[發(fā)明專利]用于檢測食物致敏原的捕獲探針集、其制備方法及應(yīng)用

在審

• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 202111030675.7
• 申請(qǐng)日: 2021-09-03
• 公開（公告）號(hào): CN113755555A
• 公開（公告）日: 2021-12-07
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 傅玲琳;王彥波;周瑾茹;彭海
• 申請(qǐng)（專利權(quán)）人: 浙江工商大學(xué);武漢明了生物科技有限公司
• 主分類號(hào): C12Q1/6806
• 分類號(hào): C12Q1/6806;G16B25/20;C12N15/11;G16B30/10;G16B50/30
• 代理公司: 杭州創(chuàng)造力專利代理事務(wù)所(普通合伙) 33332
• 代理人: 陳沖

1.一種用于檢測食物致敏原的捕獲探針集的制備方法，其特征在于：包括以下步驟，

根據(jù)序列相似性將至少2個(gè)致敏原的基因片段進(jìn)行兩兩比對(duì)；

將致敏原基因間含有120bp以上且相似性不低于90％的基因，歸為一類；

經(jīng)歸類處理后最終得到至少1類目標(biāo)基因，再對(duì)所述目標(biāo)基因利用clustalw2軟件進(jìn)行多序列比對(duì)；

利用Perl語言的BioPerl模塊，獲取每類目標(biāo)基因的共有序列作為候選探針；

每條所述候選探針，依次截取100～130bp長的序列，將CG含量在30％～70％之間且不含有簡單重復(fù)序列作為單鏈探針。

2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的用于檢測食物致敏原的捕獲探針集的制備方法，其特征在于：所述致敏原包括230個(gè)物種的763個(gè)致敏原的基因片段。

3.一種用于高通量測序檢測食物致敏原的捕獲探針集，其特征在于：包括如權(quán)利要求1～2所述制備方法所制得的捕獲探針集。

4.根據(jù)權(quán)利要求3所述的用于高通量測序檢測食物致敏原的捕獲探針集，其特征在于：所述單鏈探針為7482條。

5.根據(jù)權(quán)利要求3或4所述的用于高通量測序檢測食物致敏原的捕獲探針集，其特征在于：所述單鏈探針的核苷酸序列如SEQ ID NO:1～SEQ ID NO:7482所示。

6.根據(jù)權(quán)利要求5所述的用于高通量測序檢測食物致敏原的捕獲探針集，其特征在于：所述單鏈探針的長度為100～130bp。

7.根據(jù)權(quán)利要求3、4或6任一所述的用于高通量測序檢測食物致敏原的捕獲探針集，其特征在于：所述單鏈探針的CG含量為30～70％。

8.一種用于檢測食物致敏原的捕獲探針集的應(yīng)用，其特征在于：包括如權(quán)利3～7任一所述捕獲探針集，用于高通量測序檢測食物致敏原，包括以下步驟，

合成生物素標(biāo)記探針；

測序文庫構(gòu)建：對(duì)樣品DNA進(jìn)行超聲波片段化，片段化的DNA經(jīng)磁珠純化，依次進(jìn)行末端修復(fù)、連接樣品接頭、連接產(chǎn)物純化、文庫擴(kuò)增、文庫純化后得到待檢樣品的DNA文庫；

雜交捕獲致敏原序列：對(duì)待檢樣品的DNA文庫進(jìn)行DNA文庫變性，之后將變性文庫、探針集與親和鏈霉素磁珠混合，65℃雜交45min，洗脫去除未結(jié)合的DNA片段后獲得雜交捕獲的致敏原基因片段，通過PCR擴(kuò)增富集雜交捕獲的致敏原基因片段獲得捕獲DNA文庫；

所述捕獲DNA文庫進(jìn)行上機(jī)測序和數(shù)據(jù)分析。

9.根據(jù)權(quán)利要求8所述的用于檢測食物致敏原的捕獲探針集的應(yīng)用，其特征在于：所述PCR擴(kuò)增為20次循環(huán)。