[發(fā)明專利]一種用于預(yù)測腫瘤患者順鉑敏感性的試劑盒及其應(yīng)用

在審

• 申請?zhí)枺?/td>: 202110731156.7
• 申請日: 2021-06-29
• 公開（公告）號: CN113637748A
• 公開（公告）日: 2021-11-12
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 隋啟海;畢國澍;胡正陽;曾德軍;趙夢男;王琳;詹成;林宗武
• 申請（專利權(quán)）人: 復(fù)旦大學(xué)附屬中山醫(yī)院
• 主分類號: C12Q1/6886
• 分類號: C12Q1/6886;G16B40/20
• 代理公司: 上海容慧專利代理事務(wù)所(普通合伙) 31287
• 代理人: 于曉菁

本發(fā)明提供了一種用于預(yù)測腫瘤患者順鉑敏感性的試劑盒，該試劑盒包含：miRcute miRNA提取分離試劑盒、TruSeq miRNA Sample Prep Kitv2試劑盒和TruSeq SR Cluster Kitv3?cBot–HS試劑盒。本發(fā)明提供的用于預(yù)測腫瘤患者順鉑敏感性的試劑盒，在數(shù)十例人肺腺癌組織和正常對照組織中進(jìn)行驗(yàn)證，確定miR?215?5p，miR?1283，miR?129?1?3p，miR?126?3p，miR?199b?5p較目前其他預(yù)測順鉑敏感性的參數(shù)有著更高的穩(wěn)定性和應(yīng)用價(jià)值。

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明涉及分子診斷技術(shù)領(lǐng)域，具體的說，涉及一種用于預(yù)測腫瘤患者順鉑敏感性的試劑盒及其應(yīng)用。

背景技術(shù)

微小核糖核酸(microRNA，miRNA)是一類內(nèi)源性的具有調(diào)控功能的非編碼RNA，長約20～25個(gè)核苷酸。miRNA參與各種各樣的調(diào)節(jié)途徑，在腫瘤生成、增殖、代謝、凋亡中都發(fā)揮著極為重要的作用，在腫瘤診斷和監(jiān)測等方面也有著廣闊的發(fā)展前景。

順鉑主要通過靶向DNA復(fù)制而抑制腫瘤細(xì)胞增殖并引發(fā)程序性凋亡。但是，患者接受治療過程中容易產(chǎn)生順鉑耐藥，影響治療效果。順鉑的耐藥機(jī)制較為復(fù)雜，該藥進(jìn)入腫瘤細(xì)胞后，在靶向染色體之前可能會(huì)失去活性，失活后的藥物將無法與DNA絡(luò)合以殺傷細(xì)胞。因此，預(yù)測患者順鉑治療的敏感性對于腫瘤患者治療方案的制定極為重要。

技術(shù)內(nèi)容

本發(fā)明的目的在于提供一種用于預(yù)測腫瘤患者順鉑敏感性的試劑盒，該試劑盒包含：miRcute miRNA提取分離試劑盒(天根公司)、TruSeq miRNA Sample Prep Kitv2試劑盒(美國Illumina公司)和TruSeq SR Cluster Kitv3-cBot–HS試劑盒(美國Illumina公司)；

本發(fā)明所提供的用于預(yù)測腫瘤患者順鉑敏感性的試劑盒，還包含說明書；

本發(fā)明所提供的用于預(yù)測腫瘤患者順鉑敏感性的試劑盒，還包含乙醇、水等常用試劑。

本發(fā)明提供的用于預(yù)測腫瘤患者順鉑敏感性的試劑盒，用于預(yù)測腫瘤患者順鉑敏感性的步驟如下：

(1)使用miRcute miRNA提取分離試劑盒(miRcute miRNA Isolation Kit)提取腫瘤組織樣本中的miRNA；

(2)miRNA文庫構(gòu)建：采用TruSeq miRNA Sample Prep Kitv2試劑盒完成；

(3)簇生成：采用TruSeq SR Cluster Kitv3-cBot–HS試劑盒完成；

(4)Illumina Hiseq2000測序：Hiseq2000上機(jī)，測序結(jié)果將原始數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換成Fastq格式；

(5)數(shù)據(jù)分析：

①對原始Fastq文件數(shù)據(jù)去除接頭序列后，并檢驗(yàn)測序片段堿基的質(zhì)量和長度，篩選質(zhì)量可靠的測序片段；

②將測序結(jié)果與miRbase數(shù)據(jù)庫比對過濾，鑒定出結(jié)果中的已知人的miRNA數(shù)據(jù)；

③根據(jù)鑒定的miRNA進(jìn)行表達(dá)量統(tǒng)計(jì)，miRNA表達(dá)量計(jì)算采用TPM(transcript permillion)計(jì)算度量指標(biāo)，TPM公式＝(每條miRNA比對到的read數(shù)目)/(樣本總比對read數(shù)目)×10⁶；

④將目的miRNA的表達(dá)量(TPM)進(jìn)行相關(guān)計(jì)算，預(yù)測評分值＝-0.0061*miR-215+(-0.0011*miR-129-1-3p)+0.0120*miR-1283+(-0.0007*miR-126-3p)+(-0.0088*miR-199b-5p)。