[發(fā)明專利]SNP標(biāo)記組合、引物探針組合、試劑盒及其制備中的應(yīng)用

在審

• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 202111029132.3
• 申請(qǐng)日: 2021-09-03
• 公開（公告）號(hào): CN113462771A
• 公開（公告）日: 2021-10-01
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 畢宏生;蔣文君;趙海強(qiáng);王興榮;季鵬;郭濱;吳建峰
• 申請(qǐng)（專利權(quán)）人: 山東中醫(yī)藥大學(xué)附屬眼科醫(yī)院
• 主分類號(hào): C12Q1/6883
• 分類號(hào): C12Q1/6883;C12Q1/6858;C12N15/11;G16B20/20;G16B40/00;G16H50/30
• 代理公司: 北京君慧知識(shí)產(chǎn)權(quán)代理事務(wù)所(普通合伙) 11716
• 代理人: 馮妙娜

本申請(qǐng)公開了一種SNP標(biāo)記組合、引物探針組合、試劑盒及其制備中的應(yīng)用。該判定高度近視風(fēng)險(xiǎn)的SNP標(biāo)記組合包括SNP1~SNP8共8個(gè)SNP位點(diǎn)，SNP1~SNP8位點(diǎn)如下：SNP1?SNP8的位點(diǎn)的rs號(hào)分別為rs35771565、rs2076486、rs2301753、rs3130573、rs1065356、rs3134605、rs3131290和rs2076523，上述rs號(hào)的SNP1?SNP8的位點(diǎn)分別為C/T多態(tài)、A/G多態(tài)、G/T多態(tài)、A/G多態(tài)、G/A多態(tài)、T/C多態(tài)、G/A多態(tài)和T/C多態(tài)。

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明涉及遺傳病基因檢測(cè)領(lǐng)域，尤其涉及一種SNP標(biāo)記組合、引物探針組合、試劑盒及其制備中的應(yīng)用。

背景技術(shù)

屈光度-6.00D或眼軸長(zhǎng)度超過26mm的近視稱為高度近視。高度近視的患病率具有明顯的種群特異性。普遍認(rèn)為導(dǎo)致近視的主要因素為環(huán)境與遺傳因素，家系研究表明，父母患有近視的子女高度近視的患病率高于父母無(wú)近視的子女，提示遺傳因素在高度近視的發(fā)病中起重要作用。

傳統(tǒng)檢測(cè)高度近視相關(guān)SNP的方法包括一代測(cè)序、等位基因特異性PCR、基于熒光標(biāo)記單堿基延伸的基因分型、常規(guī)熒光定量PCR等。隨著基因芯片技術(shù)和高通量測(cè)序法等現(xiàn)代檢測(cè)技術(shù)的迅猛發(fā)展，全基因組SNP芯片、全基因組測(cè)序、外顯子組測(cè)序和目標(biāo)區(qū)域再測(cè)序等諸多新的技術(shù)方法在高度近視基因研究中得到了廣泛的應(yīng)用。但是這些檢測(cè)方法都各有不足。

比如，一代測(cè)序技術(shù)檢測(cè)SNP的周期較長(zhǎng)，若檢測(cè)多個(gè)SNP位點(diǎn)，人工試劑成本都相對(duì)較高，也相對(duì)耗時(shí)；基于熒光標(biāo)記單堿基延伸的基因分型適合檢測(cè)大量樣本的SNP，若檢測(cè)樣本少，成本顯著增加；常規(guī)的熒光定量PCR方法，單個(gè)體系檢測(cè)單個(gè)位點(diǎn)，通量低，只適合少量位點(diǎn)研究，并且檢測(cè)單個(gè)樣本單個(gè)位點(diǎn)的成本較高；全基因組SNP芯片和二代測(cè)序方法，檢測(cè)周期較長(zhǎng)，檢測(cè)成本高，整個(gè)實(shí)驗(yàn)過程操作相對(duì)復(fù)雜，對(duì)于數(shù)據(jù)分析人員的能力要求較高。目前常用的多基因風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分方法通常基于全基因組關(guān)聯(lián)分析數(shù)據(jù)，需要大量位點(diǎn)才能組建評(píng)分模型，而且只局限于全基因組關(guān)聯(lián)數(shù)據(jù)，也不適用全外顯子組測(cè)序數(shù)據(jù)。

發(fā)明內(nèi)容

為了解決上述問題，提供了一種SNP標(biāo)記組合、引物探針組合、試劑盒及其制備中的應(yīng)用?；赟NP標(biāo)記組合對(duì)高度近視風(fēng)險(xiǎn)進(jìn)行預(yù)測(cè)，準(zhǔn)確度高，所需的位點(diǎn)數(shù)目較少，具有簡(jiǎn)單方便、節(jié)約成本的效果；利用多重?zé)晒釶CR結(jié)合本申請(qǐng)的特定的引物探針組合的多色探針熔解曲線分析技術(shù)，在兩到三個(gè)小時(shí)內(nèi)實(shí)現(xiàn)多個(gè)目標(biāo)SNP位點(diǎn)的同時(shí)檢測(cè)，顯著提高檢測(cè)通量，降低檢測(cè)成本，提高檢測(cè)精確度；根據(jù)各檢測(cè)通道Tm值的差異，準(zhǔn)確快速地判斷樣本各位點(diǎn)的基因型。

根據(jù)本申請(qǐng)的一個(gè)方面，提供了一種判定高度近視風(fēng)險(xiǎn)的SNP標(biāo)記組合，所述SNP標(biāo)記組合包括SNP1~SNP8共8個(gè)SNP位點(diǎn)，所述SNP1~SNP8位點(diǎn)如下所示：

SNP1位點(diǎn)的rs號(hào)為rs35771565，該SNP為C/T多態(tài)；

SNP2位點(diǎn)的rs號(hào)為rs2076486，該SNP為A/G多態(tài)；

SNP3位點(diǎn)的rs號(hào)為rs2301753，該SNP為G/T多態(tài)；

SNP4位點(diǎn)的rs號(hào)為rs3130573，該SNP為A/G多態(tài)；

SNP5位點(diǎn)的rs號(hào)為rs1065356，該SNP為G/A多態(tài)；

SNP6位點(diǎn)的rs號(hào)為rs3134605，該SNP為T/C多態(tài)；

SNP7位點(diǎn)的rs號(hào)為rs3131290，該SNP為G/A多態(tài)；

SNP8位點(diǎn)的rs號(hào)為rs2076523，該SNP為T/C多態(tài)。