[發明專利]蝴蝶蘭屬基于RTE插入缺失多態性的遺傳標記及應用

有效

• 申請號: 202111255313.8
• 申請日: 2021-10-27
• 公開（公告）號: CN114085921B
• 公開（公告）日: 2023-10-24
• 發明（設計）人: 任軍方;周新成;趙慧琪;黃賽;張浪
• 申請（專利權）人: 海南省農業科學院熱帶園藝研究所
• 主分類號: C12Q1/6895
• 分類號: C12Q1/6895;C12N15/11
• 代理公司: 重慶立信達知識產權代理有限公司 50286
• 代理人: 劉竹

本發明涉及植物種質資源研究技術領域，公開了蝴蝶蘭屬基于RTE插入缺失多態性的遺傳標記，包括六十對引物，還公開了遺傳標記在制備用于研究蝴蝶蘭屬物種間親緣關系的試劑盒中的應用。本發明開發出了60個基于RTE轉座子插入?缺失多態性的遺傳標記，本發明為蝴蝶蘭屬新物種發現、蝴蝶蘭屬物種間遺傳多樣性分析、種質資源鑒定、親緣關系和種屬間遠緣雜交鑒定等的研究提供了充足可靠的標記來源和參考。

技術領域

本發明涉及植物種質資源研究技術領域，具體涉及蝴蝶蘭屬基于RTE插入缺失多態性的遺傳標記及應用。

背景技術

蝴蝶蘭(Phalaenopsis aphrodite Rchb.F.)為蘭科蝴蝶蘭屬，原產于亞熱帶雨林地區，為附生性蘭花。蝴蝶蘭分布在泰國、菲律賓、馬來西亞、印度尼西亞及中國臺灣等地，其在國內外備受歡迎，其形態美觀且花期長，在花卉市場上占非常重要的地位。蝴蝶蘭屬是一個有60多個物種的屬，許多種都可做觀賞用。

轉座子廣泛分布于植物基因組上，在特定條件下可以通過自主或非自主的方式跳躍到基因組其它位置，包括基因區，從而影響到植物基因的表達及特定性狀的改變。另外由于分布數量較多，轉座子常常被用于開發成多態性標記，用于研究植物遺傳多樣性和基因定位。本申請利用隱馬(Hidden Markov Models)模型，通過一系列軟件，經過對基因組序列的初步分析，發現小蘭嶼蝴蝶蘭含有大量RTE轉座子，這些轉座子可用來開發多態性標記，可用于多樣性分析和蝴蝶蘭屬物種間親緣關系的研究。

發明內容

基于以上問題，本發明提供蝴蝶蘭屬基于RTE插入缺失多態性的遺傳標記及應用，本發明為蝴蝶蘭屬物種間遺傳多樣性分析、種質資源鑒定和親緣關系的研究提供了充足可靠的標記來源。

為解決以上技術問題，本發明提供了蝴蝶蘭屬基于RTE插入缺失多態性的遺傳標記，包括如下六十對引物：Phe-InDel-1，Phe-InDel-2，Phe-InDel-3，Phe-InDel-4，Phe-InDel-5，Phe-InDel-6，Phe-InDel-7，Phe-InDel-8，Phe-InDel-9，Phe-InDel-10，Phe-InDel-11，Phe-InDel-12，Phe-InDel-13，Phe-InDel-14，Phe-InDel-15，Phe-InDel-16，Phe-InDel-17，Phe-InDel-18，Phe-InDel-19，Phe-InDel-20，Phe-InDel-21，Phe-InDel-22，Phe-InDel-23，Phe-InDel-24，Phe-InDel-25，Phe-InDel-26，Phe-InDel-27，Phe-InDel-28，Phe-InDel-29，Phe-InDel-30，Phe-InDel-31，Phe-InDel-32，Phe-InDel-33，Phe-InDel-34，Phe-InDel-35，Phe-InDel-36，Phe-InDel-37，Phe-InDel-38，Phe-InDel-39，Phe-InDel-40，Phe-InDel-41，Phe-InDel-42，Phe-InDel-43，Phe-InDel-44，Phe-InDel-45，Phe-InDel-46，Phe-InDel-47，Phe-InDel-48，Phe-InDel-49，Phe-InDel-50，Phe-InDel-51，Phe-InDel-52，Phe-InDel-53，Phe-InDel-54，Phe-InDel-55，Phe-InDel-56，Phe-InDel-57，Phe-InDel-58，Phe-InDel-59，Phe-InDel-60；