[發(fā)明專利]一組診斷食管癌的甲基化標(biāo)志物

在審

• 申請?zhí)枺?/td>: 202110905091.3
• 申請日: 2021-08-08
• 公開（公告）號: CN113388685A
• 公開（公告）日: 2021-09-14
• 發(fā)明（設(shè)計）人: 吳晨;林東昕;席奕軼;林媛;趙萱;張少森;譚文
• 申請（專利權(quán)）人: 中國醫(yī)學(xué)科學(xué)院腫瘤醫(yī)院
• 主分類號: C12Q1/6886
• 分類號: C12Q1/6886;C12N15/11
• 代理公司: 北京預(yù)立生科知識產(chǎn)權(quán)代理有限公司 11736
• 代理人: 孟祥斌

1.一種診斷食管癌的甲基化標(biāo)志物組合，所述甲基化標(biāo)志物組合包括以下至少一個甲基化位點：cg05446471、cg10085326、cg11926456、cg12126990、cg13480465、cg19310604、cg20473977、cg21041579、cg21553182、cg24276395、cg25724842、cg26033932；

優(yōu)選地，所述甲基化標(biāo)志物組合是以下甲基化位點的組合：cg05446471、cg10085326、cg11926456、cg12126990、cg13480465、cg19310604、cg20473977、cg21041579、cg21553182、cg24276395、cg25724842和cg26033932。

2.如權(quán)利要求1所述的甲基化標(biāo)志物組合，其特征在于，所述甲基化位點在患者和健康者體內(nèi)的甲基化程度是差異的。

3.如權(quán)利要求2所述的甲基化標(biāo)志物組合，其特征在于，所述差異的包括患者體內(nèi)的甲基化程度是健康者的至少1倍，或者，患者體內(nèi)的甲基化程度是健康者的10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％。

4.如權(quán)利要求1所述的甲基化標(biāo)志物組合，其特征在于，所述食管癌包括但不限于食管鱗癌、食管腺癌、食管淋巴瘤、食管平滑肌肉瘤和食管轉(zhuǎn)移性癌；

優(yōu)選地，所述食管癌是食管鱗癌。

5.一種食管癌診斷系統(tǒng)，所述食管癌診斷系統(tǒng)包括計算模塊，所述計算模塊是根據(jù)權(quán)利要求1所述的甲基化標(biāo)志物組合中至少一個甲基化標(biāo)志物的甲基化程度計算診斷模型預(yù)測值；

優(yōu)選地，所述診斷模型預(yù)測值使用LASSO構(gòu)建的模型進行計算，各位點系數(shù)如下：cg05446471的系數(shù)-4.843834、cg10085326的系數(shù)5.328574、cg11926456的系數(shù)7.431151、cg12126990的系數(shù)0.2826689、cg13480465的系數(shù)0.9789349、cg19310604的系數(shù)-3.254839、cg20473977的系數(shù)2.170933、cg21041579的系數(shù)0.167167、cg21553182的系數(shù)-0.2435546、cg24276395的系數(shù)1.641063)、cg25724842的系數(shù)2.531114和cg26033932的系數(shù)1.138211。

6.如權(quán)利要求5所述的食管癌診斷系統(tǒng)，其特征在于，所述食管癌診斷系統(tǒng)還包括以下任意模塊中的至少一種：

1)進行甲基化檢測的檢測模塊；

2)收集受試者甲基化檢測結(jié)果的收集模塊；

3)輸出診斷模型預(yù)測值的輸出模塊。

7.一種診斷受試者是否患有食管癌的試劑盒，所述試劑盒包括檢測權(quán)利要求1所述的甲基化標(biāo)志物組合中至少一個甲基化標(biāo)志物的甲基化程度的甲基化檢測試劑。

8.如權(quán)利要求7所述的試劑盒，其特征在于，所述甲基化檢測試劑包括以下任意一種或多種方法所使用的試劑，所述方法包括：焦磷酸測序法、重亞硫酸鹽轉(zhuǎn)化測序法、甲基化芯片法、qPCR法、數(shù)字PCR法、二代測序法、三代測序法、全基因組甲基化測序法、DNA富集檢測法、簡化亞硫酸氫鹽測序技術(shù)、HPLC法、MassArray、甲基化特異PCR、或它們的組合。

9.如權(quán)利要求7所述的試劑盒，其特征在于，所述診斷受試者是否患有食管癌是基于對來自于受試者的樣本進行甲基化程度檢測的結(jié)果進行的判斷；

所述來自于受試者的樣本包括但不限于組織樣本、石蠟包埋樣本、血液樣本、胸腔積液樣本以及肺泡灌洗液樣本、腹水及灌洗液樣本、膽汁樣本、糞便樣本、尿液樣本、唾液樣本、痰液樣本、腦脊液樣本、細胞涂片樣本、宮頸刮片或刷片樣本、組織及細胞活檢樣本。

10.權(quán)利要求1所述的甲基化標(biāo)志物組合、權(quán)利要求5所述的食管癌診斷模型及權(quán)利要求7所述的試劑盒在制備診斷食管癌的產(chǎn)品中的應(yīng)用。