[發(fā)明專利]櫻桃主栽品種特異性分子標(biāo)記及其篩選方法和應(yīng)用

有效

• 申請?zhí)枺?/td>: 202110894426.6
• 申請日: 2021-08-05
• 公開（公告）號: CN113584206B
• 公開（公告）日: 2023-04-14
• 發(fā)明（設(shè)計）人: 周揚(yáng)顏;宮文榮;王曉菲;任志娜;陳磊;鐘飛;尼秀媚
• 申請（專利權(quán)）人: 山東大豐園農(nóng)業(yè)有限公司
• 主分類號: C12Q1/6895
• 分類號: C12Q1/6895;C12Q1/6809;C12Q1/6858;C12N15/11
• 代理公司: 北京知企鴻蒙專利代理事務(wù)所(普通合伙) 11692
• 代理人: 劉帥帥

本發(fā)明公開了19種櫻桃品種特異性分子標(biāo)記及其篩選方法和應(yīng)用，包括下列步驟：（1）取葉片提取基因組DNA；（2）按照簡化基因組測序技術(shù)Super?GBS方法構(gòu)建文庫，文庫質(zhì)檢合格后上機(jī)測序；（3）對測序數(shù)據(jù)進(jìn)行過濾后，使用GATK獲得SNP位點(diǎn)，并對SNP進(jìn)行過濾，以提高SNP的準(zhǔn)確性；（4）根據(jù)每個品種的分型結(jié)果篩選19種櫻桃品種中至少有一個品種與其他品種不同的位點(diǎn)；（5）根據(jù)上述篩選策略，篩選到3751個SNP位點(diǎn)，在這些SNP位點(diǎn)當(dāng)中，根據(jù)每個位點(diǎn)能夠區(qū)分品種的類別可以組合出幾千組能夠高效鑒別19種櫻桃品種的SNP位點(diǎn)標(biāo)記群；（6）基于這些位點(diǎn)標(biāo)記開發(fā)出兩種簡便、快速、可靠鑒定19種櫻桃品種的方法，為從源頭準(zhǔn)確控制櫻桃品種奠定技術(shù)基礎(chǔ)。

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明涉及19種櫻桃品種特異性分子標(biāo)記及其篩選方法和應(yīng)用，屬于生物技術(shù)領(lǐng)域。

背景技術(shù)

櫻桃(Cerasus?spp.)是薔薇科(Rosaceae)李亞科(Prunoideae)李屬(Prunus)植物。世界上作為栽培的櫻桃僅有4種，即櫻桃(Cerasus?pseudocerasus(Lindl.)G.Don)、歐洲甜櫻桃(Cerasus?avium(L.)Moench.)、歐洲酸櫻桃(Cerasus?vulgaris?Mill.)和毛櫻桃(Cerasus?tomentosa(Thunb.)Wall.)。其中在生產(chǎn)上起重要作用的是櫻桃、歐洲甜櫻桃和歐洲酸櫻桃。

歷史上，我國櫻桃一直處于庭院栽培狀態(tài)，且僅限于原產(chǎn)我國的軟肉型小櫻桃種類。1871年引進(jìn)歐洲甜櫻桃和歐洲酸櫻桃，20世紀(jì)30年代開始小規(guī)模商業(yè)化栽培，20世紀(jì)70年代末從歐美國家大量引進(jìn)適于鮮食的歐洲甜櫻桃品種，在甜櫻桃的傳統(tǒng)產(chǎn)區(qū)大規(guī)模建立商業(yè)果園。20世紀(jì)80年代以后,甜櫻桃的商業(yè)栽培迅速擴(kuò)展，成為我國近20年來發(fā)展最快的果樹之一,由于其具有上市早、單位面積產(chǎn)值高、市場需求量大的優(yōu)勢，各適栽地區(qū)均把甜櫻桃列為果樹生產(chǎn)的重要樹種。在我國的櫻桃栽培品種中，主要以鮮食櫻桃栽培為主，栽培面積占95％以上，產(chǎn)量占90％以上。

目前我國櫻桃生產(chǎn)仍以農(nóng)戶為單位分散經(jīng)營的甜櫻桃園居多，伴隨著我國農(nóng)業(yè)的轉(zhuǎn)型升級和果園更新?lián)Q代，櫻桃園的品種更新也越發(fā)迫切，追求新、優(yōu)的需求也越來越大。

本發(fā)明采用的19個櫻桃品種，是目前我國果園種植和市場銷售的主要品種，準(zhǔn)確識別和鑒定是種苗繁育基礎(chǔ)，從而減少品種混雜給企業(yè)和種植戶帶來的損失，因此本發(fā)明為櫻桃品種的育種、繁育、銷售、種植環(huán)節(jié)提供了技術(shù)保障。

發(fā)明內(nèi)容

本發(fā)明提供一種19種櫻桃品種的特異性分子標(biāo)記的篩選方法，并應(yīng)用該方法篩選到3751個品種特異的SNP標(biāo)記，基于這些標(biāo)記開發(fā)出兩種簡便、快速、可靠的鑒定19種櫻桃品種的方法，為從源頭上準(zhǔn)確控制櫻桃品種奠定技術(shù)基礎(chǔ)。

為解決上述技術(shù)問題，本發(fā)明采用下述技術(shù)方案予以實(shí)現(xiàn)：

首先，本發(fā)明提供一種利用簡化基因組測序技術(shù)Super-GBS篩選19種櫻桃品種的特異性分子標(biāo)記的方法，包括如下步驟：

(1)利用品種已知且準(zhǔn)確的薩米特、甜心、美早、費(fèi)羅瓦、艷陽、黑金、benten、大明星、費(fèi)爾迪瓦、科迪亞、加拿大櫻桃、黃玉、高砂、美國櫻桃、紅綾、紅燈、馬什哈德、費(fèi)爾米納和費(fèi)爾塔德為樣品，提取基因組DNA；

(2)按照簡化基因組測序技術(shù)Super-GBS方法構(gòu)建文庫，文庫質(zhì)檢合格后上機(jī)測序；

(3)對測序數(shù)據(jù)進(jìn)行過濾后，使用GATK獲得SNP位點(diǎn)；

(4)對SNP進(jìn)行過濾，過濾條件為：SNP測序深度不低于4；剔除MAF小于0.01的位點(diǎn)；剔除SNP分型缺失率高于20％的位點(diǎn)；剔除所有樣品中分型一致的位點(diǎn)；

(5)根據(jù)每個品種的分型結(jié)果，篩選每個品種內(nèi)所有個體分型完全一致、分型一致位點(diǎn)沒有個體缺失，且與其他品種不同的位點(diǎn)；最終篩選到3751個SNP位點(diǎn)，具體見表1；