[發(fā)明專利]用環(huán)狀RNA circKIF4A與miR-1231序列吸附量來(lái)檢測(cè)細(xì)胞癌變程度

在審

• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 202111330551.0
• 申請(qǐng)日: 2021-11-11
• 公開(kāi)（公告）號(hào): CN114032241A
• 公開(kāi)（公告）日: 2022-02-11
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 穆海東;汪寧梅;張文參
• 申請(qǐng)（專利權(quán)）人: 上海裕隆生物科技有限公司
• 主分類號(hào): C12N15/113
• 分類號(hào): C12N15/113;C12Q1/6886
• 代理公司: 上海灃成知識(shí)產(chǎn)權(quán)代理事務(wù)所(特殊普通合伙) 31425
• 代理人: 徐洋洋

環(huán)狀RNA circKIF4A序列與miR?1231特定序列產(chǎn)生吸附作用，通過(guò)高通量測(cè)序鑒定環(huán)狀RNA circKIF4A靶向miR?1231特定序列，吸附作用導(dǎo)致前列腺癌細(xì)胞癌變的進(jìn)程，所述的circKIF4A特定序列的m6A甲基化修飾百分比越高，則導(dǎo)致miR?1231對(duì)前列腺癌細(xì)胞鐵死亡關(guān)鍵基因的表達(dá)抑制越強(qiáng)。

技術(shù)領(lǐng)域

本申請(qǐng)屬于檢測(cè)前列腺細(xì)胞癌變領(lǐng)域，具體分子機(jī)制涉及檢測(cè)環(huán)狀RNA腺嘌呤核糖核苷酸堿基A的甲基化修飾的表觀遺傳學(xué)領(lǐng)域。

背景技術(shù)

已有研究表明環(huán)狀RNA circKIF4A(hsa_circ_0007255,circBase)通過(guò)吸附miRNA，進(jìn)而調(diào)控肝細(xì)胞癌和乳頭狀甲狀腺癌的腫瘤細(xì)胞鐵死亡。通過(guò)非編碼環(huán)狀RNA高通量測(cè)序發(fā)現(xiàn)在前列腺癌組織和正常組織中顯著差異表達(dá)的環(huán)狀RNA，生物信息技術(shù)可以從小RNA調(diào)控層面分析預(yù)測(cè)發(fā)現(xiàn)，該環(huán)狀RNA抑制表達(dá)的miRNAs。從表觀遺傳學(xué)層面分析這種持久的環(huán)狀RNA高表達(dá)進(jìn)而吸附miRNA，影響其靶基因?qū)δ[瘤細(xì)胞鐵死亡的調(diào)控。

但是在相關(guān)科學(xué)研究領(lǐng)域RIP實(shí)驗(yàn)仍然是分析和驗(yàn)證RNA甲基化的標(biāo)準(zhǔn)。環(huán)狀RNA與miRNA的海綿吸附機(jī)制在非編碼RNA調(diào)控細(xì)胞信號(hào)通路常見(jiàn)，已有文獻(xiàn)報(bào)道在甲狀腺癌中鐵死亡的機(jī)制與海綿吸附相關(guān)，但是是因何種原因?qū)е挛降模F(xiàn)有技術(shù)并沒(méi)有給出分子水平的解釋，更加沒(méi)有深入到轉(zhuǎn)錄組層面的表觀遺傳修飾。

發(fā)明內(nèi)容

發(fā)明目的：第一通過(guò)高通量測(cè)序定量分析circKIF4A在癌細(xì)胞和正常組織的表達(dá)差異；第二通過(guò)生物信息分析技術(shù)(分析流程)預(yù)測(cè)與circKIF4A發(fā)生吸附作用的miRNAs；第三通過(guò)RIP實(shí)驗(yàn)技術(shù)衡量circKIF4A一段特定序列上腺嘌呤核糖核苷酸A的甲基化處于超甲基化狀態(tài)(Hypomethylation)。即本權(quán)利保護(hù)閉合環(huán)狀RNA circKIF4A的甲基化修飾揭示了前列腺癌惡性進(jìn)展的一種嶄新的分子調(diào)控機(jī)制。

技術(shù)方案：本技術(shù)利用高通量測(cè)序技術(shù)，RIP技術(shù)和生物信息分析技術(shù)揭示非編碼環(huán)狀RNA circKIF4A的甲基化修飾上調(diào)了circKIF4A的表達(dá)，進(jìn)而促進(jìn)circKIF4A對(duì)miRNA1231的吸附作用，而miRNA1231被抑制表達(dá)后會(huì)上調(diào)前列腺癌腫瘤細(xì)胞鐵死亡中樞因子GPX4抗氧化酶的功能，進(jìn)而促進(jìn)前列腺癌惡性進(jìn)展。

一種環(huán)狀RNA circKIF4A序列，其特征在于其序列轉(zhuǎn)錄本見(jiàn)NM_012310.5。堿基長(zhǎng)度4285個(gè)堿基，要求權(quán)利保護(hù)此circRNA的序列3721至4361處，在此范圍內(nèi)我們可以看到這段序列是富含腺嘌呤核糖核苷酸(A)。要求被保護(hù)的circRNA在染色體上對(duì)應(yīng)的位置，位于人類X染色體長(zhǎng)臂q13.1處，(chrX:69,549,254-69,553,539，參考UCSC GRCh37/hg19基因組)，如圖2所示。被甲基化修飾特定堿基序列如下：

3721 CCAGCTTCTT CTCTGGCTGC TCCCCTATCG AAGAAGAGGC CCACTGAAGTTGGAGTCATC

3781 ATCTCTACCC CCAGTCTGGC TTGGGAGATG CTTTCAGGTT GCAGCCAGAAGGGGTTTTTT

3841 AAATGACTTC TCTGGATTTC AGGTTTCTTG CTGTTGAAAA AAGGAACAAAGCGTTACTGA

3901 AAAGAAGGTA ACCTTTGTTG GATGTGGGCC TTAGCCTCCA GGTCCAGACTACTACTCTAT

3961 GTTCTCCAGA AGGGTGCTAA GTCACCTACT GAAGAGAGAA CCAACTGACTTTCCTATTGA

4021 CTCATCAGGA ACCAGTCCTC AGTCTGGTCA AGTTGTTTCT TATTTGTGAGCAGTTCAGGC