[發明專利]用于檢測染色質開放位點間染色質相互作用的NicE-C技術

有效

• 申請號: 202110773743.2
• 申請日: 2021-07-08
• 公開（公告）號: CN113528612B
• 公開（公告）日: 2023-03-14
• 發明（設計）人: 宋曉元;羅正譽;張然;胡騰飛
• 申請（專利權）人: 中國科學技術大學
• 主分類號: C12Q1/6806
• 分類號: C12Q1/6806
• 代理公司: 中科專利商標代理有限責任公司 11021
• 代理人: 喬獻麗

1.檢測待測樣品中染色質開放位點間染色質相互作用的NicE-C方法，其特征在于，包括：

a. 對樣品中的染色質包括DNA、蛋白以及RNA進行交聯；

b. 通過Nt.CivPII和E. coli DNA聚合酶I在染色質開放區域進行切口反應切割基因組DNA；

c. 進行末端修復，在修復的末端上加尾，所述加尾選自dA，dT，dG，dC中的任何一種；

d. 引入帶標記的橋接頭，所述標記選自生物素標記或地高辛標記；

e. 解交聯，破碎DNA，富集帶標記的DNA片段。

2.根據權利要求1所述的檢測染色質開放位點間染色質相互作用的NicE-C方法，其特征在于，所述樣品為動物細胞。

3.根據權利要求1所述的檢測染色質開放位點間染色質相互作用的NicE-C方法，其特征在于，所述樣品為人細胞。

4.根據權利要求1-3中任一項所述的檢測染色質開放位點間染色質相互作用的NicE-C方法，其特征在于，采用交聯劑對樣品中的染色質進行交聯，所述交聯劑選自由甲醛、戊二醛、福爾馬林、多聚甲醛、戊二酸二琥珀酰亞胺酯、二乙二醇琥珀酰亞胺琥珀酸酯及其組合組成的組。

5. 根據權利要求1-3中任一項所述的檢測染色質開放位點間染色質相互作用的NicE-C方法，其特征在于，通過T4 PNK和選自Klenow、T4 DNA聚合酶I的聚合酶進行末端修復。

6. 根據權利要求1-3中任一項所述的檢測染色質開放位點間染色質相互作用的NicE-C方法，其特征在于，通過Klenow exo-在修復的末端上加尾，所述加尾選自dA，dT，dG，dC中的任何一種。

7.根據權利要求1-3中任一項所述的檢測染色質開放位點間染色質相互作用的NicE-C方法，其特征在于，在鄰位連接過程中引入帶標記的橋接頭。

8.根據權利要求7所述的檢測染色質開放位點間染色質相互作用的NicE-C方法，其特征在于，所述橋接頭選自由一條單鏈DNA退火形成的橋接頭或由兩條單鏈DNA退火形成的橋接頭。

9.根據權利要求8所述的檢測染色質開放位點間染色質相互作用的NicE-C方法，其特征在于，退火形成的橋接頭末端多一個堿基，以與修復的末端上的加尾配對。

10.根據權利要求7所述的檢測染色質開放位點間染色質相互作用的NicE-C方法，其特征在于，所述橋接頭由合成的/5Phos/TGCAAGCTT(生物素)GCAT片段退火得到。

11.檢測染色質開放位點間染色質相互作用的組合物或試劑盒，其特征在于包括：

a. 交聯劑，所述交聯劑選自由甲醛、戊二醛、福爾馬林、多聚甲醛、戊二酸二琥珀酰亞胺酯、二乙二醇琥珀酰亞胺琥珀酸酯及其組合組成的組；

b. Nt.CivPII和E. coli DNA聚合酶I；

c. T4 PNK和Klenow/T4 DNA聚合酶I；

d. Klenow exo-；

e. dA，dT，dG，dC中的任何一種；

f. 帶標記的橋接頭；

g. 解交聯劑；

h. DNA純化試劑。

12.根據權利要求11所述的組合物或試劑盒，其特征在于，所述橋接頭由合成的/5Phos/TGCAAGCTT(生物素)GCAT片段退火得到。

13.根據權利要求1-10中任一項所述的檢測染色質開放位點間染色質相互作用的NicE-C方法或根據權利要求11-12中任一項所述的檢測染色質開放位點間染色質相互作用的組合物或試劑盒在捕獲染色質開放位點以及檢測染色質開放位點間染色質相互作用中的用途。