[發明專利]一種快速鑒定水稻減數分裂基因基因型的方法及其特異性分子標記

在審

• 申請號: 202111251369.6
• 申請日: 2021-10-26
• 公開（公告）號: CN113913545A
• 公開（公告）日: 2022-01-11
• 發明（設計）人: 紀劍輝;周穎君;趙祥祥;周海英;劉廷武;李正鵬
• 申請（專利權）人: 淮陰師范學院
• 主分類號: C12Q1/6895
• 分類號: C12Q1/6895;C12N15/11
• 代理公司: 南京申云知識產權代理事務所(普通合伙) 32274
• 代理人: 邱興天

1.一種快速鑒定水稻減數分裂基因基因型的方法，其特征在于，以SEQID NO.1、SEQ IDNO.2、SEQ ID NO.3所示的特異性分子標記分別鑒定突變位點如下的純合突變體、雜合型或野生型水稻：

水稻減數分裂基因PAIR2在第17外顯子CDS序列中第1261-1270bp位置的堿基序列agccagaaca突變為agccagaca，導致的后續氨基酸移碼突變；水稻減數分裂基因CRC1在第10外顯子CDS序列中第851-863bp位置的堿基序列tccaggagatggt突變為tccaggagagt，導致的后續氨基酸移碼突變；水稻減數分裂基因PRD1在第1外顯子CDS序列中第5-15bp位置的堿基序列cagtacagcta突變為cagtacagcga，導致該位置氨基酸由亮氨酸突變為脯氨酸的突變。

2.根據權利要求1所述的方法，其特征在于，所述的方法包括：

1)設計所述特異性分子標記的上下游引物對；

2)利用水稻DNA為模板，使用步驟1)設計的引物對擴增所述特異性分子標記；

3)PAIR2、CRC1及PRD1分別使用核酸內切酶BsII、BccI及AluI酶切擴增產物，并將酶切產物進行電泳檢測；

4)根據電泳檢測結果，判斷水稻基因型。

3.根據權利要求2所述的方法，其特征在于，所述的引物對具體為：

正向引物PAIR2-F1：5′-gcactgtaccatgcacttcc-3′，

反向引物PAIR2-R1：5′-aaggtaatcacttgaagttg-3′；

正向引物CRC1-F2：5′-gttcagcaagtggttttctg-3′，

反向引物CRC1-R2：5′-ggaatctgaaggttcagatc-3′；

正向引物PRD1-F3：5′-tgctgaattagtggcaacaac-3′，

反向引物PRD1-R3：5′-agagtttgtatagtacaaag-3′。

4.根據權利要求3所述的方法，其特征在于，根據電泳檢測結果，判斷水稻基因型的方法為：

在鑒定PAIR2基因型中，純合突變體aa不能被BsII酶切，為358bp；野生型AA被BsII完全酶切，出現兩條281bp和78bp雙帶型；雜合型Aa出現359bp、281bp和78bp三條帶型；

在鑒定CRC1基因型中，純合突變體aa不能被BccI酶切，仍然為838bp；野生型AA被BccI完全酶切，出現兩條540bp和300bp雙帶型；雜合型水Aa出現840bp、540bp和300bp三條帶型；

在鑒定PRD1基因型中，純合突變體aa不能被AluI酶切，仍然為320bp；野生型AA被AluI完全酶切，出現兩條230bp和90bp雙帶型；雜合型Aa出現320bp、230bp和90bp三條帶型。

5.根據權利要求1-4任一所述的方法，其特征在于，所述的電泳檢測是瓊脂糖凝膠電泳檢測。

6.權利要求1所述水稻減數分裂基因PAIR2、CRCl及PRD1的特異性分子標記，如SEQ IDNO.1、SEQ ID NO.2、SEQ ID NO.3序列所示。

7.權利要求6所述的水稻減數分裂基因PAIR2、CRC1及PRD1特異性分子標記的引物對，其特征在于，所述的引物對具體序列為：

正向引物PAIR2-F1：5′-gcactgtaccatgcacttcc-3′，

反向引物PAIR2-R1：5′-aaggtaatcacttgaagttg-3′；

正向引物CRC1-F2：5′-gttcagcaagtggttttctg-3′，

反向引物CRC1-R2：5′-ggaatctgaaggttcagatc-3′；

正向引物PRD1-F3：5′-tgctgaattagtggcaacaac-3′，

反向引物PRD1-R3：5′-agagtttgtatagtacaaag-3′。

8.權利要求7所述的引物對在制備用于鑒定水稻減數分裂基因基因的試劑盒中的應用，所述水稻減數分裂基因為PAIR2、CRC1及PRD1。