[發明專利]一種辣椒雜交種純度鑒定的SSR核心引物組及其篩選方法

在審

• 申請號: 202111043349.X
• 申請日: 2021-09-07
• 公開（公告）號: CN113801954A
• 公開（公告）日: 2021-12-17
• 發明（設計）人: 管俊嬌;張建華;丁燕;張鵬;楊曉洪;黃清梅;木萬福;楊龍
• 申請（專利權）人: 云南省農業科學院質量標準與檢測技術研究所
• 主分類號: C12Q1/6895
• 分類號: C12Q1/6895;C12N15/11
• 代理公司: 北京東方盛凡知識產權代理事務所(普通合伙) 11562
• 代理人: 張換君

本發明公開了一種辣椒雜交種純度鑒定的SSR核心引物組及其篩選方法，屬于分子標記技術領域，該引物組選自如下所述中的一種或兩種：a.核心引物組中的一種或幾種：Hpms1?214、Es395和Hpms1?5；b.備選核心引物組中的一種或幾種：Es330、Es363、Epms923、Es120和Es64。本發明通過對100個國內辣椒雜交種的DNA指紋分析，確定適于純度鑒定的核心引物的評估指標，進而確定一套辣椒雜交種純度鑒定核心引物，確定特定品種的純度鑒定的特異引物，為構建辣椒雜交種純度鑒定標準DNA指紋圖譜奠定了基礎。

技術領域

本發明涉及分子標記技術領域，特別是涉及一種辣椒雜交種純度鑒定的SSR核心引物組及其篩選方法。

背景技術

辣椒(Capsicum)起源于中南美洲熱帶地區，栽培歷史悠久，遺傳資源豐富。環境、栽培措施和優良品種利用是農業增產增收的主要貢獻因素，而優良品種利用的貢獻率超過60％。隨著辣椒育種技術發展，辣椒品種也迅速增多，而辣椒生產中品種和種子質量問題也顯得比較突出，在生產實踐中，常常出現種子純度不高、活力下降，造成產量降低、品質變劣，嚴重影響其經濟效益。因此，大力開展辣椒種子純度檢測工作顯得尤其重要。

隨著分子標記技術的發展，分子標記技術已經開始在辣椒品種純度鑒定中得到應用，其中，RAPD標記和SSR標記是應用較多的標記技術。然而，在以往的研究中，為解決少數雜交種的純度鑒定，往往需要進行大量的引物篩選工作，才能找到適合的鑒定引物。能否確定一套適于純度鑒定的核心引物，并構建已知品種純度鑒定標準DNA指紋圖譜，對已知品種的純度鑒定至關重要。有了核心引物就不再需要進行繁瑣的引物篩選，即使對未知品種，也只需進行少量的篩選，就能迅速找到合適的鑒定引物。SSR標記具有操作簡便和穩定可靠等優點，加之具有大量的等位差異，多態性十分豐富，在雜交種子純度檢測中有廣闊的應用前景。

雜交種純度鑒定的兩個目的：最主要的目的是驗自交苗，僅需要1對雙親互補型引物即可；其次是驗異型株，需要用特異引物或引物組合，使得出現相同帶型品種的概率足夠低，從而能有效地區分出異型株?；谶@兩點，適于純度鑒定的核心引物必須具備以下兩個特征：(1)雜合率高，從而具有較強的區分自交苗的能力，能夠比較容易篩選到雙親互補型的引物；(2)多態性高，從而具有較高的區分異型株的能力。只有這樣，才能保證預篩時僅采用少數引物就可以比較容易找到符合要求的引物。據此，王鳳格等把引物分為3類：(1)多態性高，且雜合率高；(2)多態性高或中，且雜合率高或中；(3)多態性低或中，或雜合率低。其中，第1類引物最適于純度鑒定，其次是第2類，對于第3類引物，一般不推薦作為純度鑒定優先選用的引物。

然而，目前尚未有關于辣椒雜交種純度鑒定的核心分子標記引物的報道。

發明內容

本發明的目的是提供一種辣椒雜交種純度鑒定的SSR核心引物組及其篩選方法，以解決上述現有技術存在的問題。

為實現上述目的，本發明提供了如下方案：

本發明提供一種辣椒雜交種純度鑒定的SSR核心引物組，選自如下所述中的一種或兩種：

a.核心引物組中的一種或幾種：

Hpms1-214、Es395和Hpms1-5；

b.備選核心引物組中的一種或幾種：

Es330、Es363、Epms923、Es120和Es64。

其中，Hpms1-214：

F：TGCGAGTACCGAGTTCTTTCTAG

R：GGCAGTCCTGGGACAACTCG

Es395：

F：TGTAATTAATTGAGGTGCGCGA