[發明專利]動靜脈畸形及相關病癥的無創檢測方法及裝置

在審

• 申請號: 202111275139.3
• 申請日: 2021-10-29
• 公開（公告）號: CN113981082A
• 公開（公告）日: 2022-01-28
• 發明（設計）人: 蔡韌;蘇立新;范新東;孫怡;王德明;楊西濤;王瑱馮
• 申請（專利權）人: 上海交通大學醫學院附屬第九人民醫院
• 主分類號: C12Q1/6886
• 分類號: C12Q1/6886;C12Q1/6858;C12N15/11;G16B20/50;G16B25/20;G16B30/10;G16B50/00
• 代理公司: 上海光華專利事務所(普通合伙) 31219
• 代理人: 朱凌嬌;許亦琳

1.一種動靜脈畸形及相關病癥的無創檢測方法，至少包括如下步驟：

(1)提供檢測對象血漿游離DNA中的動靜脈畸形相關基因的測序數據；所述動靜脈畸形相關基因選自RASA1、EPHB4、PTEN、NRAS、HRAS、KRAS、BRAF、MAP2K1、MAPK1、MAPK3和MAP3K3中的一個或多個；

(2)將所述測序數據與參考序列進行比對，獲得與動靜脈畸形及相關病癥相關的突變。

2.如權利要求1所述的動靜脈畸形及相關病癥的無創檢測方法，其特征在于，還包括以下特征中的一項或多項：

a.所述測序數據為以所述檢測對象血漿游離DNA為模板，利用動靜脈畸形相關基因的特異性檢測物質建立動靜脈畸形相關基因的捕獲文庫，對所述動靜脈畸形相關基因的捕獲文庫進行高通量測序獲得；

b.所述相關病癥包括動靜脈瘺和相關綜合征，所述相關綜合征包括遺傳性毛細血管擴張癥HHT，毛細血管動靜脈畸形CM-AVM或Parkes-Weber綜合征；

c.所述血漿來源于檢測對象的外周循環血，外周循環血的采集時間為使用硬化劑后5分鐘-72小時；

d.所述參考序列為動靜脈畸形相關基因的序列。

3.如權利要求2所述的動靜脈畸形及相關病癥的無創檢測方法，其特征在于，特征a中，高通量測序時的深度閾值為5000x，突變頻率閾值：0.05％；所述動靜脈畸形相關基因的特異性檢測物質為動靜脈畸形相關基因的特異性檢測探針。

4.如權利要求3所述的動靜脈畸形及相關病癥的無創檢測方法，其特征在于，所述動靜脈畸形相關基因的特異性檢測探針還包括以下特征中的任一項或多項：

a.RASA1基因的特異性檢測探針選自SEQ ID NO:1-67的任一個或多個；

b.EPHB4基因的特異性檢測探針選自SEQ ID NO:68-132的任一個或多個；

c.PTEN基因的特異性檢測探針選自SEQ ID NO:133-162的任一個或多個；

d.NRAS基因的特異性檢測探針選自SEQ ID NO:163-174的任一個或多個；

e.HRAS基因的特異性檢測探針選自SEQ ID NO:175-190的任一個或多個；

f.KRAS基因的特異性檢測探針選自SEQ ID NO:191-216的任一個或多個；

g.BRAF基因的特異性檢測探針選自SEQ ID NO:217-398的任一個或多個；

h.MAP2K1基因的特異性檢測探針選自SEQ ID NO:399-430的任一個或多個；

i.MAPK1基因的特異性檢測探針選自SEQ ID NO:431-452的任一個或多個；

j.MAPK3基因的特異性檢測探針選自SEQ ID NO:453-473的任一個或多個；

k.MAP3K3基因的特異性檢測探針選自SEQ ID NO:474-513的任一個或多個。

5.一種動靜脈畸形及相關病癥的無創檢測裝置，至少包括如下模塊：

測序模塊，用于提供檢測對象血漿游離DNA中的動靜脈畸形相關基因的測序數據；所述動靜脈畸形相關基因選自RASA1、EPHB4、PTEN、NRAS、HRAS、KRAS、BRAF、MAP2K1、MAPK1、MAPK3和MAP3K3中的一個或多個；比對模塊，用于將所述測序數據與參考序列進行比對，獲得與動靜脈畸形及相關病癥相關的突變數據。

6.如權利要求5所述的動靜脈畸形及相關病癥的無創檢測裝置，其特征在于，還包括以下特征中的一項或多項：

a.所述測序數據為以所述檢測對象血漿游離DNA為模板，利用動靜脈畸形相關基因的特異性檢測物質建立動靜脈畸形相關基因的捕獲文庫，對所述動靜脈畸形相關基因的捕獲文庫進行高通量測序獲得；

b.所述參考序列為動靜脈畸形相關基因的序列；

c.所述相關病癥包括動靜脈瘺和相關綜合征，所述相關綜合征包括遺傳性毛細血管擴張癥HHT，毛細血管動靜脈畸形CM-AVM或Parkes-Weber綜合征；

d.所述檢測對象血漿來源于檢測對象的外周循環血，外周循環血的采集時間為使用硬化劑后5分鐘-72小時。