[發明專利]一種快速、高通量檢測幽門螺旋桿菌耐藥性的方法

在審

• 申請號: 202110941380.9
• 申請日: 2021-08-17
• 公開（公告）號: CN113667767A
• 公開（公告）日: 2021-11-19
• 發明（設計）人: 李瀅;吳清平;薛亮;商燕燕;謝新強;龐銳;陳謀通;楊潤時;楊小鵑;王涓;丁郁;張菊梅;陳惠元;楊寧
• 申請（專利權）人: 廣東省科學院微生物研究所（廣東省微生物分析檢測中心）;廣東環凱生物科技有限公司;廣東科環生物科技有限公司
• 主分類號: C12Q1/689
• 分類號: C12Q1/689;C12N15/11
• 代理公司: 廣州科粵專利商標代理有限公司 44001
• 代理人: 劉明星;朱聰聰

本發明公開了快速、高通量檢測幽門螺旋桿菌耐藥性的方法。分離獲取幽門螺旋桿菌樣品，對幽門螺旋桿菌進行如下檢測：檢測克拉霉素耐藥基因23S rRNA的突變位點：109G→A、2056A→G、2095T→C、2834C→T和蛋白infB的突變位點794Glu→Asp，如發生任一突變則幽門螺旋桿菌具有克拉霉素耐藥性。本發明經研究發現現有的檢測方案不能準確地預測HP中國流行株對抗生素的耐藥情況，因此發明人建立了首個基于HP中國流行株耐藥基因的分子表征庫信息的基因?表征關聯模型，提出基于該模型的新型快速、高通量HP耐藥檢測方案。與現有技術相比，本發明能更精準地協助臨床醫生快速預測我國HP的耐藥表型。

技術領域：

本發明屬于微生物技術領域以及醫藥技術領域，具體涉及一種快速、高通量檢測幽門螺旋桿菌耐藥性的方法。

背景技術：

幽門螺桿菌(Helicobacter pylori，HP)是一種革蘭氏陰性、微需氧螺旋狀細菌，與人類胃腸道疾病有關。HP感染可引起慢性胃炎，并導致多種并發癥，如消化不良、消化性潰瘍和胃癌。據統計，全球約90％的胃癌發病與HP感染密切相關。因此，HP感染嚴重威脅人類的健康、造成龐大的經濟與社會損失，預防和治療幽門螺旋桿菌感染具有巨大的應用研究價值。

抗生素治療是目前清除HP的主要方案，但由于胃內存在大量胃酸及消化酶，可滅活絕大部分抗生素，因此現有的多數抗生素不能用于HP的治療。迄今為止，僅5種抗生素在全球范圍內獲批用于HP的治療：阿莫西林、克拉霉素、左氧氟沙星、甲硝唑及四環素。然而，大量研究數據指出，我國流行的HP對上述五種抗生素的耐藥率在逐年爬升。至2017年，我國HP流行株對不同抗生素的耐藥情況為：克拉霉素28.9％、甲硝唑63.8％、左氧氟沙星28.0％、阿莫西林3.1％、四環素3.9％。

HP耐藥性檢測的金標準為美國臨床和實驗室標準協會(Clinical andLaboratory Standards Institute，CLSI)提出的瓊脂稀釋法。該方法對實驗人員專業水平、實驗設備、實驗耗材均有較高要求，難以在臨床應用中開展。因此，尋求簡便、準確率高的HP耐藥性評判新標準有重要的應用意義。

目前認為HP耐受抗生素主要由該菌基因組中特定基因發生隨機突變導致。HP基因發生突變后，抗生素難以結合到其作用靶點或藥物難以在菌體內由前體藥物轉化為作用藥物，均導致HP對抗生素耐藥。因此，研究者通過大數據分析手段統計分析HP基因突變與耐藥表型的規律，繼而建立了基于HP特定基因突變預測其耐藥表型的模型，為臨床醫生提供了一套簡便、快速的HP藥敏預測方案。

近年來，隨著新一代測序技術的發展，微生物學家們逐漸發現HP是一個在種內具有高度變異性的物種，不同大洲人群感染的HP在基因組水平上差異極大。

發明內容：

本發明的第一個目的是提供一種準確地預測HP中國流行株對抗生素的耐藥情況的快速、高通量檢測幽門螺旋桿菌耐藥性的方法。

本發明人團隊在前期研究中發現，既往文獻報道的其他國家發生的HP耐藥基因突變并不具有預測中國流行HP株藥敏表型的意義(圖2)。

因此，本研究結合我國HP流行株的基因組特征，建立起HP中國流行株耐藥基因的分子表征庫，并設計出HP中國流行株的耐藥基因組分子表征關聯模型，針對我國流行HP藥敏情況，對于三種易發生耐受的抗生素，設計出適用于我國HP分離株耐藥性的快速檢測方案。本方案對比現有方法，有利于協助臨床醫生對我國HP感染的治療做出更為精準的判斷。

本發明的快速、高通量檢測幽門螺旋桿菌耐藥性的方法，包括以下步驟：

分離獲取幽門螺旋桿菌樣品，對幽門螺旋桿菌進行如下檢測：

檢測克拉霉素耐藥基因23S rRNA的突變位點：109G→A、2056A→G、2095T→C、2834C→T和蛋白infB的突變位點794Glu→Asp，如發生任一突變則幽門螺旋桿菌具有克拉霉素耐藥性；