[發(fā)明專利]基于特征序列設(shè)計(jì)引物的方法及系統(tǒng)

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• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 202110754999.9
• 申請(qǐng)日: 2021-07-01
• 公開（公告）號(hào): CN113403368A
• 公開（公告）日: 2021-09-17
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 易康;安泰然
• 申請(qǐng)（專利權(quán)）人: 南京諾因生物科技有限公司
• 主分類號(hào): C12Q1/6811
• 分類號(hào): C12Q1/6811
• 代理公司: 南京禾易知識(shí)產(chǎn)權(quán)代理有限公司 32320
• 代理人: 張松云

1.一種基于特征序列設(shè)計(jì)引物的方法，其特征在于其步驟包括：

(1)從網(wǎng)上下載需要用到基因組序列，目標(biāo)序列為陽性序列，同源的其他序列為陰性序列，將陽性序列合并到一起，制作成positives.fa的fasta文件，陰性序列合并到一起，制作成negatives.fa的fasta文件；

(2)將陽性序列分割成適合進(jìn)行比對(duì)的片段，并記錄分割的位置；

(3)使用blast對(duì)陰性序列進(jìn)行建庫，然后將片段化的陽性序列比對(duì)到陰性序列進(jìn)行篩選，得到一致性較低的特異性序列，并分為兩級(jí)，第一級(jí)為比對(duì)到的長(zhǎng)度小于300bp，且比對(duì)區(qū)域一致性低于70％的特異性序列，第二級(jí)為雖然比對(duì)區(qū)域的一致性高于70％但比對(duì)到的長(zhǎng)度小于200bp的特異性序列；

(4)使用primer3對(duì)步驟(3)得到的一二級(jí)特異性序列進(jìn)行引物設(shè)計(jì)，得到上游引物、下游引物和探針的序列及位置、長(zhǎng)度；

(5)通過blast比對(duì)軟件將步驟(4)得到的引物和探針比對(duì)到步驟(3)得到的陰性序列數(shù)據(jù)庫，取沒有比對(duì)上的引物和探針，然后將沒有比對(duì)上的引物和探針與NCBI的nt數(shù)據(jù)庫進(jìn)行再次比對(duì)，獲得具有特異性的引物和探針；

(6)對(duì)步驟(5)的結(jié)果進(jìn)行整理，并輸出上下游引物、探針與序列長(zhǎng)度。

2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的基于特征序列設(shè)計(jì)引物的方法，其特征在于：步驟(2)中陽性序列分割大小為300bp-1000bp。

3.根據(jù)權(quán)利要求2所述的基于特征序列設(shè)計(jì)引物的方法，其特征在于：步驟(2)中陽性序列分割大小為500bp。

4.根據(jù)權(quán)利要求1-3中任一項(xiàng)所述的基于特征序列設(shè)計(jì)引物的方法，其特征在于：步驟(4)中上游引物、下游引物和探針的長(zhǎng)度在18-25bp，GC含量控制在40％-60％之間，TM區(qū)間設(shè)置在57℃-60℃。

5.根據(jù)權(quán)利要求4所述的基于特征序列設(shè)計(jì)引物的方法，其特征在于：步驟(4)中上游引物、下游引物和探針的長(zhǎng)度在20bp，TM值為60℃。

6.一種基于特征序列設(shè)計(jì)引物的系統(tǒng)，包括存儲(chǔ)器，與所述存儲(chǔ)器連接的處理器，存儲(chǔ)在存儲(chǔ)器上并可在所述處理器上運(yùn)行的計(jì)算機(jī)程序，其特征在于：所述處理器運(yùn)行所述計(jì)算機(jī)程序時(shí)執(zhí)行權(quán)利要求1-5中任一項(xiàng)所述的設(shè)計(jì)引物的方法。

7.根據(jù)權(quán)利要求6所述的基于特征序列設(shè)計(jì)引物的系統(tǒng)，其特征在于:所述計(jì)算機(jī)程序基于python語言編寫。