[發(fā)明專利]特定凝集素組合鑒別肝硬化、肝癌的測(cè)試工具及系統(tǒng)

有效

• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 202110984286.1
• 申請(qǐng)日: 2021-08-25
• 公開(kāi)（公告）號(hào): CN113721029B
• 公開(kāi)（公告）日: 2023-06-06
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 李錚;唐振;于漢杰;舒健;張宸
• 申請(qǐng)（專利權(quán)）人: 西北大學(xué)
• 主分類號(hào): G01N33/68
• 分類號(hào): G01N33/68;G01N33/574;G06N20/00;G16H50/20
• 代理公司: 深圳智趣知識(shí)產(chǎn)權(quán)代理事務(wù)所(普通合伙) 44486
• 代理人: 李興生

1.一種特定凝集素組合在制備基于唾液糖蛋白糖鏈鑒別肝硬化、肝癌的測(cè)試工具中的應(yīng)用，其特征在于：

所述特定凝集素組合，由PHA-E+L、VVA、ACA組成。

2.一種基于唾液糖蛋白糖鏈鑒別肝硬化、肝癌的測(cè)試工具，其特征在于，包括：

處理器；

存儲(chǔ)介質(zhì)，用于在存儲(chǔ)的程序被處理器加載時(shí)執(zhí)行以下步驟：

獲取唾液樣本的凝集素測(cè)試結(jié)果，所述凝集素測(cè)試結(jié)果體現(xiàn)特定凝集素組合：PHA-E+L、VVA、ACA凝集素結(jié)合的糖蛋白糖鏈的表達(dá)水平，并通過(guò)隨機(jī)森林算法構(gòu)建鑒別模型獲得檢測(cè)結(jié)果。

3.一種基于唾液糖蛋白糖鏈鑒別肝硬化、肝癌的系統(tǒng)，其特征在于，包括：

采集裝置，用于獲取唾液樣本中如權(quán)利要求2所述的特定凝集素組合：PHA-E+L、VVA、ACA凝集素結(jié)合的特定糖蛋白糖鏈的表達(dá)水平；

如權(quán)利要求2所述的測(cè)試工具，與所述采集裝置連接，用于通過(guò)所述存儲(chǔ)介質(zhì)收集所述采集裝置中的特定糖蛋白糖鏈的表達(dá)水平，從而在所述處理器中進(jìn)行肝硬化、肝癌鑒別。

4.根據(jù)權(quán)利要求3所述的系統(tǒng)，其特征在于，所述采集裝置，包括：

凝集素芯片、孵育單元以及生物芯片掃描模塊，其中凝集素芯片上設(shè)置有所述特定凝集素組合。

5.根據(jù)權(quán)利要求4所述的系統(tǒng)，其特征在于：

所述凝集素芯片與所述孵育單元連接，用于使所述凝集素芯片在所述孵育單元中進(jìn)行孵育反應(yīng)；

所述生物芯片掃描模塊與所述孵育單元連接，用于讀取所述孵育單元內(nèi)的凝集素芯片上各凝集素結(jié)合的糖蛋白糖鏈的表達(dá)數(shù)據(jù)。

6.根據(jù)權(quán)利要求3所述的系統(tǒng)，其特征在于，所述測(cè)試工具，包括：

處理器，與所述采集裝置連接，用于獲取凝集素芯片數(shù)據(jù)作為訓(xùn)練集中的候選變量，構(gòu)建鑒別模型；

所述候選變量包括如權(quán)利要求2所述的特定凝集素組合。

7.根據(jù)權(quán)利要求6所述的系統(tǒng)，其特征在于：

所述處理器獲取所述采集裝置中的凝集素芯片數(shù)據(jù)，用于通過(guò)以下步驟構(gòu)建鑒別模型；

采用了randomForest包構(gòu)建初步的RF模型；

利用mtry定義在每個(gè)拆分中隨機(jī)抽取為候選變量的數(shù)量，其代表節(jié)點(diǎn)中二叉樹(shù)的變量個(gè)數(shù)；

通過(guò)設(shè)置種子數(shù)，以確保設(shè)置同樣的程序每次結(jié)果一致，然后尋找最優(yōu)參數(shù)ntree；

通過(guò)所述初步的RF模型構(gòu)建模型第一模型和第二模型，分別查看樣本的間距，將proximity?matrix轉(zhuǎn)化成distance?matrix，計(jì)算每個(gè)MDS軸占據(jù)的百分比，然后用MDSplot函數(shù)實(shí)現(xiàn)隨機(jī)森林的可視化。

8.根據(jù)權(quán)利要求7所述的系統(tǒng)，其特征在于，所述處理器獲取所述采集裝置中的凝集素芯片數(shù)據(jù)，還包括以下構(gòu)建鑒別模型的步驟；

通過(guò)以準(zhǔn)確率遞減的方法計(jì)算所述第一模型和第二模型中每種凝集素的重要性值，并對(duì)上述第一模型和第二模型的準(zhǔn)確度通過(guò)驗(yàn)證集進(jìn)行驗(yàn)證。

9.根據(jù)權(quán)利要求6所述的系統(tǒng)，其特征在于：

所述處理器與所述采集裝置連接，用于根據(jù)凝集素芯片數(shù)據(jù)作為訓(xùn)練數(shù)據(jù)集；然后通過(guò)主成分分析選取包括所述特定凝集素組合的特征作為候選變量；最后結(jié)合訓(xùn)練集數(shù)據(jù)，采用隨機(jī)森林算法，構(gòu)建所述鑒別模型。

10.根據(jù)權(quán)利要求7～9任一項(xiàng)所述的系統(tǒng)，其特征在于，所述候選變量，還包括凝集素：LCA、NPA、GSL-Ⅰ、SJA、BS-Ⅰ中的一種或多種。