jù)與相應(yīng)的對照樣本測序數(shù)據(jù)中進行差異性甲基化分析，獲得高差異性甲基化區(qū)域、低差異性甲基化區(qū)域；

腫瘤患者cfDNA中特異的差異性甲基化區(qū)域篩選步驟，包括以所述健康樣本的cfDNA測序數(shù)據(jù)和所述患病樣本的cfDNA測序數(shù)據(jù)作為背景數(shù)據(jù)集，對高差異性甲基化區(qū)域、低差異性甲基化區(qū)域進行過濾，獲得過濾后的高差異性甲基化區(qū)域、低差異性甲基化區(qū)域；

所述相應(yīng)的對照樣本是指與腫瘤組織來源于同一生物體的樣本；

所述患病樣本為體液樣本。

2.如權(quán)利要求1所述的差異性甲基化區(qū)域篩選方法，其特征在于，CpG簇的提取步驟中，預(yù)設(shè)長度為100bp；

所述測序芯片包括HM450K芯片、HM850K芯片中的至少一種。

3.如權(quán)利要求1所述的差異性甲基化區(qū)域篩選方法，其特征在于，所述閾值為1kb；

所述預(yù)設(shè)寬度為1kb；

所述預(yù)設(shè)步長為500bp。

4.如權(quán)利要求1所述的差異性甲基化區(qū)域篩選方法，其特征在于，CpG簇的篩選步驟中，還包括對過濾后的CpG簇進行質(zhì)控；

對過濾后的CpG簇進行質(zhì)控時，具體是根據(jù)黑名單對所述過濾后的CpG簇進行再次過濾，獲得再次過濾后的CpG簇；

所述黑名單包括存在多比對現(xiàn)象以及對應(yīng)SNP熱點區(qū)域的CpG位點。

5.如權(quán)利要求1所述的差異性甲基化區(qū)域篩選方法，其特征在于，第一預(yù)設(shè)比例為5%；

第二預(yù)設(shè)比例為50%；

第三預(yù)設(shè)比例為20%。