[發(fā)明專(zhuān)利]一種鑒別甘肅鼢鼠的試劑盒及方法

在審

• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 202110944095.2
• 申請(qǐng)日: 2021-08-17
• 公開(kāi)（公告）號(hào): CN113444813A
• 公開(kāi)（公告）日: 2021-09-28
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 張同作;蔡振媛;鄧艷芳;張婧捷;李全亮;高紅梅;江峰;徐波;李斌
• 申請(qǐng)（專(zhuān)利權(quán)）人: 中國(guó)科學(xué)院西北高原生物研究所
• 主分類(lèi)號(hào): C12Q1/6888
• 分類(lèi)號(hào): C12Q1/6888;C12Q1/6869
• 代理公司: 成都高遠(yuǎn)知識(shí)產(chǎn)權(quán)代理事務(wù)所(普通合伙) 51222
• 代理人: 張娟;李高峽

1.一種鑒別甘肅鼢鼠的試劑盒，其特征在于：它包括檢測(cè)待檢物種的12S rRNA基因和16S rRNA基因中的如下4個(gè)SNP位點(diǎn)中任意一個(gè)或多個(gè)的試劑：

SEQ ID NO:5所示保守motif序列的第4位，SEQ ID NO:6所示保守motif序列的第25位，SEQ ID NO:7所示保守motif序列的第22位和第31位。

2.如權(quán)利要求1所述的試劑盒，其特征在于：所述試劑是同時(shí)檢測(cè)所述4個(gè)SNP位點(diǎn)的試劑。

3.如權(quán)利要求1所述的試劑盒，其特征在于：所述SNP位點(diǎn)的堿基如下：SEQ ID NO:5所示保守motif序列的第4位堿基為C；SEQ ID NO:6所示保守motif序列的第25位堿基為C；SEQID NO:7所示保守motif序列的第22位堿基為G、第31位堿基為C。

4.如權(quán)利要求1～3任一項(xiàng)所述的試劑盒，其特征在于，所述試劑為：測(cè)序用試劑、KASP方法用試劑或限制性片段長(zhǎng)度多態(tài)性方法用試劑。

5.如權(quán)利要求1～3任一項(xiàng)所述的試劑盒，其特征在于，它還包括擴(kuò)增12S rRNA基因和16S rRNA基因保守motif序列的試劑；所述保守motif序列為SEQ ID NO:5～7所示的任意一個(gè)或多個(gè)序列。

6.如權(quán)利要求5所述的試劑盒，其特征在于，所述擴(kuò)增12S rRNA基因和16S rRNA基因保守motif序列的試劑包括SEQ NO:1～2所示的引物對(duì)和SEQ NO:3～4所示的引物對(duì)。

7.擴(kuò)增12S rRNA基因和16S rRNA基因保守motif序列的試劑在鑒別甘肅鼢鼠的試劑盒中的用途，所述保守motif序列是SEQ ID NO:5～7所示的任意一個(gè)或多個(gè)序列；

優(yōu)選地，所述試劑包括SEQ NO:1～2所示的引物對(duì)和SEQ NO:3～4所示的引物對(duì)。

8.一種鑒別甘肅鼢鼠的方法，其特征在于，包括如下步驟：

(1)提取待檢鼢鼠樣本的基因組總DNA；

(2)檢測(cè)12S rRNA基因序列和16S rRNA基因序列中如下4個(gè)SNP位點(diǎn)的一個(gè)或多個(gè)：12SrRNA基因序列中SEQ ID NO:5所示保守motif序列第4位；12S rRNA基因序列中SEQ ID NO:6所示保守motif序列的第25位；16S rRNA基因序列中SEQ ID NO:7所示保守motif序列的第22和第31位，分析即可；

優(yōu)選的，步驟(1)所述的樣本為組織樣本或血液樣本。

9.如權(quán)利要求8所述的方法，其特征在于，步驟(2)所述檢測(cè)的步驟如下：

1)以步驟(1)提取的DNA為模板，利用擴(kuò)增試劑進(jìn)行PCR擴(kuò)增得到擴(kuò)增產(chǎn)物；

2)對(duì)步驟1)所得PCR擴(kuò)增產(chǎn)物進(jìn)行瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè)；

3)對(duì)步驟2)的檢測(cè)結(jié)果中在490bp和1450bP有明亮條帶的PCR擴(kuò)增產(chǎn)物進(jìn)行測(cè)序，得到12S rRNA基因序列和16S rRNA基因序列；

4)對(duì)步驟3)得到的12S rRNA基因序列和16S rRNA基因序列中的如下4個(gè)SNP位點(diǎn)中的一個(gè)或多個(gè)進(jìn)行分析：12S rRNA基因序列中SEQ ID NO:5所示保守motif序列第4位；12SrRNA基因序列中SEQ ID NO:6所示保守motif序列的第25位；16S rRNA基因序列中SEQ IDNO:7所示保守motif序列的第22和第31位；

優(yōu)選地，步驟1)所述擴(kuò)增試劑包括SEQ NO:1～2所示的引物對(duì)和SEQ NO:3～4所示的引物對(duì)；所述的PCR擴(kuò)增的退火溫度52～56℃；步驟3)所述測(cè)序?yàn)殡p向Sanger測(cè)序。

10.如權(quán)利要求8或9所述的方法，其特征在于，步驟(2)所述檢測(cè)是同時(shí)檢測(cè)所述4個(gè)SNP位點(diǎn)；

優(yōu)選地，所述SNP位點(diǎn)的堿基如下，則待檢鼢鼠為甘肅鼢鼠：

SEQ ID NO:5所示保守motif序列的第4位堿基為C；SEQ ID NO:6所示保守motif序列的第25位堿基為C；SEQ ID NO:7所示保守motif序列的第22位堿基為G、第31位堿基為C。