[發明專利]基于低深度測序的鑒定樣本同一性的方法

在審

• 申請號: 202110723066.3
• 申請日: 2021-06-28
• 公開（公告）號: CN113450871A
• 公開（公告）日: 2021-09-28
• 發明（設計）人: 陳樣宜;劉燕霞;黃楷勝;劉遠如;焦偉剛
• 申請（專利權）人: 廣東博奧醫學檢驗所有限公司
• 主分類號: G16B20/20
• 分類號: G16B20/20;G16B20/30
• 代理公司: 東莞眾業知識產權代理事務所(普通合伙) 44371
• 代理人: 何恒韜

1.一種基于低深度測序的鑒定樣本同一性的方法，其特征在于，包括如下步驟：

S1、序列比對；

S2、序列過濾；

S3、選擇人群高頻雜合的SNP位點數據集；

S4、獲取cdSNP位點列表；

S5、統計樣本間的CR值；

S6、樣本同一性分析，得出結論。

2.根據權利要求1所述的基于低深度測序的鑒定樣本同一性的方法，其特征在于：所述步驟S1中序列比對，是利用高通量測序數據進行NIPT，CNV-seq等低深度測序檢測項目的基礎，包括選擇BWA比對軟件（bwa-0.7.17，bwa-men）將測序獲得半導體測序儀獲得原始序列數據（FASTQ文件）與人類基因組參考序列(比如GRCh37/hg19版本)進行序列比對，獲得比對后的sam文件的過程。

3.根據權利要求1所述的基于低深度測序的鑒定樣本同一性的方法，其特征在于：所述步驟S2中序列過濾包括對比對后的sam文件進行過濾，去除無比對（ummaped）、低比對質量（MAPQ40）和多重復比對等對可能產生錯誤堿基識別的序列，獲得有效測序數的過程。

4.根據權利要求1所述的基于低深度測序的鑒定樣本同一性的方法，其特征在于：所述步驟S3中選擇人群高頻雜合的SNP位點數據集，包括通過下載數據庫ftp://ftp.ncbi.nih.gov/snp中人的SNP數據文件（版本151），選擇SNP的基因型只有兩類并且最小等位基因頻率（Minor Allele Frequency，MAF）不低于0.3的位點，作為人群高頻雜合的SNP位點數據集的過程。

5.根據權利要求1所述的基于低深度測序的鑒定樣本同一性的方法，其特征在于：所述步驟S4中獲取cdSNP位點列表，包括統計每個文件的比對結果中命中人群高頻雜合的SNP位點數據集的堿基，然后對每兩個文件取得均存在一條序列覆蓋的位點堿基信息（co-detected SNPs，cdSNPs）的過程。

6.根據權利要求1所述的基于低深度測序的鑒定樣本同一性的方法，其特征在于：所述步驟S5統計樣本間的CR值，包括計算位點堿基信息（co-detected SNPs，cdSNPs）一致性值（concordance rate，CR）的過程。

7.根據權利要求1所述的基于低深度測序的鑒定樣本同一性的方法，其特征在于：所述步驟S6樣本同一性分析，根據CR值，得出如下分類判定：

1） 當CR0.616時，判定為沒有顯著關系；

2） 當CR0.672且CR0.725時，兩個樣本判定為親子關系；

3） 當CR0.753時，判定為同一個體關系；

4）當CR值不屬于以上的情況時，可能為樣本存在實驗室污染或無創檢測的胎兒DNA濃度較高。

8.根據權利要求1至7任意一項所述的基于低深度測序的鑒定樣本同一性的方法的制備方法，其特征在于：是通過利用兩個樣本之間存在一定的人群高頻雜合位點同時被一條reads覆蓋的特點得出的。