[發(fā)明專利]基于reads深度進(jìn)行目的基因外顯子水平重排檢測的方法及裝置

有效

• 申請?zhí)枺?/td>: 202110707105.0
• 申請日: 2021-06-24
• 公開（公告）號: CN113284557B
• 公開（公告）日: 2021-10-15
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 樓峰;劉凱;馬紀(jì)香;張萌萌;郭璟;孫宏;曹善柏
• 申請（專利權(quán)）人: 北京橡鑫生物科技有限公司;天津橡鑫生物科技有限公司;天津橡鑫醫(yī)療器械有限公司
• 主分類號: G16B30/00
• 分類號: G16B30/00;G16B20/00;G16B45/00;G16B50/30
• 代理公司: 北京康信知識產(chǎn)權(quán)代理有限責(zé)任公司 11240
• 代理人: 金田蘊(yùn)

1.一種基于reads深度進(jìn)行目的基因外顯子水平重排檢測的方法，其特征在于，包括：

S1，將參考基因組劃分為多個(gè)bin，根據(jù)目的基因分為target區(qū)域的bin和off-target區(qū)域的bin，將reads比對到所述參考基因組上，并分別計(jì)算target區(qū)域和off-target區(qū)域的每個(gè)bin內(nèi)的平均reads深度和深度的log2值；

S2，合并target區(qū)域和off-target區(qū)域reads深度統(tǒng)計(jì)，并將其標(biāo)準(zhǔn)化；

S3，對所述S2中標(biāo)準(zhǔn)化的結(jié)果進(jìn)行拷貝數(shù)變異查找，對于標(biāo)準(zhǔn)化后得到的log2根據(jù)閾值進(jìn)行定義目的基因的缺失和重復(fù)狀態(tài)；

所述S2中的標(biāo)準(zhǔn)化包括：利用搭建好的reference數(shù)據(jù)庫進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化，校正測序基因組GC含量、重復(fù)序列和目標(biāo)區(qū)域的密度從而校正bin 深度，所述reference數(shù)據(jù)庫是用N個(gè)健康人比對軟件的輸出結(jié)果Bam文件構(gòu)建的，包括健康人的reads深度統(tǒng)計(jì)及l(fā)og2標(biāo)準(zhǔn)化值、基因組的GC、重復(fù)序列和目標(biāo)區(qū)域的密度，所述N≥20；

所述S2中的標(biāo)準(zhǔn)化中，Off-target區(qū)域是根據(jù)參考基因組fa進(jìn)行擴(kuò)展獲得的包括端粒在內(nèi)的全部參考基因組序列和target區(qū)域進(jìn)行篩選得到的Off-target區(qū)域；利用如下公式校正bin深度，減去reference數(shù)據(jù)庫的深度的log2值，滑動(dòng)居中l(wèi)og2比率；，其中，第i個(gè)bin標(biāo)準(zhǔn)化后的reads數(shù)量定義為Ai，Ci是第i個(gè)bin中的read的數(shù)量，M是具有正常拷貝數(shù)的bin的預(yù)期reads計(jì)數(shù)，αi為GC不同含量評估值，βi為mappability評估值。

2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其特征在于，所述基于reads深度進(jìn)行目的基因外顯子水平重排檢測的方法還包括：S4，篩選劃分不同bin中的目的基因的區(qū)域，進(jìn)行過濾其他bin，合并目的基因的檢測結(jié)果，利用所述標(biāo)準(zhǔn)化后的reads深度分布進(jìn)行可視化展示。

3.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其特征在于，所述bin為外顯子水平的bin。

4.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其特征在于，所述S1具體包括：將所述參考基因組長度設(shè)置為n，平均劃分為m個(gè)bin，則每一個(gè)bin長度為n/m；如果Ci是i個(gè)bin中的reads的數(shù)量，那么所有reads數(shù)據(jù)量是：，并由此計(jì)算target區(qū)域和off-target區(qū)域的每個(gè)bin內(nèi)的平均reads深度和深度的log2值。

5.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其特征在于，所述目的基因?yàn)锽RCA1/2，所述S3中對于標(biāo)準(zhǔn)化后得到的log2根據(jù)閾值進(jìn)行定義目的基因的缺失狀態(tài)包括：Log2值小于-0.4定義為cn=1，為雜合缺失；Log2值小于-1.1定義為cn=0，為純合缺失，Log2值大于0.7定義為擴(kuò)增。