[發明專利]一種嶗山奶山羊低密度液相SNP芯片及其應用

在審

• 申請號: 202110989848.1
• 申請日: 2021-08-26
• 公開（公告）號: CN113699253A
• 公開（公告）日: 2021-11-26
• 發明（設計）人: 程明;李和剛;王莎莎;戴正浩;靳顯玲;劉開東;婁蘭強;楊培培;郝海玉;祝貴華
• 申請（專利權）人: 青島市畜牧工作站（青島市畜牧獸醫研究所）
• 主分類號: C12Q1/6888
• 分類號: C12Q1/6888;C12Q1/6837;C40B40/06;C12N15/11
• 代理公司: 北京慕達星云知識產權代理事務所(特殊普通合伙) 11465
• 代理人: 崔自京

本發明公開了一種嶗山奶山羊低密度液相SNP芯片及其應用，屬于分子檢測技術領域；該SNP芯片包括1792個SNP位點，本發明嶗山奶山羊低密度液相SNP芯片可用于鑒定嶗山奶山羊群體的親緣關系，避免近親交配，指導嶗山奶山羊的育種工作，提高嶗山奶山羊的經濟價值。

技術領域

本發明涉及分子檢測技術領域，更具體的說是涉及一種嶗山奶山羊低密度液相SNP芯片及其應用。

背景技術

由于種畜群體規模較小、譜系記錄不全等原因，我國地方家畜品種往往存在近親繁殖的現象；而近親交配會導致家畜生產性能下降，嚴重情況下會導致近交衰退，從而帶來較高的經濟損失。

嶗山奶山羊原產于山東省膠東半島，主要分布于嶗山及周邊區市，是嶗山一帶群眾經過多年培育形成的一個產奶性能高的地方良種，是中國奶山羊的優良品種之一。嶗山奶山羊具有適應能力強、產奶性能高、抗病力強、養殖成本低等特點，通過對嶗山奶山羊不同種群間的血緣關系鑒定，可以更好的對嶗山奶山羊進行研究及選育。

目前可用于嶗山奶山羊不同種群間的血緣關系鑒定的方法包括RFLP、RAPD、小衛星、微衛星、SNP芯片等。RFLP是最早開發的DNA標記，在同一基因座上只有兩個等位基因，多態性不夠高，且測定方法比較復雜，近年已很少使用。RAPD無法分辨純合子和雜合子，且標記引物很短，很容易產生人為的擴增產物，故穩定性和重復性差。微衛星及小衛星存在突變率和無效等位基因檢出率均較高的問題，在雜合度較低或位點較少的情況下，其系譜重建的可靠性和準確性有待提高。而SNP標記被證實更加敏捷和準確，使得SNP芯片成為一種覆蓋面較廣、親緣關系鑒定較為準確的方法。

目前市面上的山羊SNP芯片均為10K以上的中高密度固相芯片，理論上可以滿足嶗山奶山羊親緣關系鑒定的要求。但是由于這些芯片掃描的基因組范圍較廣、密度較大，使用成本較高，同時數據分析的工作量較大，一定程度上限制了其在奶山羊育種實踐中的應用。另外，不同山羊品種的SNP分子標記的數量和位點也會存在明顯的差異；所以開發出專屬于嶗山奶山羊的低密度SNP芯片對于提升該品種的育種效率極為必要。

發明內容

有鑒于此，本發明提供了一種嶗山奶山羊低密度液相SNP芯片及其應用。

為了實現上述目的，本發明采用如下技術方案：

一種嶗山奶山羊低密度液相SNP芯片，其特征在于，包括1792個SNP位點；所述1792個SNP位點信息如表1所示：

表1

上述嶗山奶山羊低密度液相SNP芯片在嶗山奶山羊選育中的應用。

上述嶗山奶山羊低密度液相SNP芯片在嶗山奶山羊親緣關系分析中的應用。