[發明專利]基于KASP技術開發的不結球白菜核心SNP分子標記集及其應用

有效

• 申請號: 202110913496.1
• 申請日: 2021-08-10
• 公開（公告）號: CN113403423B
• 公開（公告）日: 2022-03-15
• 發明（設計）人: 張艷;陳漢才;黎庭耀;沈卓;楊易;周軒;吳增祥
• 申請（專利權）人: 廣東省農業科學院蔬菜研究所
• 主分類號: C12Q1/6895
• 分類號: C12Q1/6895;C12Q1/6858;C12N15/11;A01H1/04
• 代理公司: 深圳市創富知識產權代理有限公司 44367
• 代理人: 高冰

1.用于擴增不結球白菜核心SNP分子標記集的KASP引物，其特征在于，所述不結球白菜核心SNP分子標記集由如下編號為SNP1～42所示的SNP標記組成：

所述SNP1標記為堿基C/T，位于不結球白菜1號染色體上，位置為不結球白菜全基因組序列的第21612761位；

所述SNP2標記為堿基C/T，位于不結球白菜1號染色體上，位置為不結球白菜全基因組序列的第21624075位；

所述SNP3標記為堿基G/A，位于不結球白菜1號染色體上，位置為不結球白菜全基因組序列的第27291001位；

所述SNP4標記為堿基C/T，位于不結球白菜1號染色體上，位置為不結球白菜全基因組序列的第29042081位；

所述SNP5標記為堿基C/T，位于不結球白菜2號染色體上，位置為不結球白菜全基因組序列的第12579271位；

所述SNP6標記為堿基T/A，位于不結球白菜2號染色體上，位置為不結球白菜全基因組序列的第14670199位；

所述SNP7標記為堿基T/C，位于不結球白菜2號染色體上，位置為不結球白菜全基因組序列的第6287090位；

所述SNP8標記為堿基G/C，位于不結球白菜2號染色體上，位置為不結球白菜全基因組序列的第17101169位；

所述SNP9標記為堿基C/A，位于不結球白菜3號染色體上，位置為不結球白菜全基因組序列的第7872365位；

所述SNP10標記為堿基T/G，位于不結球白菜3號染色體上，位置為不結球白菜全基因組序列的第27336042位；

所述SNP11標記為堿基T/C，位于不結球白菜3號染色體上，位置為不結球白菜全基因組序列的第10862382位；

所述SNP12標記為堿基T/A，位于不結球白菜3號染色體上，位置為不結球白菜全基因組序列的第10870310位；

所述SNP13標記為堿基C/T，位于不結球白菜3號染色體上，位置為不結球白菜全基因組序列的第11407563位；

所述SNP14標記為堿基T/C，位于不結球白菜3號染色體上，位置為不結球白菜全基因組序列的第14544571位；

所述SNP15標記為堿基C/T，位于不結球白菜4號染色體上，位置為不結球白菜全基因組序列的第10563214位；

所述SNP16標記為堿基C/G，位于不結球白菜4號染色體上，位置為不結球白菜全基因組序列的第19380396位；

所述SNP17標記為堿基C/T，位于不結球白菜4號染色體上，位置為不結球白菜全基因組序列的第11760387位；

所述SNP18標記為堿基C/G，位于不結球白菜4號染色體上，位置為不結球白菜全基因組序列的第21624754位；

所述SNP19標記為堿基G/C，位于不結球白菜5號染色體上，位置為不結球白菜全基因組序列的第1066885位；

所述SNP20標記為堿基G/T，位于不結球白菜5號染色體上，位置為不結球白菜全基因組序列的第17807854位；

所述SNP21標記為堿基C/A，位于不結球白菜5號染色體上，位置為不結球白菜全基因組序列的第1889510位；

所述SNP22標記為堿基C/T，位于不結球白菜5號染色體上，位置為不結球白菜全基因組序列的第1581635位；

所述SNP23標記為堿基G/A，位于不結球白菜6號染色體上，位置為不結球白菜全基因組序列的第23758128位；

所述SNP24標記為堿基G/C，位于不結球白菜6號染色體上，位置為不結球白菜全基因組序列的第25457983位；

所述SNP25標記為堿基T/C，位于不結球白菜6號染色體上，位置為不結球白菜全基因組序列的第18142570位；

所述SNP26標記為堿基G/C，位于不結球白菜6號染色體上，位置為不結球白菜全基因組序列的第19301511位；

所述SNP27標記為堿基G/C，位于不結球白菜7號染色體上，位置為不結球白菜全基因組序列的第15969630位；

所述SNP28標記為堿基T/C，位于不結球白菜7號染色體上，位置為不結球白菜全基因組序列的第14610710位；

所述SNP29標記為堿基G/T，位于不結球白菜7號染色體上，位置為不結球白菜全基因組序列的第15631302位；

所述SNP30標記為堿基A/G，位于不結球白菜7號染色體上，位置為不結球白菜全基因組序列的第1750463位；

所述SNP31標記為堿基G/C，位于不結球白菜8號染色體上，位置為不結球白菜全基因組序列的第18036348位；

所述SNP32標記為堿基T/C，位于不結球白菜8號染色體上，位置為不結球白菜全基因組序列的第19882040位；

所述SNP33標記為堿基C/T，位于不結球白菜8號染色體上，位置為不結球白菜全基因組序列的第1929087位；

所述SNP34標記為堿基T/A，位于不結球白菜8號染色體上，位置為不結球白菜全基因組序列的第14605882位；

所述SNP35標記為堿基C/G，位于不結球白菜9號染色體上，位置為不結球白菜全基因組序列的第37635371位；

所述SNP36標記為堿基C/A，位于不結球白菜9號染色體上，位置為不結球白菜全基因組序列的第3011899位；

所述SNP37標記為堿基C/A，位于不結球白菜9號染色體上，位置為不結球白菜全基因組序列的第34173525位；

所述SNP38標記為堿基G/T，位于不結球白菜9號染色體上，位置為不結球白菜全基因組序列的第39079259位；

所述SNP39標記為堿基G/A，位于不結球白菜10號染色體上，位置為不結球白菜全基因組序列的第9999223位；

所述SNP40標記為堿基C/A，位于不結球白菜10號染色體上，位置為不結球白菜全基因組序列的第11493584位；

所述SNP41標記為堿基A/T，位于不結球白菜10號染色體上，位置為不結球白菜全基因組序列的第16824105位；

所述SNP42標記為堿基T/A，位于不結球白菜10號染色體上，位置為不結球白菜全基因組序列的第19172885位；

所述KASP引物由42個KASP引物組合組成，每個KASP引物組合由兩條末端堿基不同的等位基因正向引物F1和F2以及一條反向引物R構成，所述SNP1標記對應的KASP引物組合如SEQID NO:1～3的核苷酸序列所示，所述SNP2標記對應的KASP引物組合如SEQ ID NO:4～6的核苷酸序列所示，所述SNP3標記對應的KASP引物組合如SEQ ID NO:7～9的核苷酸序列所示，所述SNP4標記對應的KASP引物組合如SEQ ID NO:10～12的核苷酸序列所示，所述SNP5標記對應的KASP引物組合如SEQ ID NO:13～15的核苷酸序列所示，所述SNP6標記對應的KASP引物組合如SEQ ID NO:16～18的核苷酸序列所示，所述SNP7標記對應的KASP引物組合如SEQID NO:19～21的核苷酸序列所示，所述SNP8標記對應的KASP引物組合如SEQ ID NO:22～24的核苷酸序列所示，所述SNP9標記對應的KASP引物組合如SEQ ID NO:25～27的核苷酸序列所示，所述SNP10標記對應的KASP引物組合如SEQ ID NO:28～30的核苷酸序列所示，所述SNP11標記對應的KASP引物組合如SEQ ID NO:31～33的核苷酸序列所示，所述SNP12標記對應的KASP引物組合如SEQ ID NO:34～36的核苷酸序列所示，所述SNP13標記對應的KASP引物組合如SEQ ID NO:37～39的核苷酸序列所示，所述SNP14標記對應的KASP引物組合如SEQID NO:40～42的核苷酸序列所示，所述SNP15標記對應的KASP引物組合如SEQ ID NO:43～45的核苷酸序列所示，所述SNP16標記對應的KASP引物組合如SEQ ID NO:46～48的核苷酸序列所示，所述SNP17標記對應的KASP引物組合如SEQ ID NO:49～51的核苷酸序列所示，所述SNP18標記對應的KASP引物組合如SEQ ID NO:52～54的核苷酸序列所示，所述SNP19標記對應的KASP引物組合如SEQ ID NO:55～57的核苷酸序列所示，所述SNP20標記對應的KASP引物組合如SEQ ID NO:58～60的核苷酸序列所示，所述SNP21標記對應的KASP引物組合如SEQ ID NO:61～63的核苷酸序列所示，所述SNP22標記對應的KASP引物組合如SEQ ID NO:64～66的核苷酸序列所示，所述SNP23標記對應的KASP引物組合如SEQ ID NO:67～69的核苷酸序列所示，所述SNP24標記對應的KASP引物組合如SEQ ID NO:70～72的核苷酸序列所示，所述SNP25標記對應的KASP引物組合如SEQ ID NO:73～75的核苷酸序列所示，所述SNP26標記對應的KASP引物組合如SEQ ID NO:76～78的核苷酸序列所示，所述SNP27標記對應的KASP引物組合如SEQ ID NO:79～81的核苷酸序列所示，所述SNP28標記對應的KASP引物組合如SEQ ID NO:82～84的核苷酸序列所示，所述SNP29標記對應的KASP引物組合如SEQID NO:85～87的核苷酸序列所示，所述SNP30標記對應的KASP引物組合如SEQ ID NO:88～90的核苷酸序列所示，所述SNP31標記對應的KASP引物組合如SEQ ID NO:91～93的核苷酸序列所示，所述SNP32標記對應的KASP引物組合如SEQ ID NO:94～96的核苷酸序列所示，所述SNP33標記對應的KASP引物組合如SEQ ID NO:97～99的核苷酸序列所示，所述SNP34標記對應的KASP引物組合如SEQ ID NO:100～102的核苷酸序列所示，所述SNP35標記對應的KASP引物組合如SEQ ID NO:103～105的核苷酸序列所示，所述SNP36標記對應的KASP引物組合如SEQ ID NO:105～108的核苷酸序列所示，所述SNP37標記對應的KASP引物組合如SEQID NO:109～111的核苷酸序列所示，所述SNP38標記對應的KASP引物組合如SEQ ID NO:112～114的核苷酸序列所示，所述SNP39標記對應的KASP引物組合如SEQ ID NO:115～1117的核苷酸序列所示，所述SNP40標記對應的KASP引物組合如SEQ ID NO:118～120的核苷酸序列所示，所述SNP41標記對應的KASP引物組合如SEQ ID NO:121～123的核苷酸序列所示，所述SNP42標記對應的KASP引物組合如SEQ ID NO:124～126的核苷酸序列所示。