[發明專利]與結直腸癌預后相關的標志分子

在審

• 申請號: 202111060999.5
• 申請日: 2021-09-10
• 公開（公告）號: CN113881771A
• 公開（公告）日: 2022-01-04
• 發明（設計）人: 王艷;余和芬;黃蔚;高天楊
• 申請（專利權）人: 首都醫科大學
• 主分類號: C12Q1/6886
• 分類號: C12Q1/6886;C12N15/12;G16H50/30;G16B20/00
• 代理公司: 北京睿陽聯合知識產權代理有限公司 11758
• 代理人: 景鵬;郭奧博

本發明涉及與結直腸癌預后相關的標志分子，所述標志分子包括如SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:6、SEQ ID NO:7、SEQ ID NO:8、SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:10、SEQ ID NO:11、SEQ ID NO:12以及SEQ ID NO:13所示的至少一個基因序列。本發明提供的標志分子與結直腸癌的預后密切相關，結直腸癌患者預后預測與分析提供了新策略。

技術領域

本發明涉及癌癥治療以及預后評價領域，具體涉及與結直腸癌預后相關的標志分子。

背景技術

結直腸癌(colorectal cancer，CRC)是指發生在結腸或直腸上的惡性腫瘤。如今，它約占全球所有診斷出的癌癥和與癌癥相關的死亡病例的10％，每年約有90萬人因該病去世。CRC大部分是零星散發的，并且在很大程度上歸因于西化的環境風險因素，例如肥胖、不良飲食習慣、飲酒和吸煙。其診斷主要是依靠結腸鏡檢查以及在結腸鏡下取樣進行病理確診。結直腸癌在治療上大多采取以手術治療為主的綜合治療，相對于結腸癌，直腸癌對放療的敏感性更高，效果更好一些。結直腸癌由于解剖位置關系復雜，徹底手術難度大，術后復發率高；結腸癌由于發生快和轉移多而通常預后較差。

轉錄因子(TFs)是具有調節功能的蛋白質。它們通過識別基因上游的特定DNA序列來調節基因轉錄，從而在發育和分化中起關鍵作用。許多轉錄因子不僅影響細胞類型的決定和個體發育模式，還參與許多生物途徑的調節(例如免疫應答)。大量研究表明，TFs與腫瘤的形成和治療密切相關。以往研究都是利用少量樣本的RNA-seq數據篩選與結直腸癌預后相關的基因集；很少關注轉錄因子在結直腸癌早期診斷與預后方面的提示作用；大多研究是基于已知的結直腸癌相關調控因子，結合測序數據或者文獻報道挖掘與該調控因子具有顯著上下游相關調控關系的基因或信號通路及其在結直腸癌中的調控作用，未有研究利用數據庫大量癌癥與癌旁樣本的測序數據結合WGCNA分析篩選與結直腸癌預后相關的特征轉錄因子。因此，直接利用CRC相關的TFs來構建結直腸癌的預后模型可能為CRC的診斷和治療提供新的思路。

發明內容

在過去十年中，新技術的飛速發展使我們能夠快速獲取大量的CRC生理和病理信息。加權基因共表達網絡分析(WGCNA)是探索基因與表型之間復雜關系的有效方法。WGCNA的獨特優勢是其可將基因表達數據轉換為共表達模塊，從而深入了解可能負責人們感興趣表型特征的信號網絡。它不僅可以比較差異表達的基因，還可以幫助我們弄清楚不同共表達模塊中基因間的相互作用。因此，本發明通過提取CRC癌癥和癌旁組織中的差異表達基因，利用WGCNA分析來篩選疾病相關TFs，同時建立疾病預后風險模型，實現TFs靶標調控網絡的構建。

本發明的第一目的在于提供分離的與結直腸癌預后相關的標志分子，包括：如SEQID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:6、SEQ IDNO:7、SEQ ID NO:8、SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:10、SEQ ID NO:11、SEQ ID NO:12以及SEQ IDNO:13所示的至少一個基因序列。

具體而言，本發明提供的與結直腸癌預后相關的標志分子可以是SEQ ID NO:1～SEQ ID NO:13中的任意一個序列，也可以包括其中的任意兩個、三個、四個、五個、六個、七個、八個、九個、十個、十一個、十二個或全部十三個序列。

其中，如SEQ ID NO:1所示的基因序列，其編碼的蛋白又名ZEB1。ZEB1是腫瘤上皮-間質轉化的關鍵驅動因子，直接與CDH1啟動子結合，抑制E-cadherin轉錄。目前，尚未見該基因序列與結直腸癌預后相關的報道。