[發明專利]芋球莖發育過程中內參基因篩選及其應用

有效

• 申請號: 202111121263.4
• 申請日: 2021-09-24
• 公開（公告）號: CN113755497B
• 公開（公告）日: 2023-03-14
• 發明（設計）人: 何芳練;董偉清;蔣慧萍;黃詩宇;唐娟
• 申請（專利權）人: 廣西壯族自治區農業科學院
• 主分類號: C12N15/113
• 分類號: C12N15/113;C12N15/11;C12Q1/6869;C12Q1/6895
• 代理公司: 廣西中知科創知識產權代理有限公司 45130
• 代理人: 牙斐穎

本發明涉及植物基因技術領域，特別涉及芋球莖發育過程中內參基因篩選及其應用，本發明對芋球莖發育期的樣本進行RNA?Seq測序，篩選表達量中等、穩定的基因作為候選內參基因，利用軟件評估并分析各個候選內參基因在球莖的整個發育階段的表達穩定性，并利用目的基因驗證，最終篩選出比常用的管家基因更為穩定的內參基因gene?Taro_030192，最大程度地減小了由于內參基因的選擇造成樣品之間和樣品內部的差異，為后期利用q RT?PCR探索芋球莖發育相關關鍵基因奠定了堅實的基礎。

【技術領域】

本發明涉及植物基因技術領域，特別涉及芋球莖發育過程中內參基因篩選及其應用。

【背景技術】

芋(Colocasia esculenta)又稱芋頭、芋艿、毛芋，是天南星科芋屬的多年生草本植物。芋最初產于東南亞，之后向東傳播到遠東亞洲和大洋洲，向西傳播到地中海地區，目前在全球范圍內廣泛種植，是很多非洲和亞洲太平洋島國居民的主要糧食，與其它塊莖和塊根植物相比，芋具有更高的營養價值。芋球莖的碳水化合物含量幾乎是馬鈴薯的兩倍，蛋白質含量也比山藥、木薯、紅薯高11％，由于存在如此豐富的營養物質含量，了解這些營養物質組成的遺傳基礎很重要。

但是目前對該作物的研究不多，近年來，隨著高通量測序和分子生物學研究的不斷發展，基因的表達分析也逐漸應用于揭示芋基因表達和調控機理的研究。隨著芋基因組的測序，更加加快了芋相關性狀的遺傳機理解析。

實時熒光定量PCR(quantitative Real-time PCR,qRT-PCR)是目前檢測基因表達水平的主要分析手段。qRT-PCR結果的可靠性受到初始樣本量、RNA完整性、cDNA質量和擴增效率等因素的影響。因此，表達穩定的內參基因對比較不同樣本目的基因表達水平至關重要，正確選擇合適的內參基因進行校正和標準化，才能獲得準確的qRT-PCR結果。目前，植物中常用來作為內參基因的基因有肌動蛋白(actin)、微管蛋白基因(β-tubulin,TUB)、轉錄延伸因子基因(elongation factor,EF1A和EF1B)、真核起始因子(eukaryotic initiationfactor,eIF)、泛素結合酶基因(ubiquitin-conjugating enzyme,UBC)、組蛋白(Histone,H3-1)、甘油醛-3-磷酸脫氫酶(glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase,GAPDH)等。但是隨著研究的深入，以往認為的很多內參基因(如actin等)在一定的實驗條件下其表達量并不穩定。因此，在實際研究中，需要針對樣本的不同組織或者不同生長發育時間段進行取材來篩選出穩定表達的內參基因。

本申請基于課題組前期對芋球莖不同發育階段的樣本進行轉錄本測序的數據，利用qRT-PCR分析候選基因在芋球莖8組不同發育時期表達穩定性，利用三種內參基因穩定性分析軟件geNorm、NormFinder和BestKeeper分析候選內參基因在不同發育時期的穩定性并進行綜合分析排序，為今后能更好開展芋球莖發育相關功能基因表達研究提供了參考依據。

【發明內容】

鑒于上述內容，有必要挖掘芋的內參基因，可以很好的對芋的表達分析提供重要參考。

為達到上述目的，本發明所采用的技術方案是：

芋內參基因gene-Taro_030192，所述內參基因gene-Taro_030192的核苷酸序列如序列表SEQ ID NO.1所示。

進一步的，所述引物對其上游序列如序列表SEQ ID NO.2所示，下游序列如序列表SEQ ID NO.3所示。

本發明還包括所述的芋內參基因gene-Taro_030192在芋球莖發育不同時期進行熒光定量表達分析的應用。

進一步的，所述芋球莖發育不同時期分別為：播種后30d、60d、90d、120d、150d、180d、210d、240d的球莖。