[發明專利]一種控制大豆葉綠體發育相關基因緊密連鎖標記與應用

在審

• 申請號: 202110777328.4
• 申請日: 2021-07-09
• 公開（公告）號: CN113355447A
• 公開（公告）日: 2021-09-07
• 發明（設計）人: 邱麗娟;高華偉;洪慧龍;郭勇
• 申請（專利權）人: 中國農業科學院作物科學研究所
• 主分類號: C12Q1/6895
• 分類號: C12Q1/6895;C12N15/11
• 代理公司: 北京慕達星云知識產權代理事務所(特殊普通合伙) 11465
• 代理人: 孫光遠

本發明公開了一種控制大豆葉綠體發育相關基因緊密連鎖的分子標記與應用，屬于育種和分子遺傳學技術領域。與控制大豆葉綠體發育相關基因緊密連鎖的分子標記SNP?1319位于19號染色體上。本發明利用EMS誘變中品661篩選獲得的大豆苗期黃化致死突變體ed1為材料，通過葉綠體觀察、葉綠素含量測定及葉綠體超微結構觀察進行表型鑒定，利用突變體M₅代雜合單株分離后代中的黃、綠個體構建混池進行BSA?seq測序，并結合遺傳分離群體進行連鎖分析，針對候選基因的變異位點開發dCAPS標記，利用開發的dCAPS標記鑒定ZP661×ed1(F2:3)群體獲得基因型數據，鑒定了標記的準確性及可靠性。

技術領域

本發明涉及育種和分子遺傳學技術領域，更具體的說是涉及一種控制大豆葉綠體發育相關基因緊密連鎖標記與應用。

背景技術

葉色是重要的農藝性狀性狀之一，是植物葉綠體各種色素的綜合表現，葉色相關基因突變可能影響葉綠體發育或各種色素生物合成的正常功能。葉色突變體是進行光合作用、激素生理、光形態建成及信號傳導途徑等光合系統結構、功能及其調控機制研究的理想材料。

但復雜的基因組結構、低下的遺傳轉化效率等諸多因素限制了大豆功能基因組學研究的發展。不管是產量表型還是品質表型，都是極其復雜的數量性狀，利用傳統的品種資源材料進行相關基因的研究較為困難。隨著大豆基因組測序結果的公布及測序技術的不斷發展，功能基因組學已成為大豆學科研究的重要方向。

隨著下一代測序(Next-generation Sequencing，NGS)技術的飛速發展，出現了多種基于重測序的高通量基因分型分析方法并不斷被完善，如基于全基因組重測序、高密度功能型SNP芯片等。

因此，提供一種控制大豆葉綠體發育相關基因緊密連鎖標記是本領域技術人員亟需解決的問題。

發明內容

有鑒于此，本發明提供了一種控制大豆葉綠體發育相關基因緊密連鎖標記與應用。利用集團分離分析法(BSA法)用于植物性狀基因粗定位，克服了很多物種近等基因系獲得的困難，相較于近等基因系法高效、便捷。

為了實現上述目的，本發明采用如下技術方案：

一種控制大豆葉綠體發育相關基因緊密連鎖標記，為位于19號染色體的SNP-1319；SNP-1319的核苷酸序列為SEQ ID NO.1所示。

本發明還提供了一種控制大豆葉綠體發育相關基因緊密連鎖標記在鑒定大豆植株黃化致死中的應用，若核苷酸序列SEQ ID NO.1第23bp由C突變為T，則從幼苗出土起即表現出明顯的黃化表型，真葉生長并完全展開時黃化表型明顯，真葉、幼芽、子葉、下胚軸均表現為黃化；VC期后，植株開始逐漸顯示出皺縮枯萎的致死表型，V1時期植株已干枯致死。

本發明還提供了上述的一種控制大豆葉綠體發育相關基因緊密連鎖標記的擴增引物對，SNP-1319的PCR擴增上游引物序列為5’-AGAAGCTTCGGTTGACTATCGA-3’，如SEQ IDNO:2所示；SNP-1319的PCR擴增下游引物序列為5’-TCACTTCTATCAATGAGC-3’，如SEQ ID NO:3所示。

本發明還提供了上述的連鎖標記或上述的引物對在大豆育種中的應用。

本發明還提供了上述的引物對在制備控制大豆葉綠體發育相關基因檢測試劑盒中的應用。