[發(fā)明專利]一種人類副流感病毒的MNP標記位點、引物組合物、試劑盒及其應用

在審

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• 申請日: 2021-11-10
• 公開（公告）號: CN114107562A
• 公開（公告）日: 2022-03-01
• 發(fā)明（設計）人: 肖華鋒;李論;彭海;周俊飛;高利芬;李甜甜;陳利紅;方治偉;萬人靜
• 申請（專利權）人: 江漢大學
• 主分類號: C12Q1/70
• 分類號: C12Q1/70;C12Q1/6858;C12Q1/6869;C12N15/11;G16B30/10;G16B20/20;G16B50/00;C12R1/93
• 代理公司: 北京眾達德權知識產(chǎn)權代理有限公司 11570
• 代理人: 潘行

本發(fā)明公開了一種人類副流感病毒的MNP標記位點、引物組合物、試劑盒及其應用，所述MNP標記位點是指在人類副流感病毒基因組上篩選的區(qū)分于其他物種且在物種內(nèi)部具有多個核苷酸多態(tài)性的基因組區(qū)域，包括MNP?1～MNP?15的標記位點；所述引物如SEQ ID NO.1～SEQ ID NO.30所示。所述MNP標記位點能特異的鑒定人類副流感病毒并監(jiān)測變異；所述引物互不干擾，綜合多重擴增和測序技術，可一次性對多樣本的所有標記位點進行序列分析，具有高通量、多靶點、高靈敏、高精準和免培養(yǎng)的檢測優(yōu)勢，可應用于大規(guī)模樣本的人類副流感病毒的鑒定和遺傳變異檢測，對人類副流感病毒的科研和防疫監(jiān)測均具有重要意義。

技術領域

本發(fā)明實施例涉及生物技術領域，特別涉及一種人類副流感病毒的MNP標記位點、引物組合物、試劑盒及其應用。

背景技術

人類副流感病毒(Human_parainfluenza_virus)是副黏病毒科的一種單鏈包膜RNA病毒，分為4種亞型，是一種常見的易被忽略的呼吸道感染病原體。人類副流感病毒不僅可以造成感冒、喉嚨痛等上呼吸道感染，也能造成肺炎、支氣管炎、細支氣管炎等下呼吸道疾病，特別是在老年人和有免疫缺陷的人群中。其主要傳播途徑為經(jīng)呼吸道的飛沫傳播，或者是易感者接觸了具有感染性的分泌物后，經(jīng)由手到鼻的“自我接種”方式發(fā)生感染。目前沒有有效的疫苗來預防人類副流感病毒的感染，且其臨床表現(xiàn)多樣，病原學表現(xiàn)與其他常見呼吸道感染表現(xiàn)相似，臨床不易鑒別。因此，快速、準確的人類副流感病毒的檢測對于及時診斷病因，做到早發(fā)現(xiàn)早治療，減少病情惡化具有重要意義。另外，人類副流感病毒作為群體生物，在和宿主、環(huán)境的互作中，群體內(nèi)個體會發(fā)生變異，導致檢測或治療方法的失效；對于實驗研究來說，這種不易被察覺的變異會導致不同實驗室或同一實驗室不同時期相同命名的毒株實際上并不相同，導致實驗結果的不可重現(xiàn)和不可比較。因此，開發(fā)快速、準確的、可監(jiān)測變異的人類副流感病毒檢測分析方法對于人類副流感病毒的臨床治療、防疫檢測和科學研究和都具有重要意義。

經(jīng)典的人類副流感病毒檢測方法，包括分離培養(yǎng)、PCR技術、全基因組和宏基因組測序等，在時長、操作復雜度、檢測通量、檢測變異的準確性和靈敏度、成本等方面存在一個或多個局限。融合超多重PCR擴增和高通量測序的靶向分子標記檢測技術，可以在低微生物含量的樣本中靶向的富集目標微生物，避免了全基因組和宏基因組測序帶來的大量數(shù)據(jù)浪費和背景噪音，具有樣本需要量少、診斷結果精確，節(jié)約數(shù)據(jù)量、檢測低頻變異的優(yōu)勢。

現(xiàn)有的靶向檢測技術檢測的分子標記主要包括SNP和SSR標記。SSR標記是公認的多態(tài)性最高的標記，但在微生物中數(shù)量少；SNP標記數(shù)量巨大，分布密集，是二態(tài)性標記，單個SNP標記的多態(tài)性不足以捕獲微生物種群中潛在的等位基因多樣性。因此，開發(fā)人類副流感病毒的新型分子標記及其檢測技術，成為亟待解決的技術問題。

發(fā)明內(nèi)容

本發(fā)明目的是提供一種人類副流感病毒的MNP標記位點、引物組合物、試劑盒及其應用，可以對人類副流感病毒進行定性鑒定和變異檢測，具有高通量、高準確、高特異、高靈敏和精準分型的效果。

為了實現(xiàn)上述目的，本發(fā)明采用如下技術方案：

在本發(fā)明的第一方面，提供了一種人類副流感病毒的MNP標記位點，所述MNP標記位點為在人類副流感病毒基因組上篩選的物種特異的、且在物種內(nèi)部具有多個核苷酸多態(tài)性的基因組區(qū)域，包括：以KF530250.1為參考基因組的MNP-1、MNP-7～MNP-9和MNP-14的標記位點；以AF533012.1為參考基因組的MNP-2和MNP-10～MNP-11的標記位點；以JQ901980.1為參考基因組的MNP-3～MNP-6和MNP-13的標記位點；以KY674953.1為參考基因組的MNP-12和MNP-15的標記位點。

上述技術方案中，MNP-1～MNP-15的標記位點具體如說明書表1所示，表1中標注的所述MNP標記的起始和終止位置是基于表1中MNP同一行對應的參考序列確定的。