[發明專利]一種鑒別秦嶺鼢鼠的試劑盒及方法

在審

• 申請號: 202110944093.3
• 申請日: 2021-08-17
• 公開（公告）號: CN113444812A
• 公開（公告）日: 2021-09-28
• 發明（設計）人: 蔡振媛;張同作;于紅妍;張婧捷;李侖;江峰;劉道鑫;李斌;侯陸一
• 申請（專利權）人: 中國科學院西北高原生物研究所
• 主分類號: C12Q1/6888
• 分類號: C12Q1/6888;C12Q1/6869
• 代理公司: 成都高遠知識產權代理事務所(普通合伙) 51222
• 代理人: 鄭勇力;張娟

1.一種鑒別秦嶺鼢鼠的試劑盒，其特征在于，它包括檢測待檢物種的12S rRNA基因中如下SNP位點的試劑：SEQ ID NO:5所示保守motif序列的第55位，

和/或，16S rRNA基因中的如下SNP位點的試劑：SEQ ID NO:6所示保守motif序列的第35位。

2.如權利要求1所述的試劑盒，其特征在于，所述試劑是同時檢測所述12S rRNA基因中SNP位點和16S rRNA基因中SNP位點的試劑；

或，所述SNP位點的堿基如下：

SEQ ID NO:5所示保守motif序列的第55位堿基為G；SEQ ID NO:6所示保守motif序列的第35位堿基為C。

3.如權利要求1或2所述的試劑盒，其特征在于，所述試劑為：測序用試劑、KASP方法用試劑或限制性片段長度多態性方法用試劑。

4.如權利要求1或2所述的試劑盒，其特征在于，它還包括擴增12S rRNA基因保守motif序列的試劑，和/或，擴增16S rRNA基因保守motif序列的試劑；所述12S rRNA基因保守motif序列為SEQ ID NO:5所示的序列，所述16S rRNA基因保守motif序列為SEQ ID NO:6所示的序列。

5.如權利要求4所述的試劑盒，其特征在于，所述擴增12S rRNA基因保守motif序列的試劑包括SEQ ID NO:1～2所示的引物對，和/或，所述擴增16S rRNA基因保守motif序列的試劑包括SEQ ID NO:3～4所示的引物對。

6.擴增保守motif序列的試劑在鑒別秦嶺鼢鼠的試劑盒中的用途，所述保守motif序列是SEQ ID NO:5～6所示的任意一個或兩個序列。

7.如權利要求6所述的用途，其特征在于：所述試劑包括SEQ ID NO:1～2所示的引物對，和/或，SEQ ID NO:3～4所示的引物對。

8.一種鑒別秦嶺鼢鼠的方法，其特征在于，包括如下步驟：

(1)提取待檢鼢鼠樣本的基因組總DNA；

(2)檢測12S rRNA基因中如下SNP位點的試劑：SEQ ID NO:5所示保守motif序列的第55位；和/或，16S rRNA基因中的如下SNP位點的試劑：SEQ ID NO:6所示保守motif序列的第35位，分析即可；

優選的，步驟(1)所述的樣本為組織樣本或血液樣本。

9.如權利要求8所述的方法，其特征在于，步驟(2)所述檢測的步驟如下：

1)以步驟(1)提取的DNA為模板，利用擴增試劑進行PCR擴增得到擴增產物；

2)對步驟1)所得PCR擴增產物進行瓊脂糖凝膠電泳檢測；

3)對步驟2)的檢測結果中在490bp有明亮條帶的PCR擴增產物進行測序，得到12S rRNA基因序列；和/或，在1450bp有明亮條帶的PCR擴增產物進行測序，得到16S rRNA基因序列；

4)對步驟3)得到的12S rRNA基因中如下SNP位點進行分析：SEQ ID NO:5所示保守motif序列的第55位；和/或，對步驟3)得到的16S rRNA基因中的如下SNP位點進行分析：SEQID NO:6所示保守motif序列的第35位；

優選地，步驟1)所述擴增試劑包括SEQ ID NO:1～2所示的引物對和/或SEQ ID NO:3～4所示的引物對；所述的PCR擴增的退火溫度52～56℃；步驟3)所述測序為雙向Sanger測序。

10.如權利要求8或9所述的方法，其特征在于，步驟(2)所述檢測是同時檢測所述12SrRNA基因中SNP位點和16S rRNA基因中SNP位點；

或，所述SNP位點的堿基如下，則待檢鼢鼠為秦嶺鼢鼠：

SEQ ID NO:5所示保守motif序列的第55位堿基為G；SEQ ID NO:6所示保守motif序列的第35位堿基為C。